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- PDB-3tbi: Crystal structure of T4 gp33 bound to E. coli RNAP beta-flap domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3tbi
タイトルCrystal structure of T4 gp33 bound to E. coli RNAP beta-flap domain
要素
  • DNA-directed RNA polymerase subunit beta
  • RNA polymerase-associated protein Gp33
キーワードTRANSCRIPTION / transcription accessory protein
機能・相同性
機能・相同性情報


late viral transcription / transcription regulator activator activity / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex ...late viral transcription / transcription regulator activator activity / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / intracellular iron ion homeostasis / response to antibiotic / DNA binding / membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phage late-transcription coactivator-like / Late transcription coactivator / Phage late-transcription coactivator superfamily / Late transcription coactivator, myovirus / Phage late-transcription coactivator / Helix Hairpins - #1670 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / Helix Hairpins / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain ...Phage late-transcription coactivator-like / Late transcription coactivator / Phage late-transcription coactivator superfamily / Late transcription coactivator, myovirus / Phage late-transcription coactivator / Helix Hairpins - #1670 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / Helix Hairpins / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / Helix non-globular / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Special / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Arc Repressor Mutant, subunit A / Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta / Late transcription coactivator
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Twist, K.A.F. / Campbell, E.A. / Darst, S.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of T4 gp33 bound to E. coli RNAP beta-flap domain
著者: Twist, K.A.F. / Campbell, E.A. / Darst, S.A. / Geiduschek, E.P. / Hochschild, A. / Deighan, P.
履歴
登録2011年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase-associated protein Gp33
B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,6482
ポリマ－38,6482
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1790 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.218, 112.250, 164.847
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase-associated protein Gp33 / gp33 late promoter transcription accessory protein


分子量: 13276.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: 33, gp33 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P13338
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 25371.717 Da / 分子数: 1 / Fragment: beta-flap domain (UNP residues 831-1057) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: b3987, groN, JW3950, nitB, rif, ron, rpoB, stl, stv, tabD
プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.82 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M triethylamine N-oxide, 20% PEG2000 MME, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X3A / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Double flat crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→28.995 Å / Num. all: 10635 / Num. obs: 10551 / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.053

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SnB位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→28.995 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.916 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 20.43 / SU ML: 0.371 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.363 / ESU R Free: 0.434
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29485 500 4.7 %RANDOM
Rwork0.25086 ---
obs0.25293 10051 98.93 %-
all-9980 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 112.814 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.47 Å2-0 Å20 Å2
2--5.16 Å2-0 Å2
3----2.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→28.995 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2331 0 0 0 2331
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0222353
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.6562.0043167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.9655297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.20825.849106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.02815451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.1951514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0470.2370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0211719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02409
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3221.51482
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0331.5607
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.60722387
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6893868
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2114.5777
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.079 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.483 30 -
Rwork0.399 643 -
obs--95.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.45991.65320.94782.76172.862910.11310.08330.02730.1063-0.09380.10520.0345-0.045-0.0238-0.18840.0576-0.02980.02890.0857-0.08830.1215-13.05519.56416.374
29.84721.16998.22710.7999-0.112410.34910.25130.5964-0.45710.1171-0.0911-0.41090.85791.1083-0.16020.4190.1493-0.19690.3697-0.30.656522.43917.70546.018
33.58233.62194.270910.14224.803210.4924-0.82220.88480.5347-1.82520.58570.8298-1.96750.49240.23640.501-0.079-0.06620.46680.04960.3091-16.78612.965-13.691
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B830 - 941
2X-RAY DIFFRACTION1B1041 - 1057
3X-RAY DIFFRACTION2B942 - 1040
4X-RAY DIFFRACTION3A35 - 102

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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