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- PDB-3t65: S25-2- A(2-8)KDO disaccharide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t65
タイトルS25-2- A(2-8)KDO disaccharide complex
要素(S25-2 FAB (IGG1K) ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / antigen-binding fragment / FAB / anti-carbohydrate / anti-LPS / antibody / immunoglobulin / KDO
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Nguyen, H.P. / Seto, N.O. / Mackenzie, C.R. / Brade, L. / Kosma, P. / Brade, H. / Evans, S.V.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2003
タイトル: Germline antibody recognition of distinct carbohydrate epitopes.
著者: Nguyen, H.P. / Seto, N.O. / MacKenzie, C.R. / Brade, L. / Kosma, P. / Brade, H. / Evans, S.V.
履歴
登録2011年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2011年8月17日ID: 1Q9R
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: S25-2 FAB (IGG1K) heavy chain
A: S25-2 FAB (IGG1K) light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9425
ポリマ－48,3542
非ポリマー5883
水13,259736
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area19540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.900, 81.600, 131.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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抗体 , 2種, 2分子 BA

#1: 抗体 S25-2 FAB (IGG1K) heavy chain


分子量: 24110.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 S25-2 FAB (IGG1K) light chain


分子量: 24242.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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糖 , 1種, 1分子

#3: 多糖 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-8)-prop-2-en-1-yl 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2- ...3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosonic acid-(2-8)-prop-2-en-1-yl 3-deoxy-alpha-D-manno-oct-2-ulopyranosidonic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 498.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[Aad1122h-2a_2-6_2*OCC=C][Aad1122h-2a_2-6]/1-2/a8-b2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][propyl]{[(1+2)][a-D-Kdop]{[(8+2)][a-D-Kdop]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 738分子

#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 736 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: KDO disaccharide, magnesium chloride, zinc chloride, ethylene glycol, glycerol, PEG 4000, TRIS, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.15 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年1月1日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.15 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→19.78 Å / Num. obs: 82096

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.7.1_743精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→19.775 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.88 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1 / 位相誤差: 19.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2113 8262 10.06 %
Rwork0.1926 --
obs0.1945 82096 92.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.419 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 63.85 Å2 / Biso mean: 20.1545 Å2 / Biso min: 7.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.4695 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.6905 Å2-0 Å2
3----1.779 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→19.775 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3399 0 36 736 4171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073524
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1464785
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07539
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005606
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2911262
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4498-1.46630.24542910.21642444273593
1.4663-1.48350.26872380.26382183242183
1.4835-1.50160.24812740.21212425269994
1.5016-1.52060.24952830.222399268292
1.5206-1.54060.24422680.21792425269392
1.5406-1.56170.22662970.19432485278296
1.5617-1.5840.21452640.18512573283796
1.584-1.60760.21523260.18692471279797
1.6076-1.63270.23412440.18592620286497
1.6327-1.65950.21713060.18622501280797
1.6595-1.68810.20082590.18292560281997
1.6881-1.71880.22862830.18732575285898
1.7188-1.75180.19342870.17922562284998
1.7518-1.78750.22692750.18622584285998
1.7875-1.82640.19822900.17982591288198
1.8264-1.86880.19832530.17742593284697
1.8688-1.91550.23832440.22222092233679
1.9155-1.96730.222660.23092258252487
1.9673-2.02510.19712960.18932616291299
2.0251-2.09040.21222670.18152637290498
2.0904-2.1650.20312810.18332617289899
2.165-2.25160.21451820.19641838202069
2.2516-2.35390.22382360.19322013224976
2.3539-2.47780.21652860.19242648293499
2.4778-2.63270.23052980.198426702968100
2.6327-2.83540.20693170.198226582975100
2.8354-3.11980.22133330.198426402973100
3.1198-3.56890.20373240.18932674299899
3.5689-4.48780.18792000.16931709190963
4.4878-19.7770.19442940.19322773306796

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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