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- PDB-3t6d: Crystal Structure of the Reaction Centre from Blastochloris virid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t6d
タイトルCrystal Structure of the Reaction Centre from Blastochloris viridis strain DSM 133 (ATCC 19567) substrain-08
要素(Photosynthetic reaction center ...) x 4
キーワードELECTRON TRANSPORT / Pigment-protein complex / Photosynthesis / Photosynthetic reaction center / Photosynthetic membranes / Evolution / Genetic drift
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / photosynthesis / endomembrane system / electron transfer activity / iron ion binding ...plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / : / photosynthesis / endomembrane system / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 ...Photosynthetic Reaction Center, subunit C; domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit C, domain 2 / Photosynthetic reaction centre, cytochrome c subunit / Multihaem cytochrome, PRC subunit superfamily / Photosynthetic reaction centre cytochrome C subunit / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 1 / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain / Photosynthetic Reaction Center; Chain H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit H, domain 2 / Photosynthetic Reaction Center, subunit M; domain 1 / Photosystem II protein D1-like / Multiheme cytochrome c family profile. / Photosynthetic reaction centre, H subunit / Bacterial photosynthetic reaction centre, H-chain, C-terminal / Photosynthetic reaction centre, M subunit / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, H subunit, N-terminal domain superfamily / Photosynthetic reaction centre, H-chain N-terminal region / PRC-barrel domain / Photosynthetic reaction centre, L subunit / PRC-barrel-like superfamily / Multiheme cytochrome superfamily / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Few Secondary Structures / Irregular / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL B / BACTERIOPHEOPHYTIN B / DIACYL GLYCEROL / : / HEME C / (2S,3R)-heptane-1,2,3-triol / HEPTANE-1,2,3-TRIOL / MENAQUINONE-9 / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / Ubiquinone-9 ...BACTERIOCHLOROPHYLL B / BACTERIOPHEOPHYTIN B / DIACYL GLYCEROL / : / HEME C / (2S,3R)-heptane-1,2,3-triol / HEPTANE-1,2,3-TRIOL / MENAQUINONE-9 / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / Ubiquinone-9 / Photosynthetic reaction center H-subunit / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit / Reaction center protein H chain / Reaction center protein L chain / Reaction center protein M chain / Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Blastochloris viridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Roszak, A.W. / Gardiner, A.T. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: New insights into the structure of the reaction centre from Blastochloris viridis: evolution in the laboratory.
著者: Roszak, A.W. / Moulisova, V. / Reksodipuro, A.D. / Gardiner, A.T. / Fujii, R. / Hashimoto, H. / Isaacs, N.W. / Cogdell, R.J.
履歴
登録2011年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月8日Group: Database references
改定 1.22020年10月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_conn_angle ...chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / reflns_shell / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.number_unique_all / _reflns_shell.number_unique_obs / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_validate_chiral
Item: _chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config ..._chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_atom.pdbx_stereo_config / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.pdbx_stereo_config

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit
H: Photosynthetic reaction center H-subunit
L: Photosynthetic reaction center L-subunit
M: Photosynthetic reaction center M-subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,382153
ポリマ－134,4064
非ポリマー27,976149
水15,511861
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area70190 Å2
ΔGint-803 kcal/mol
Surface area42650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)220.440, 220.440, 113.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-291-

GOL

21H-813-

HOH

-
要素

-
Photosynthetic reaction center ... , 4種, 4分子 CHLM

#1: タンパク質 Photosynthetic reaction center cytochrome c subunit


分子量: 39523.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: substrain-08 has evolved in the laboratory from the substrain-94
由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: B8Y5U8, UniProt: P07173*PLUS
#2: タンパク質 Photosynthetic reaction center H-subunit


分子量: 28527.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: substrain-08 has evolved in the laboratory from the substrain-94
由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: B8Y5U3, UniProt: P06008*PLUS
#3: タンパク質 Photosynthetic reaction center L-subunit / Photosynthetic reaction center L subunit


分子量: 30469.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: substrain-08 has evolved in the laboratory from the substrain-94
由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: B8Y5U6, UniProt: P06009*PLUS
#4: タンパク質 Photosynthetic reaction center M-subunit


分子量: 35886.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: substrain-08 has evolved in the laboratory from the substrain-94
由来: (天然) Blastochloris viridis (バクテリア) / 参照: UniProt: B8Y5U7, UniProt: P06010*PLUS

-
非ポリマー , 14種, 1010分子

#5: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#6: 化合物...
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-DGA / DIACYL GLYCEROL / 1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-ル


分子量: 625.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H76O5
#8: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物
ChemComp-HTO / HEPTANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 148.200 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O3
#10: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#11: 化合物
ChemComp-BCB / BACTERIOCHLOROPHYLL B


分子量: 909.488 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O6
#12: 化合物 ChemComp-BPB / BACTERIOPHEOPHYTIN B / (7R,7α)-31-オキソ-7-ヒドロ-81-デヒドロ-132(以下略)


分子量: 887.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O6
#13: 化合物 ChemComp-UQ9 / Ubiquinone-9 / 2,3-dimethoxy-5-methyl-6-[(2E,6E,10E,14Z,18E,22E,26E,30Z)-3,7,11,15,19,23,27,31,35-nonamethylhexatriaconta-2,6,10,14,18 ,22,26,30,34-nonaen-1-yl]cyclohexa-2,5-diene-1,4-dione


分子量: 795.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C54H82O4
#14: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#15: 化合物 ChemComp-MQ9 / MENAQUINONE-9


分子量: 785.233 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C56H80O2
#16: 化合物 ChemComp-NS5 / 15-cis-1,2-dihydroneurosporene / 15,15′-cis-1,2-ジヒドロノイロスポレン


分子量: 540.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H60
#17: 化合物 ChemComp-HTH / (2S,3R)-heptane-1,2,3-triol / heptane-1,2,3-triol


分子量: 148.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H16O3
#18: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 861 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein in 20 mM sodium phosphate buffer, 0.1% lauryldimethylamine N,N-oxide (LDAO) detergent, precipitant 1.5 M ammonium sulfate, amphiphile 3% heptanetriol, reservoir solution 2.2-2.4 M ...詳細: Protein in 20 mM sodium phosphate buffer, 0.1% lauryldimethylamine N,N-oxide (LDAO) detergent, precipitant 1.5 M ammonium sulfate, amphiphile 3% heptanetriol, reservoir solution 2.2-2.4 M ammonium sulphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97108 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月3日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97108 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→48.34 Å / Num. all: 193320 / Num. obs: 193320 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 33.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.592 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 19553 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DNAデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.6.0101精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Unpublished own 2.3 A model for which the 1DXR model was used in the MR

1dxr


解像度: 1.95→48.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 5.547 / SU ML: 0.065 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.112 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2163 9677 5 %RANDOM
Rwork0.18172 ---
all0.18343 193178 --
obs0.18343 183501 96.17 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.726 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.69 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----1.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→48.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9339 0 1836 861 12036
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02111525
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028032
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2362.09915659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg13.00319166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.99151196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.40322.313428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.413151416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1911568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21607
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02111755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022284
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 702 -
Rwork0.346 13137 -
obs-13839 98.51 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6521-0.31380.12740.4611-0.03770.31940.02330.04850.0085-0.096-0.0015-0.06710.01060.0083-0.02190.0503-0.02730.03360.0259-0.01890.0253-61.127-111.1838.965
26.34543.878-6.814632.0757-25.922623.266-1.1591.29460.92472.23370.3398-1.8947-1.0428-0.99460.81921.9601-0.9396-1.11461.10130.2920.7999-54.238-113.15425.646
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C2 - 334
2X-RAY DIFFRACTION1H1 - 45
3X-RAY DIFFRACTION1H54 - 258
4X-RAY DIFFRACTION1M500 - 501
5X-RAY DIFFRACTION1L1 - 273
6X-RAY DIFFRACTION1L503
7X-RAY DIFFRACTION1H701 - 721
8X-RAY DIFFRACTION1C716 - 722
9X-RAY DIFFRACTION1M704 - 717
10X-RAY DIFFRACTION1L702 - 724
11X-RAY DIFFRACTION1H259 - 271
12X-RAY DIFFRACTION1H272 - 274
13X-RAY DIFFRACTION1H275 - 291
14X-RAY DIFFRACTION2C1
15X-RAY DIFFRACTION2C730

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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