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万見
- PDB-3teq: Crystal structure of SOAR domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3teq
タイトルCrystal structure of SOAR domain
要素Stromal interaction molecule 1
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


store-operated calcium entry / activation of store-operated calcium channel activity / positive regulation of adenylate cyclase activity / regulation of store-operated calcium entry / enamel mineralization / cortical endoplasmic reticulum / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / microtubule plus-end binding / regulation of calcium ion transport / plasma membrane raft ...store-operated calcium entry / activation of store-operated calcium channel activity / positive regulation of adenylate cyclase activity / regulation of store-operated calcium entry / enamel mineralization / cortical endoplasmic reticulum / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / microtubule plus-end binding / regulation of calcium ion transport / plasma membrane raft / detection of calcium ion / Ion homeostasis / sarcoplasmic reticulum membrane / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / calcium channel regulator activity / intracellular calcium ion homeostasis / positive regulation of angiogenesis / protease binding / microtubule / calcium ion binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #3550 / Stromal interaction molecule 1, SAM domain / Stromal interaction molecule, Orai1-activating region / Stromal interaction molecule / STIM1 Orai1-activating region / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily ...Helix Hairpins - #3550 / Stromal interaction molecule 1, SAM domain / Stromal interaction molecule, Orai1-activating region / Stromal interaction molecule / STIM1 Orai1-activating region / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Stromal interaction molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Yang, X. / Jin, H. / Cai, X. / Shen, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2012
タイトル: Structural and mechanistic insights into the activation of Stromal interaction molecule 1 (STIM1).
著者: Yang, X. / Jin, H. / Cai, X. / Li, S. / Shen, Y.
履歴
登録2011年8月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年7月10日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stromal interaction molecule 1
B: Stromal interaction molecule 1
C: Stromal interaction molecule 1
D: Stromal interaction molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3289
ポリマ－46,8544
非ポリマー4755
水10,503583
1
A: Stromal interaction molecule 1
C: Stromal interaction molecule 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9027
ポリマ－23,4272
非ポリマー4755
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2630 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area13870 Å2
手法PISA
2
B: Stromal interaction molecule 1

B: Stromal interaction molecule 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4272
ポリマ－23,4272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area1670 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13730 Å2
手法PISA
3
D: Stromal interaction molecule 1

D: Stromal interaction molecule 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4272
ポリマ－23,4272
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_664-y+1,-x+1,-z-1/21
Buried area1740 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.584, 90.584, 104.919
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質
Stromal interaction molecule 1


分子量: 11713.393 Da / 分子数: 4 / 断片: SOAR domain (UNP RESIDUES 344-444) / 変異: L374M, V419A, C437T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STIM1, GOK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13586
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 10% PEG3350, 0.2M Ammonium dibasic phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRF BL17U10.9792
シンクロトロンSSRF BL17U20.9792
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 225 mm CCD1CCD2010年3月22日
MARMOSAIC 225 mm CCD2CCD2010年5月22日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si 111 CHANNELSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 40114 / Num. obs: 36416 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 19.2 Å2 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / % possible all: 66.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHENIXモデル構築
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→25.2 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2320392.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 1749 5 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.221 36638 --
obs0.219 34889 99.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 57.9755 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 28.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.91 Å20 Å20 Å2
2---4.91 Å20 Å2
3---9.81 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.17 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3278 0 25 583 3886
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.271.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.862
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.522
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.772.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 279 5 %
Rwork0.258 5356 -
obs--98.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3po4.parampo4.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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