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- PDB-3t30: Human nucleoplasmin (Npm2): a histone chaperone in oocytes and ea... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t30
タイトルHuman nucleoplasmin (Npm2): a histone chaperone in oocytes and early embryos
要素Nucleoplasmin-2
キーワードCHAPERONE / beta-barrel jelly roll topology / Histone chaperone / H2A-H2B dimer and H3-H4 tetramer / oocytes and early embryos
機能・相同性
機能・相同性情報


oocyte differentiation / positive regulation of meiotic nuclear division / regulation of exit from mitosis / blastocyst development / single fertilization / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / positive regulation of DNA replication / histone binding / chromatin remodeling / chromatin binding ...oocyte differentiation / positive regulation of meiotic nuclear division / regulation of exit from mitosis / blastocyst development / single fertilization / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / positive regulation of DNA replication / histone binding / chromatin remodeling / chromatin binding / chromatin / nucleolus / enzyme binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleoplasmin core domain / Nucleoplasmin core domain / Nucleoplasmin core domain superfamily / Nucleoplasmin/nucleophosmin domain / Nucleoplasmin family / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Platonova, O. / Head, J.F. / Akey, C.W.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Crystal structure and function of human nucleoplasmin (npm2): a histone chaperone in oocytes and embryos.
著者: Platonova, O. / Akey, I.V. / Head, J.F. / Akey, C.W.
履歴
登録2011年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Nucleoplasmin-2
E: Nucleoplasmin-2
D: Nucleoplasmin-2
A: Nucleoplasmin-2
C: Nucleoplasmin-2
H: Nucleoplasmin-2
I: Nucleoplasmin-2
J: Nucleoplasmin-2
F: Nucleoplasmin-2
G: Nucleoplasmin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,94410
ポリマ－123,94410
非ポリマー00
水12,106672
1
B: Nucleoplasmin-2
E: Nucleoplasmin-2
D: Nucleoplasmin-2
A: Nucleoplasmin-2
C: Nucleoplasmin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9725
ポリマ－61,9725
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8160 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area19820 Å2
手法PISA
2
H: Nucleoplasmin-2
I: Nucleoplasmin-2
J: Nucleoplasmin-2
F: Nucleoplasmin-2
G: Nucleoplasmin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,9725
ポリマ－61,9725
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8440 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area19470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.03, 107.24, 108.7
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Nucleoplasmin-2


分子量: 12394.425 Da / 分子数: 10 / 断片: NPM2 oligomerisation domain (UNP residues 14-122) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NPM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q86SE8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 672 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% v/v PEG 3350, 100 mM NaCl, 25 mM Tris-HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 76 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月23日
放射モノクロメーター: Si (111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40.5 Å / Num. all: 86348 / Num. obs: 86130 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 8621 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
CNS精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1K5J (Xenopus nucleoplasmin)

1k5j


解像度: 1.9→40.46 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1116 1.35 %random
Rwork0.1925 ---
all0.1932 82427 --
obs0.1932 82427 95.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.738 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.2854 Å20 Å26.0746 Å2
2---7.6396 Å2-0 Å2
3----8.6458 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7190 0 0 672 7862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0177352
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6599961
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8822768
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1341170
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091253
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.9-1.98650.25061290.21649465958489
1.9865-2.09120.26151250.19719840996593
2.0912-2.22220.24121430.1841100021014594
2.2222-2.39380.23751400.1949101291026996
2.3938-2.63460.27011420.1972102671040997
2.6346-3.01580.28551420.2057104711061398
3.0158-3.79910.23881470.17871062010767100
3.7991-40.46910.21371480.1863105171066598

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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