PDB-3tcp: Crystal structure of the catalytic domain of the proto-oncogene t...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3tcp

タイトル

Crystal structure of the catalytic domain of the proto-oncogene tyrosine-protein kinase MER in complex with inhibitor UNC569

要素

Tyrosine-protein kinase Mer

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / tyrosine kinase / acute lymphoblastic leukemia / rational structure-based drug design / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of leukocyte apoptotic process / negative regulation of lymphocyte activation / neutrophil clearance / natural killer cell differentiation / secretion by cell / negative regulation of cytokine production / vagina development / photoreceptor outer segment / phagocytosis / positive regulation of phagocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Liu, J. / Yang, C. / Simpson, C. / DeRyckere, D. / Van Deusen, A. / Miley, M. / Kireev, D.B. / Norris-Drouin, J. / Sather, S. / Hunter, D. ...

引用

ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2012
タイトル: Discovery of Novel Small Molecule Mer Kinase Inhibitors for the Treatment of Pediatric Acute Lymphoblastic Leukemia.
著者: Liu, J. / Yang, C. / Simpson, C. / Deryckere, D. / Van Deusen, A. / Miley, M.J. / Kireev, D. / Norris-Drouin, J. / Sather, S. / Hunter, D. / Korboukh, V.K. / Patel, H.S. / Janzen, W.P. / ...

履歴

登録	2011年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年6月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / Structure summary / カテゴリ: audit_author / software / Item: _audit_author.name
改定 1.2	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3tcp.cif.gz	224.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3tcp.ent.gz	181.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3tcp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3tcp_validation.pdf.gz	1006.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3tcp_full_validation.pdf.gz	1014.3 KB	表示
XML形式データ	3tcp_validation.xml.gz	20.7 KB	表示
CIF形式データ	3tcp_validation.cif.gz	27.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/3tcp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/3tcp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3brbS 2brb 2poc 3bpr S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tc0-2 4ino-1 4mha-1 7kia-2 4ls3-2 3wze-d 5p66-d 5l8m-d 2pl0-d 4u41-2 4mh7-2 3s7n-d 7aw4-1 5j95-2 3tv4-1 6jol-d 4ino-2 5ozp-d 6y5u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (3) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (2) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #132 - 2010年12月アデノウイルス (Adenovirus) 類似性 (2) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (2) #185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (3)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (2)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (2)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#132 - 2010年12月
アデノウイルス (Adenovirus)
類似性 (2)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (2)
#185 - 2015年5月
タイチン (Titin)
類似性 (1)
#52 - 2004年4月
成長ホルモン (Growth Hormone)
類似性 (1)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosine-protein kinase Mer

B: Tyrosine-protein kinase Mer

ヘテロ分子

72.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosine-protein kinase Mer

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tyrosine-protein kinase Mer

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.158, 91.142, 68.356
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.35, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Tyrosine-protein kinase Mer / Proto-oncogene c-Mer / Receptor tyrosine kinase MerTK 分子量: 35889.434 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain, UNP residues 570-864 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MERTK, MER / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q12866, receptor protein-tyrosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-CKJ / 1-[(trans-4-aminocyclohexyl)methyl]-N-butyl-3-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-6-amine 分子量: 396.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₉FN₆
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.68 %
結晶化	温度: 288 K / pH: 8.5 詳細: Protein: 32.5 mg/mL in 20 mM Tris pH 8.0, 500mM sodium chloride, 2mM beta-mercaptoethanol; incubated with inhibitor (2.5 mM final concentration) overnight; Mixed 1:1 with crystallization ...詳細: Protein: 32.5 mg/mL in 20 mM Tris pH 8.0, 500mM sodium chloride, 2mM beta-mercaptoethanol; incubated with inhibitor (2.5 mM final concentration) overnight; Mixed 1:1 with crystallization solution (27-33% (v/v) Peg400, 200 mM magnesium chloride, 100 mM Tris pH 8.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 288K

結晶

マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.68 %

結晶化

温度: 288 K / pH: 8.5
詳細: Protein: 32.5 mg/mL in 20 mM Tris pH 8.0, 500mM sodium chloride, 2mM beta-mercaptoethanol; incubated with inhibitor (2.5 mM final concentration) overnight; Mixed 1:1 with crystallization ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1.06205
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月10日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.06205 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.69→29.02 Å / Num. obs: 16603 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 62.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 14.7
反射シェル	解像度: 2.69→2.72 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 59.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BRB

3brb

解像度: 2.69→29.02 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.87 / SU B: 35.667 / SU ML: 0.355 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R Free: 0.424 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.298	840	5.1 %	RANDOM
R_work	0.225	-	-	-
obs	0.228	15728	95.9 %	-
all	-	16603	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.62 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.16 Å²	-0 Å²	-0.95 Å²
2-	-	-4.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.69→29.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4059	0	64	36	4159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	4205
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.147	1.999	5682
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.983	5	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.371	23.799	179
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.685	15	764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.496	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	639
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	3068
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.235	1.5	2529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.449	2	4089
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.708	3	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.156	4.5	1593
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.69→2.76 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.433	50	-
R_work	0.254	931	-
obs	-	-	78.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9026	-1.7622	3.0175	7.7374	0.41	2.0723	0.0323	-0.2352	0.1099	-0.024	0.0771	-0.5369	0.2137	0.2704	-0.1094	0.3866	0.0689	-0.0562	0.5081	-0.0569	0.2289	13.0256	-28.4638	20.3326
2	13.3224	3.4825	5.5019	14.7982	6.538	11.5282	-0.0991	-0.574	-0.6433	-0.0625	-0.0207	-0.4158	0.6897	0.2107	0.1199	0.1367	0.0133	0.0106	0.2191	0.0425	0.1012	7.2084	-31.2602	18.6273
3	2.7848	-0.469	-6.8171	6.298	-2.3014	6.2635	0.8881	-0.299	0.4618	-0.1387	-0.4252	0.2556	-1.0396	0.5239	-0.4629	0.9214	-0.033	0.1192	1.0538	0.0786	0.6837	21.7544	-18.9794	33.7127
4	15.8983	1.3928	-0.7176	4.7855	-5.0579	4.6944	0.1113	-1.0347	-0.4299	0.4824	-0.3401	-0.2287	-0.504	0.2978	0.2288	0.2088	-0.0279	0.1243	0.5399	-0.0823	0.5876	9.0857	-25.7589	35.3906
5	20.2997	-1.7868	-7.1789	7.5583	1.5527	2.5941	0.0281	-0.0361	-2.018	0.1034	-0.656	0.1258	-0.065	0.1086	0.6279	0.2511	-0.0056	0.0743	0.4425	-0.0763	0.2345	4.9379	-27.0306	27.3728
6	1.721	-4.199	0.9502	9.5254	-2.9725	2.4269	-0.0506	0.012	0.1387	0.1453	-0.0947	-0.3275	-0.0789	0.3132	0.1453	0.1839	-0.0488	0.0404	0.1696	0.0124	0.1781	0.6549	-17.1415	17.9192
7	1.9717	0.3127	-0.5384	2.9322	-0.1845	4.7401	-0.1161	0.3689	0.2347	-0.4674	0.1526	0.3054	-0.0979	-0.5807	-0.0365	0.1751	-0.0351	-0.0003	0.2003	0.0423	0.2057	-12.4312	-12.2398	21.6471
8	5.977	-1.1341	-0.8185	0.9611	-1.1518	11.6623	-0.0576	-0.3464	0.0971	0.2426	0.0323	-0.17	0.3916	0.3646	0.0252	0.1845	0.0216	-0.0002	0.053	0.0099	0.1638	-1.5414	-17.222	29.7223
9	1.0423	2.9049	3.3054	15.8193	6.8809	10.4734	0.1437	-0.0389	-0.0969	0.5009	-0.0918	-1.3456	0.37	0.2221	-0.0519	0.0734	-0.0013	0.0251	0.2861	0.0209	0.2095	1.4667	-8.7577	31.1189
10	5.4661	-0.7696	8.8495	19.559	-6.6033	10.135	0.3154	0.6639	-0.1501	0.517	-0.5879	-1.8283	0.3397	1.0481	0.2724	0.6552	0.0342	0.199	0.6713	-0.1167	0.6055	7.4771	-4.9926	41.9546
11	3.3769	-0.9112	2.4221	2.4883	2.8454	6.4505	-0.2431	0.1239	-0.0286	0.1484	0.1541	0.0998	-0.0748	0.3668	0.089	0.1893	-0.017	-0.02	0.0873	0.0132	0.1433	-5.2807	-5.8329	31.6656
12	3.8438	-1.0615	-0.1696	6.1977	2.5161	6.5822	0.0641	-0.1009	0.7361	0.5399	0.0533	-0.4923	-0.7525	0.336	-0.1174	0.2597	-0.0341	0.0297	0.1129	0.0369	0.2547	0.7171	6.3441	30.1294
13	5.2164	0.8746	2.7896	8.5186	-3.7317	5.3763	-0.3527	-0.0839	0.4009	0.1325	0.4124	0.5013	-0.0137	-0.7359	-0.0597	0.1199	0.0141	-0.0095	0.244	0.0282	0.1328	-12.9968	0.8143	32.0656
14	2.6713	-1.1478	-2.0846	1.0867	-0.9447	4.9893	-0.2076	-0.1291	-0.0002	0.2032	0.1951	0.0267	0.0192	-0.2141	0.0125	0.3347	-0.0016	0.1109	0.1131	0.022	0.1053	-11.9357	-9.5319	39.6259
15	39.3275	2.8571	24.9499	14.3338	-4.4685	15.5799	0.8815	-0.7038	-0.1923	-0.1052	-0.5902	0.9429	0.5627	-0.4678	-0.2913	0.3476	-0.1698	-0.0141	0.7042	-0.0718	0.499	-25.1418	-12.572	26.4918
17	-3.1892	17.6304	-9.8197	28.3001	-23.644	9.462	0.6019	0.3021	-0.6185	1.484	-1.0003	-0.3965	-1.4576	0.3109	0.3983	1.0013	0.3338	0.104	1.8034	-0.303	0.4518	19.0495	35.7596	5.7392
18	9.3973	-5.0341	2.9596	2.8213	-0.6248	7.8278	0.0329	-0.6611	0.0007	0.1185	0.3682	-0.2989	0.2489	0.5697	-0.4011	0.2681	-0.0669	-0.0763	0.3378	0.0126	0.3813	11.5276	27.9875	22.7079
19	5.5598	-0.8868	1.4449	6.0609	-2.7917	6.1259	0.071	0.0333	0.5367	-0.5675	0.2953	0.0403	-0.5391	0.2606	-0.3663	0.2273	-0.0882	0.0228	0.2124	0.0146	0.1744	6.618	34.4805	18.4242
20	27.6567	3.9219	6.2755	11.9013	9.6685	5.5065	-0.0301	0.508	-0.8547	0.3023	0.659	-0.8572	0.2126	0.5903	-0.6289	0.5657	-0.025	-0.0868	0.6959	0.2867	0.3498	10.3399	27.0356	4.954
21	29.0787	18.0224	1.7359	18.5926	5.5606	3.0264	-1.0338	-0.2793	1.5991	-0.1562	0.8636	1.443	0.0659	0.7966	0.1702	0.1896	-0.0163	0.0318	0.3453	-0.0513	0.2698	3.3903	26.9925	6.9877
22	41.4794	-0.3577	29.4409	0.772	-0.3872	20.0953	-1.5025	0.8134	1.7676	0.3738	0.1783	-0.5306	-1.1129	0.572	1.3242	0.3258	-0.0037	-0.1639	0.6587	0.0025	0.5121	22.3502	30.2688	19.2677
23	0.7354	1.6064	0.9272	6.5664	-0.9609	2.7812	0.0425	0.059	-0.0065	0.0635	0.1179	0.1802	0.0723	0.1437	-0.1604	0.0885	0.0174	0.0768	0.2187	-0.0319	0.0943	1.346	19.2022	17.2335
24	5.4416	2.4818	7.3592	12.436	-3.1499	13.8293	0.1875	-0.7315	0.6695	1.0341	-0.4485	1.3288	0.0732	-1.1265	0.261	0.5527	0.0317	0.2343	0.4978	0.1388	0.3243	-14.4817	10.0943	17.0875
25	7.3153	7.1154	-6.8877	8.8424	-9.7071	13.4472	0.0124	0.8852	0.4467	0.1305	0.5906	0.5845	0.0596	-0.798	-0.6029	0.1644	-0.0438	-0.0042	0.2081	0.0189	0.0625	-5.7072	17.4303	2.4302
26	27.3364	26.4843	-5.3596	23.0631	-6.4504	1.0234	-0.0859	0.1099	-0.1254	0.02	-0.2369	-0.4228	-0.1674	0.2952	0.3228	0.5709	-0.132	0.0111	0.5399	0.1603	0.3066	7.3864	22.1479	-4.2637
27	0.5436	-1.6396	2.2572	0.4063	-0.9217	27.2298	0.1311	-0.3091	1.0657	-0.0351	0.3421	-1.108	0.1568	1.4216	-0.4732	0.0595	-0.0889	-0.0303	0.2451	-0.3867	1.251	5.196	14.3891	7.6629
28	3.0786	-2.552	-3.5535	7.9922	3.4508	5.1931	-0.1817	-0.1326	0.2253	0.7695	0.1595	-0.8687	0.1095	0.429	0.0222	0.1204	-0.0546	-0.1087	0.2473	0.0201	0.226	4.79	11.858	6.3467
29	0.3727	0.0936	1.1049	6.3654	-1.2922	3.8532	-0.0433	0.1121	0.0107	-0.2499	-0.2289	-0.5692	0.2081	0.3244	0.2722	0.1878	-0.054	0.0507	0.1107	0.024	0.156	2.6286	5.5802	3.0857
30	12.6305	-0.8326	3.6457	2.9385	-1.215	7.0048	-0.0159	-0.1469	-1.0091	-0.0052	0.137	-0.0764	0.3255	0.2952	-0.1211	0.232	-0.0246	0.0794	0.0508	0.0097	0.2415	1.0932	-5.0163	2.7762
31	1.7466	0.944	-0.3482	3.8267	0.4869	4.9295	-0.0364	0.453	-0.1373	-0.3942	0.033	0.2397	0.2382	-0.4158	0.0034	0.1591	-0.0529	-0.0348	0.1896	-0.0107	0.1177	-5.6418	8.6828	-5.7767

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	577 - 603
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	604 - 621
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	622 - 631
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	632 - 644
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	645 - 665
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	666 - 686
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	687 - 713
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	714 - 735
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	736 - 771
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	772 - 778
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	779 - 795
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	796 - 817
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	818 - 838
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	839 - 857
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	858 - 863
16	X-RAY DIFFRACTION	17	B	576 - 581
17	X-RAY DIFFRACTION	18	B	582 - 605
18	X-RAY DIFFRACTION	19	B	606 - 620
19	X-RAY DIFFRACTION	20	B	621 - 647
20	X-RAY DIFFRACTION	21	B	648 - 652
21	X-RAY DIFFRACTION	22	B	653 - 665
22	X-RAY DIFFRACTION	23	B	666 - 686
23	X-RAY DIFFRACTION	24	B	687 - 698
24	X-RAY DIFFRACTION	25	B	699 - 713
25	X-RAY DIFFRACTION	26	B	714 - 719
26	X-RAY DIFFRACTION	27	B	720 - 731
27	X-RAY DIFFRACTION	28	B	732 - 773
28	X-RAY DIFFRACTION	29	B	774 - 803
29	X-RAY DIFFRACTION	30	B	804 - 827
30	X-RAY DIFFRACTION	31	B	828 - 861

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)