PDB-3t3v: Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t3v

タイトル

Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK1) in complex with Bumped Kinase Inhibitor, RM-1-87

要素

Calmodulin-domain protein kinase 1

キーワード

transferase/transferase inhibitor / serine/threonine protein kinase / transferase / calcium-binding / ATP-binding / calmodulin / EF hand / bumped kinase inhibitor / transferase-transferase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Larson, E.T. / Merritt, E.A.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Multiple determinants for selective inhibition of apicomplexan calcium-dependent protein kinase CDPK1.
著者: Larson, E.T. / Ojo, K.K. / Murphy, R.C. / Johnson, S.M. / Zhang, Z. / Kim, J.E. / Leibly, D.J. / Fox, A.M. / Reid, M.C. / Dale, E.J. / Perera, B.G. / Kim, J. / Hewitt, S.N. / Hol, W.G. / ...

履歴

登録	2011年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年1月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t3v.cif.gz	199.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t3v.ent.gz	158.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t3v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t3v_validation.pdf.gz	705.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t3v_full_validation.pdf.gz	707.9 KB	表示
XML形式データ	3t3v_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	3t3v_validation.cif.gz	25.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/3t3v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t3/3t3v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sx9C 3sxfC 3t3uC 3upxC 3upzC 3uqfC 3uqgC 3v51C 3v5pC 3v5tC 3i79S 3i7b 3i7c 3mwu 3n51 3ncg 3nyv S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4wg3-d 4m84-d 4mx9-d 3i7c-d 4tzr-d 4wg5-d 3ku2-d 6bfa-d 4mxa-d 5t6k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Calmodulin-domain protein kinase 1

ヘテロ分子

55.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.973, 71.934, 66.621
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.470, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

biological unit is the same as AU

#1: タンパク質	Calmodulin-domain protein kinase 1 / Calmodulin-domain protein kinase / putative 分子量: 55226.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: residues 1-29 were replaced with a cleavable His-tag plus linker during cloning; tag was cleaved prior to crystallization 由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: AAG53993, CDPK1, TGGT1_059880, TGVEG_042030 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q9BJF5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物	ChemComp-BK4 / 3-(6-methoxynaphthalen-2-yl)-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine / RM-1-87 分子量: 333.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₉N₅O
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.23 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25% PEG 3350, 0.275 M ammonium citrate, 5 mM DTT, 2.3 mM RM-1-87; mother liquor supplemented with 10% ethylene glycol prior to freezing in LN2, pH 7.0, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月2日
回折測定	詳細: 1.00 degrees, 5.0 sec, detector distance 300.00 mm
放射	モノクロメーター: side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.965 deg. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
Reflection	Av R equivalents: 0.076 / 数: 105552
反射	解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 28208 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 30.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 17.476
反射シェル	解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.732 / Mean I/σ(I) obs: 1.709 / R_sym value: 0.732 / % possible all: 99.9
Cell measurement	Reflection used: 105552

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	refmac_5.6.0095	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3i79

3i79

解像度: 2.04→39.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / WR_factor R_free: 0.228 / WR_factor R_work: 0.185 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 10.677 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2397	1470	5.2 %	RANDOM
R_work	0.1967	-	-	-
obs	0.199	28140	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 98.85 Å² / B_iso mean: 41.2153 Å² / B_iso min: 13.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	0.08 Å²
2-	-	-1.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→39.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3632	0	29	96	3757

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3749
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	2593
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.966	1.971	5037
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.003	3.001	6329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.593	5	458
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	556
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	4084
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	736

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.04-2.093	0.297	110	0.277	1913	2026	99.852
2.093-2.15	0.301	110	0.261	1841	1952	99.949
2.15-2.212	0.264	110	0.244	1807	1917	100
2.212-2.28	0.278	99	0.237	1737	1836	100
2.28-2.355	0.293	75	0.221	1689	1765	99.943
2.355-2.437	0.286	94	0.215	1650	1745	99.943
2.437-2.529	0.233	96	0.209	1566	1663	99.94
2.529-2.631	0.255	82	0.228	1519	1602	99.938
2.631-2.748	0.268	67	0.234	1471	1542	99.741
2.748-2.881	0.285	79	0.211	1401	1485	99.663
2.881-3.036	0.199	67	0.201	1318	1385	100
3.036-3.219	0.231	63	0.205	1262	1326	99.925
3.219-3.44	0.249	62	0.205	1164	1228	99.837
3.44-3.713	0.253	62	0.195	1081	1144	99.913
3.713-4.064	0.222	53	0.168	1001	1055	99.905
4.064-4.537	0.172	62	0.147	886	949	99.895
4.537-5.227	0.218	38	0.154	805	849	99.293
5.227-6.374	0.255	45	0.187	655	705	99.291
6.374-8.897	0.179	19	0.167	527	546	100
8.897-39.143	0.24	13	0.154	286	302	99.007

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6736	-1.9088	1.5404	2.9401	-1.4417	3.5941	-0.1818	-0.0962	0.1501	0.4008	-0.0174	-0.1341	-0.5252	0.0267	0.1993	0.1992	-0.0278	-0.0742	0.0815	-0.0116	0.067	11.9106	16.0945	72.3454
2	0.8872	-0.3465	0.1798	2.1402	-0.5266	2.5239	0.0246	-0.0189	0.0194	0.043	-0.0962	-0.2002	0.0515	0.1465	0.0716	0.0772	-0.005	-0.014	0.1192	-0.0102	0.1356	9.7306	13.5878	57.3748
3	1.7818	-0.3642	0.0773	2.7762	0.3833	1.6768	0.0871	0.2076	0.0454	-0.5088	-0.1213	-0.1594	0.0158	0.1419	0.0342	0.1333	0.0396	0.0181	0.1256	0.0043	0.0501	8.2147	20.854	39.9187
4	0.2877	-0.1159	-1.3708	1.5413	4.321	17.4041	-0.0604	0.0493	-0.0297	0.1844	0.1089	-0.1438	0.1242	-0.0256	-0.0485	0.2068	0.0869	-0.0688	0.1079	0.0336	0.1735	24.2533	33.7158	68.785
5	4.7885	-3.1571	-0.3953	7.4627	0.2264	4.9327	-0.116	0.061	0.0253	-0.1469	0.0581	0.0998	-0.1345	-0.0766	0.0579	0.2149	0.0562	-0.1173	0.0552	-0.0166	0.071	29.3373	27.3879	86.3207
6	6.4729	-1.8852	-1.7655	2.0186	1.1466	4.4978	0.0171	0.0159	0.2469	0.1674	0.1738	0.0656	-0.2071	0.0688	-0.1909	0.0585	0.0065	-0.0059	0.0775	0.0384	0.161	30.6347	37.2743	53.5981

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	45 - 95
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	96 - 214
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	215 - 334
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	335 - 364
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	365 - 435
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	436 - 507

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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