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- PDB-3t6f: Biotin complex of Y54F core streptavidin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t6f
タイトルBiotin complex of Y54F core streptavidin
要素Streptavidin
キーワードBIOTIN BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin ...Avidin-like / Avidin-like, conserved site / Avidin-like domain signature. / Avidin / : / Avidin/streptavidin / Avidin-like superfamily / Avidin family / Avidin-like domain profile. / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIOTIN-D-SULFOXIDE / BIOTIN / Streptavidin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces avidinii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Baugh, L. / Le Trong, I. / Cerutti, D.S. / Mehta, N. / Gulich, S. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. / Lybrand, T.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Second-Contact Shell Mutation Diminishes Streptavidin-Biotin Binding Affinity through Transmitted Effects on Equilibrium Dynamics.
著者: Baugh, L. / Le Trong, I. / Cerutti, D.S. / Mehta, N. / Gulich, S. / Stayton, P.S. / Stenkamp, R.E. / Lybrand, T.P.
履歴
登録2011年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月8日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Streptavidin
B: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,19613
ポリマ－26,5312
非ポリマー1,66611
水4,468248
1
A: Streptavidin
B: Streptavidin
ヘテロ分子

A: Streptavidin
B: Streptavidin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,39326
ポリマ－53,0614
非ポリマー3,33222
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
Buried area11370 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area21140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.611, 94.114, 104.595
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Streptavidin


分子量: 13265.336 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 37-163 / 変異: Y54F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア)
プラスミド: PET21A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P22629

-
非ポリマー , 5種, 259分子

#2: 化合物 ChemComp-BTN / BIOTIN / ビオチン


分子量: 244.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O3S
#3: 化合物 ChemComp-BSO / BIOTIN-D-SULFOXIDE / 5-[(3AR,4R,6AS)-5-OXIDO-2-OXOHEXAHYDRO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-4-YL]PENTANOIC ACID


分子量: 260.310 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O4S
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 60% saturated ammonium sulfate, 5% isopropanol (30% glycerol cryoprotectant), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月16日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→27.919 Å / Num. all: 68448 / Num. obs: 68448 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I): 23.065
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.22-1.26100.61366630.919198.4
1.26-1.3111.60.52467350.958199.5
1.31-1.3712.90.47568410.9761100
1.37-1.4513.90.38867721.0111100
1.45-1.5414.30.2868091.0471100
1.54-1.6614.50.20768531.1041100
1.66-1.8214.50.15368161.1131100
1.82-2.0914.50.11168771.1621100
2.09-2.6314.30.09369311.0421100
2.63-5013.80.171511.088199.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1MK5

1mk5


解像度: 1.22→27.919 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.974 / WRfactor Rfree: 0.1472 / WRfactor Rwork: 0.1229 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8938 / SU B: 1.061 / SU ML: 0.021 / SU R Cruickshank DPI: 0.0358 / SU Rfree: 0.0348 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1506 3468 5.1 %RANDOM
Rwork0.1283 ---
all0.1294 64975 --
obs0.1294 64975 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 125.94 Å2 / Biso mean: 14.95 Å2 / Biso min: 6.64 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.44 Å20 Å20 Å2
2--1.57 Å20 Å2
3----2.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.22→27.919 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1812 0 105 248 2165
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0212047
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5411.9292803
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3933139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7625254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.42123.65982
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.73815285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.651159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2318
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02434
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.48541240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0924530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.53561996
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.6296807
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.86710807
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.40233332
LS精密化 シェル解像度: 1.22→1.252 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 240 -
Rwork0.192 4634 -
all-4874 -
obs--97.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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