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- PDB-3t8f: Thermolysin In Complex With UBTLN34 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t8f
タイトルThermolysin In Complex With UBTLN34
要素Thermolysin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / protease / metalloprotease / hydrolysis of peptide bonds / phosphoramidon / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain ...Elastase; domain 1 - #10 / Elastase; domain 1 / PepSY domain / Peptidase propeptide and YPEB domain / Peptidase M4, C-terminal / FTP domain / Peptidase M4 domain / Peptidase M4 / Thermolysin metallopeptidase, catalytic domain / Thermolysin metallopeptidase, alpha-helical domain / Fungalysin/Thermolysin Propeptide Motif / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(R)-({[(BENZYLOXY)CARBONYL]AMINO}METHYL)(HYDROXY)PHOSPHORYL]-N-ETHYL-L-LEUCINAMIDE / Chem-UBU / Thermolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Biela, A. / Heine, A. / Klebe, G.
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2012
タイトル: Water makes the difference: rearrangement of water solvation layer triggers non-additivity of functional group contributions in protein-ligand binding.
著者: Biela, A. / Betz, M. / Heine, A. / Klebe, G.
履歴
登録2011年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Other
改定 1.22014年2月12日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,73016
ポリマ－34,3601
非ポリマー1,37015
水8,593477
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.400, 92.400, 131.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-634-

HOH

21A-706-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Thermolysin / Thermostable neutral proteinase


分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 断片: mature form (UNP residues 233-548) / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 6種, 492分子

#2: 化合物 ChemComp-UBU / N-[(R)-({[(benzyloxy)carbonyl]amino}methyl)(hydroxy)phosphoryl]-N-ethyl-L-leucinamide


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 385.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H28N3O5P
参照: N-[(R)-({[(BENZYLOXY)CARBONYL]AMINO}METHYL)(HYDROXY)PHOSPHORYL]-N-ETHYL-L-LEUCINAMIDE
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50 mM Tris, 1.9 M cesium chloride, 50% DMSO, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月14日 / 詳細: Collimating Mirror
放射モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→50 Å / Num. all: 60157 / Num. obs: 60157 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 22
反射 シェル解像度: 1.44→1.46 Å / 冗長度: 4.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / Num. unique all: 2836 / Rsym value: 0.272 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7_650)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 8TLN

8tln


解像度: 1.44→30.349 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 位相誤差: 13.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1586 2951 5.04 %RANDOM
Rwork0.1421 ---
all0.1429 61525 --
obs0.1429 58574 97.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 53.282 Å2 / ksol: 0.405 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2906 Å20 Å20 Å2
2---1.2906 Å2-0 Å2
3---2.5811 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→30.349 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2432 0 75 477 2984
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122657
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0483672
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.128936
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005468
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.44-1.46360.17581310.16722488X-RAY DIFFRACTION93
1.4636-1.48880.21841230.17922493X-RAY DIFFRACTION93
1.4888-1.51590.20981380.16152508X-RAY DIFFRACTION94
1.5159-1.54510.14771360.1562551X-RAY DIFFRACTION95
1.5451-1.57660.14961480.14182529X-RAY DIFFRACTION95
1.5766-1.61090.19231260.14762565X-RAY DIFFRACTION96
1.6109-1.64840.15941140.1422639X-RAY DIFFRACTION97
1.6484-1.68960.16571340.13642609X-RAY DIFFRACTION97
1.6896-1.73530.13931440.13382606X-RAY DIFFRACTION97
1.7353-1.78630.17951490.13662613X-RAY DIFFRACTION97
1.7863-1.8440.19521280.13352633X-RAY DIFFRACTION97
1.844-1.90990.14781480.13542621X-RAY DIFFRACTION97
1.9099-1.98630.15611380.13682678X-RAY DIFFRACTION99
1.9863-2.07670.17771400.14252697X-RAY DIFFRACTION99
2.0767-2.18620.17061360.13782720X-RAY DIFFRACTION99
2.1862-2.32310.15191310.13382726X-RAY DIFFRACTION99
2.3231-2.50240.14941520.14242714X-RAY DIFFRACTION99
2.5024-2.7540.15731580.14042723X-RAY DIFFRACTION99
2.754-3.15220.14061420.14062775X-RAY DIFFRACTION100
3.1522-3.970.131780.13512793X-RAY DIFFRACTION100
3.97-30.35610.17551570.15172942X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1332-0.0634-0.03780.07670.05280.08690.01110.00390.00650.0669-0.0013-0.01480.0057-0.08020.00250.09710.00860.01560.11640.01130.064325.363828.52612.6584
20.10820.00740.03210.126-0.08080.06440.02050.0445-0.00820.0261-0.0313-0.0477-0.02270.02920.00510.06340.0019-0.00230.07380.00440.059131.122532.80464.1607
30.20710.03340.01510.1093-0.10040.10280.0217-0.0233-0.04380.0470.0048-0.0078-0.02080.008-0.01120.0640.00750.00440.06250.0030.051520.800926.1691.5896
40.12910.05290.05110.04620.00270.0338-0.0029-0.00160.0315-0.0131-0.01630.0219-0.01090.00220.00620.06120.00740.00890.0689-0.00080.057913.86136.2121-4.8248
50.04960.015-0.03350.19360.17670.27720.0584-0.10770.0410.0693-0.09040.04540.0415-0.03880.02810.0694-0.01140.0250.101-0.01470.08065.075531.77386.5066
60.13140.1420.07610.24050.0420.06250.0017-0.08630.0756-0.0106-0.05590.1381-0.0159-0.04040.0280.05320.0050.00330.0881-0.01210.113-4.803134.3983-7.3327
70.2210.01320.04610.2099-0.03580.1370.0547-0.0266-0.065-0.0328-0.00940.04350.02020.0322-0.02050.0797-0.0051-0.00050.0779-0.00710.08874.533918.1807-10.0917
80.11130.0410.05290.3170.00760.12530.03410.061-0.0494-0.0807-0.01360.11920.0497-0.0489-0.00080.0918-0.0072-0.01330.0948-0.01430.116-3.42120.7895-15.6894
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:19)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 20:60)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 61:100)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 101:173)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 174:202)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 203:256)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 257:274)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 275:316)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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