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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3t6d | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Reaction Centre from Blastochloris viridis strain DSM 133 (ATCC 19567) substrain-08 | ||||||
要素 | (Photosynthetic reaction center ...) x 4 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT / Pigment-protein complex / Photosynthesis / Photosynthetic reaction center / Photosynthetic membranes / Evolution / Genetic drift | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity ...: / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / membrane => GO:0016020 / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Blastochloris viridis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Roszak, A.W. / Gardiner, A.T. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012 タイトル: New insights into the structure of the reaction centre from Blastochloris viridis: evolution in the laboratory. 著者: Roszak, A.W. / Moulisova, V. / Reksodipuro, A.D. / Gardiner, A.T. / Fujii, R. / Hashimoto, H. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3t6d.cif.gz | 628.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3t6d.ent.gz | 513.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3t6d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/3t6d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t6/3t6d | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-Photosynthetic reaction center ... , 4種, 4分子 CHLM
#1: タンパク質 | 分子量: 39523.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: substrain-08 has evolved in the laboratory from the substrain-94 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: B8Y5U8, UniProt: P07173*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 28527.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: substrain-08 has evolved in the laboratory from the substrain-94 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: B8Y5U3, UniProt: P06008*PLUS |
#3: タンパク質 | 分子量: 30469.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: substrain-08 has evolved in the laboratory from the substrain-94 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: B8Y5U6, UniProt: P06009*PLUS |
#4: タンパク質 | 分子量: 35886.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: substrain-08 has evolved in the laboratory from the substrain-94 由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: B8Y5U7, UniProt: P06010*PLUS |
-非ポリマー , 14種, 1010分子
#5: 化合物 | ChemComp-HEC / #6: 化合物 | ChemComp-LDA / #7: 化合物 | ChemComp-DGA / | #8: 化合物 | ChemComp-SO4 / #9: 化合物 | ChemComp-HTO / #10: 化合物 | ChemComp-GOL / #11: 化合物 | ChemComp-BCB / #12: 化合物 | #13: 化合物 | #14: 化合物 | ChemComp-FE2 / | #15: 化合物 | ChemComp-MQ9 / | #16: 化合物 | ChemComp-NS5 / | #17: 化合物 | ChemComp-HTH / ( | #18: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Protein in 20 mM sodium phosphate buffer, 0.1% lauryldimethylamine N,N-oxide (LDAO) detergent, precipitant 1.5 M ammonium sulfate, amphiphile 3% heptanetriol, reservoir solution 2.2-2.4 M ...詳細: Protein in 20 mM sodium phosphate buffer, 0.1% lauryldimethylamine N,N-oxide (LDAO) detergent, precipitant 1.5 M ammonium sulfate, amphiphile 3% heptanetriol, reservoir solution 2.2-2.4 M ammonium sulphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97108 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月3日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97108 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→48.34 Å / Num. all: 193320 / Num. obs: 193320 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 33.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.592 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 19553 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: Unpublished own 2.3 A model for which the 1DXR model was used in the MR 解像度: 1.95→48.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.547 / SU ML: 0.065 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.726 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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