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万見
- PDB-3tc8: Crystal structure of a Zn-dependent exopeptidase (BDI_3547) from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tc8
タイトルCrystal structure of a Zn-dependent exopeptidase (BDI_3547) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 1.06 A resolution
要素Leucine aminopeptidase
キーワードHYDROLASE / Phosphorylase/hydrolase-like / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


glutaminyl-peptide cyclotransferase activity / aminopeptidase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Glutaminyl-peptide cyclotransferase-like / Peptidase M28 / Peptidase family M28 / Zn peptidases / Aminopeptidase / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine aminopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Parabacteroides distasonis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.06 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Hypothetical Zn-dependent exopeptidase (BDI_3547) from Parabacteroides distasonis ATCC 8503 at 1.06 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2011年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Structure summary
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine aminopeptidase
B: Leucine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8569
ポリマ－68,4152
非ポリマー4417
水19,0601058
1
A: Leucine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3974
ポリマ－34,2071
非ポリマー1903
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Leucine aminopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4595
ポリマ－34,2071
非ポリマー2524
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.662, 51.277, 72.985
Angle α, β, γ (deg.)105.740, 99.920, 97.460
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細CRYSTAL PACKING ANALYSIS SUGGESTS THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

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要素

#1: タンパク質 Leucine aminopeptidase


分子量: 34207.324 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 22-329 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parabacteroides distasonis (バクテリア)
株: ATCC 8503 / DSM 20701 / NCTC 11152 / 遺伝子: BDI_3547 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A6LHT4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1058 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THIS CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 22-329 OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M bicine pH 9, 30% polyethylene glycol 6000, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97907,
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月4日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.06→25.382 Å / Num. obs: 252314 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 8.483 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 11.71
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
1.06-1.10.8811.619878350518187.9
1.1-1.140.5942.317478244393188.7
1.14-1.190.4443.118737247610189.6
1.19-1.260.338421746255204190.4
1.26-1.340.2595.219702750131191.1
1.34-1.440.184719133148673192.1
1.44-1.580.11210.919475649440193.3
1.58-1.810.06916.720566052370194.3
1.81-2.280.04126.820290952120194.7
2.28-25.3820.0283719960351826194

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XSCALEDecember 6, 2010データスケーリング
REFMAC5.5.0110精密化
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.06→25.382 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.982 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / SU B: 0.727 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.023
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. X-RAY FLUORESCENCE EXCITATION AND WAVELENGTH SCANS AND ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIERS SUPPORT THE MODELING OF ZINC (ZN) IONS. 4. OCCUPANCIES OF ZN ATOMS WERE REFINED BY PHENIX. 5. 1,2-ETHANEDIOL (EDO) MOLECULES FROM THE CRYOPROTECTION SOLUTION ARE MODELED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1315 12723 5 %RANDOM
Rwork0.1115 ---
obs0.1126 252112 92.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 46.71 Å2 / Biso mean: 15.0206 Å2 / Biso min: 6.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.06 Å2-0.49 Å2
2---0.51 Å20.1 Å2
3---0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.06→25.382 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4557 0 22 1058 5637
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0224993
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023381
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6521.9436851
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95938267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.725668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.4924.559261
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.915793
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5051530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215811
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021053
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6931.53045
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7611.51232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.38924938
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.07631948
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4174.51867
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.49538374
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free9.78731083
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.03538211
LS精密化 シェル解像度: 1.06→1.087 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 881 -
Rwork0.227 16914 -
all-17795 -
obs--87.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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