PDB-3tf0: Crystal structure of an H-NOX protein from T. tengcongensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tf0

タイトル

Crystal structure of an H-NOX protein from T. tengcongensis

要素

Methyl-accepting chemotaxis protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / Heme-based Methyl-accepting Chemotaxis Protein / Gas Binding

機能・相同性

機能・相同性情報

heme binding / signal transduction / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.743 Å

データ登録者

Winter, M.B. / Herzik Jr., M.A. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Tunnels modulate ligand flux in a heme nitric oxide/oxygen binding (H-NOX) domain.
著者: Winter, M.B. / Herzik, M.A. / Kuriyan, J. / Marletta, M.A.

履歴

登録	2011年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月25日	Group: Advisory / Author supporting evidence カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tf0.cif.gz	242.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tf0.ent.gz	201.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tf0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tf0_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tf0_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	3tf0_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	3tf0_validation.cif.gz	23.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/3tf0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tf/3tf0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tf1C 3tf8C 3tf9C 3tfaC 3tfdC 3tfeC 3tffC 3tfgC 1u4hS 1u55 1u56 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6cww-1 6cww-2 3eee-4 3eee-3 2j97-1 6vdn-d 4u99-1 6cvy-d 1u55-2 4c25-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (4) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (4) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1) #41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (4)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (4)
#263 - 2021年11月
アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase)
類似性 (1)
#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
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終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
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#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Methyl-accepting chemotaxis protein

B: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

45.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
22.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Methyl-accepting chemotaxis protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
22.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.502, 130.766, 42.736
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

詳細

THIS PROTEIN EXISTS AS A MONOMER IN SOLUTION AS CONFIRMED BY GEL FILTRATION

#1: タンパク質	Methyl-accepting chemotaxis protein 分子量: 22047.502 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal domain (UNP Residues 1-186) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caldanaerobacter subterraneus subsp. tengcongensis (バクテリア) 遺伝子: Tar4, TTE0680 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RBX6
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20-28% PEG 2000, 200-250 mM Sodium Acetate (pH 7.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.977 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月23日
放射	モノクロメーター: KHOZU Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.977 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.743→50 Å / Num. all: 43735 / Num. obs: 43735 / % possible obs: 93.09 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 1.743→1.8 Å / % possible all: 90.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1U4H

1u4h

解像度: 1.743→38.47 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.3 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2294	2206	5.04 %
R_work	0.202	-	-
obs	0.2034	43735	93.09 %
all	-	43735	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.792 Å² / k_sol: 0.412 e/Å³

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.743→38.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3072	0	94	111	3277

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3278
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.992	4441
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.596	1254
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	457
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	557

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.743-1.7809	0.3112	103	0.3144	2203	X-RAY DIFFRACTION	79
1.7809-1.8224	0.3501	131	0.2627	2290	X-RAY DIFFRACTION	85
1.8224-1.8679	0.288	108	0.2285	2409	X-RAY DIFFRACTION	86
1.8679-1.9184	0.2422	130	0.2249	2431	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9184-1.9749	0.2676	114	0.2257	2491	X-RAY DIFFRACTION	90
1.9749-2.0386	0.2682	140	0.2167	2573	X-RAY DIFFRACTION	93
2.0386-2.1115	0.2832	152	0.2162	2576	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1115-2.196	0.2379	129	0.2015	2628	X-RAY DIFFRACTION	95
2.196-2.296	0.2438	151	0.1955	2649	X-RAY DIFFRACTION	96
2.296-2.417	0.2237	150	0.1871	2664	X-RAY DIFFRACTION	97
2.417-2.5684	0.2377	127	0.1985	2706	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5684-2.7667	0.2476	158	0.2018	2709	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7667-3.045	0.2416	156	0.2154	2745	X-RAY DIFFRACTION	98
3.045-3.4853	0.2335	162	0.2117	2734	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4853-4.3902	0.1957	149	0.183	2815	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3902-38.4791	0.1898	146	0.1877	2906	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6165	0.3946	0.2263	1.6162	0.4572	0.8492	-0.0577	-0.0689	0.1454	-0.0541	-0.0445	0.183	-0.1559	0.1323	-0.0351	0.195	-0.0205	0.0278	0.1797	0.0219	0.1908	68.0153	21.0599	23.0598
2	3.2289	-0.2198	-0.057	1.4599	0.5859	0.2504	0.1263	0.4288	-0.207	-0.0378	-0.1718	-0.0943	-0.0412	0.0791	-0.0103	0.2535	-0.0182	0.0241	0.2815	-0.013	0.2338	77.4014	18.2568	15.1961
3	3.025	0.3113	-0.0533	1.0403	0.122	2.0752	0.0584	0.1668	0.4808	0.0066	-0.1023	-0.1366	0.0208	0.465	0.0243	0.2668	0.0142	0.0108	0.323	0.0499	0.272	67.2542	27.4051	13.9355
4	0.9143	-0.2959	-0.304	1.0684	0.3215	0.5598	-0.1405	0.3014	-0.5264	-0.4239	-0.0222	-0.1317	0.1478	-0.0218	-0.0777	0.262	0.0126	0.0638	0.237	-0.0707	0.2732	69.2376	11.9228	15.0923
5	1.7432	0.0197	-0.4269	0.3563	-0.6186	1.1665	-0.1077	-0.2279	-0.4503	0.1973	-0.0852	-0.0467	0.0758	0.1786	0.1044	0.1713	-0.0264	0.0275	0.181	0.0073	0.2245	66.23	16.1186	28.3931
6	0.1437	-0.0294	0.0794	0.8653	-0.5375	0.4243	-0.1826	-0.097	0.0392	0.4158	-0.0878	-0.0023	-0.3173	-0.0712	-0.1357	0.3161	0.0336	0.0525	0.2348	-0.1509	0.326	58.4293	27.2283	37.7828
7	0.413	-0.4442	-0.0818	1.04	0.5914	0.7696	0.043	-0.1011	0.0601	-0.1156	-0.1076	0.2978	-0.2037	-0.1847	-0.0217	0.1891	0.0156	0.0536	0.1791	-0.0736	0.2903	50.9607	22.625	33.5375
8	0.4946	0.3333	0.5818	0.3506	0.4979	0.9093	-0.1791	-0.0703	0.0207	-0.0387	-0.0336	0.4431	-0.2681	-0.0375	-0.0256	0.2032	0.0218	0.008	0.2012	-0.0168	0.2938	48.2238	21.4377	25.4847
9	0.4655	-0.1088	0.0156	0.0745	0.1977	1.0227	-0.0486	0.0348	-0.1982	-0.0353	-0.0314	0.1533	-0.021	-0.214	0.0538	0.1955	-0.0395	0.0582	0.2235	-0.0397	0.2453	50.2372	11.9036	28.4109
10	1.1049	-0.1678	-0.2776	1.9004	0.81	1.3559	-0.1056	-0.1541	-0.4724	-0.1888	-0.1463	0.0122	0.0102	0.0301	0.0355	0.142	-0.0272	0.052	0.1664	0.0351	0.1952	59.9125	13.6127	32.767
11	0.3832	0.1488	-0.3326	1.122	0.2282	2.0919	-0.2682	-0.2323	-0.3451	-0.0356	-0.1216	0.2679	-0.0069	0.139	0.1054	0.2226	-0.0211	0.0529	0.2283	0.0309	0.3947	54.1758	6.8555	34.6234
12	0.249	-0.1494	0.3481	0.3672	-0.0752	0.7782	0.1109	0.0628	-0.0317	-0.0491	-0.1027	0.4702	0.3466	-0.1252	0.0065	0.2271	-0.0172	0.0333	0.1962	0.0058	0.4533	48.0783	8.4863	29.343
13	0.1052	0.0421	-0.0902	0.0157	-0.0372	0.0742	0.0765	0.0452	0.1042	0.0527	0.0963	0.0252	-0.2327	-0.1146	0.0754	0.3778	0.0862	0.7218	0.493	-0.0568	0.2204	46.2068	14.5213	49.3177
14	1.125	-0.1008	-0.6221	0.3553	-0.055	0.7526	-0.054	-0.4567	-0.1007	0.1278	0.0251	-0.0611	0.1258	0.3554	0.016	0.2058	-0.0053	-0.031	0.3186	0.0315	0.1995	73.926	-19.0737	31.6454
15	0.8589	0.9047	0.2645	1.3085	0.93	1.2756	-0.0141	-0.1338	-0.4909	0.2254	0.1643	-0.3488	0.2074	0.5408	-0.0709	0.2905	0.0293	-0.0212	0.4939	0.0803	0.3734	69.3772	-26.3142	38.1792
16	0.8782	0.1973	0.8191	1.8771	0.7196	0.928	-0.1247	-0.4257	0.2885	0.5741	0.277	-0.2649	0.0824	-0.0835	-0.0516	0.2647	-0.0009	-0.0474	0.4259	-0.0969	0.2106	71.6892	-10.7989	36.4455
17	0.3882	-0.2523	-0.0814	0.4237	-0.0233	0.1089	-0.0284	0.0448	0.1547	-0.1776	0.0727	-0.2648	-0.0392	0.1336	-0.0177	0.1533	0.0147	-0.0144	0.211	-0.0204	0.2275	68.2984	-15.7742	22.8869
18	0.2308	0.0221	0.0066	0.3633	0.6693	1.5563	-0.1179	0.108	-0.2264	0.104	-0.0964	0.0722	0.4129	0.0277	-0.1013	0.2201	-0.0169	-0.0644	0.1792	-0.085	0.2874	59.9766	-26.8349	14.2501
19	0.5367	-0.1557	0.0689	0.7453	0.2153	0.3775	0.1075	0.0036	-0.1923	-0.1099	-0.2121	0.6193	-0.0385	-0.2447	0.0159	0.1875	0.0157	-0.0553	0.2159	-0.0321	0.3228	54.3714	-16.3362	21.647
20	0.9083	0.6021	-0.0716	1.5225	-0.1544	0.0183	0.0869	-0.0929	0.2088	-0.3522	-0.0844	0.582	0.148	0.4362	0.0134	0.2761	0.0852	-0.0448	0.3226	0.0174	0.2743	53.3272	-6.5057	19.2099
21	0.1901	0.0279	-0.0053	0.0297	0.0312	0.027	0.0316	0.0175	-0.0656	-0.0294	0.0626	-0.0323	0.1451	0.276	-0.0006	0.5087	0.2798	-0.3504	0.796	-0.1566	0.5071	44.1461	-16.2756	3.4518

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:17)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 18:29)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 30:44)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 45:62)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 63:81)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 82:90)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resseq 91:104)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resseq 105:123)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resseq 124:137)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resseq 138:152)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resseq 153:165)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resseq 166:178)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resseq 179:186)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resseq 1:29)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resseq 30:44)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resseq 45:62)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resseq 63:81)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resseq 82:90)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'B' and (resseq 91:152)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'B' and (resseq 153:178)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'B' and (resseq 179:188)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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