PDB-6vcf: Crystal structure of Nitrosotalea devanaterra carotenoid cleavage...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6vcf

タイトル

Crystal structure of Nitrosotalea devanaterra carotenoid cleavage dioxygenase, iron form

要素

carotenoid cleavage dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / non-heme iron enzyme / carotenoid / apocarotenoid / mononuclear iron / beta propeller / RPE65 / dioxygenase

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-carotene 15,15'-dioxygenase activity / carotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / retinal metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Candidatus Nitrosotalea devanaterra (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.687 Å

データ登録者

Daruwalla, A. / Shi, W. / Kiser, P.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for carotenoid cleavage by an archaeal carotenoid dioxygenase.
著者: Daruwalla, A. / Zhang, J. / Lee, H.J. / Khadka, N. / Farquhar, E.R. / Shi, W. / von Lintig, J. / Kiser, P.D.

履歴

登録	2019年12月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月5日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.2	2020年8月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2020年9月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2023年10月11日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6vcf.ent.gz	844.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	6vcf_full_validation.pdf.gz	266.8 KB	表示
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関連構造データ

関連構造データ	6vcgC 6vchC 3kvcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vcg-4 6vcg-1 6vch-1 6vch-4 6vcg-2 6vch-3 6n64-3 5v2d-4 1rgu-1 6vcg-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (3) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (2) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #59 - 2004年11月光化学系II (Photosystem II) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (3)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (2)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (2)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#49 - 2004年1月
炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase)
類似性 (1)
#59 - 2004年11月
光化学系II (Photosystem II)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: carotenoid cleavage dioxygenase

B: carotenoid cleavage dioxygenase

C: carotenoid cleavage dioxygenase

D: carotenoid cleavage dioxygenase

E: carotenoid cleavage dioxygenase

F: carotenoid cleavage dioxygenase

ヘテロ分子

324 kDa, 6 ポリマー
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1

A: carotenoid cleavage dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54 kDa, 1 ポリマー
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2

B: carotenoid cleavage dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
54 kDa, 1 ポリマー
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3

C: carotenoid cleavage dioxygenase

ヘテロ分子

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4

D: carotenoid cleavage dioxygenase

ヘテロ分子

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5

E: carotenoid cleavage dioxygenase

ヘテロ分子

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6

F: carotenoid cleavage dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
53.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	107.267, 107.267, 491.109
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	Chains A B
2	1	Chains A C
3	1	Chains A D
4	1	Chains A E
5	1	Chains A F
6	1	Chains B C
7	1	Chains B D
8	1	Chains B E
9	1	Chains B F
10	1	Chains C D
11	1	Chains C E
12	1	Chains C F
13	1	Chains D E
14	1	Chains D F
15	1	Chains E F

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	carotenoid cleavage dioxygenase 分子量: 53881.797 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Nitrosotalea devanaterra (古細菌) 遺伝子: NDEV_1113 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A128A3G4

-
非ポリマー , 5種, 255分子

#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 244 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.25 % / 解説: rod
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 22% Sokalan PA 25 CL 0.1 M MES-NaOH pH 6 0.1 M NaCl 22% Xylitol

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.979354 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979354 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.68→50 Å / Num. obs: 88233 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.5 % / B_iso Wilson estimate: 66 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.185 / Net I/σ(I): 11.77
反射シェル	解像度: 2.68→2.85 Å / 冗長度: 10.1 % / R_merge(I) obs: 1.954 / Mean I/σ(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 13897 / CC_1/2: 0.373 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KVC

3kvc

解像度: 2.687→49.149 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.912 / WR_factor R_free: 0.248 / WR_factor R_work: 0.229 / SU B: 49.825 / SU ML: 0.406 / Average fsc free: 0.8241 / Average fsc work: 0.8318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.377 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2714	4373	4.961 %
R_work	0.2516	83770	-
all	0.253	-	-
obs	-	88143	99.741 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 83.729 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.846 Å²	-0.423 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.846 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.744 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.687→49.149 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21385	0	17	244	21646

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	21961
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	19798
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.198	1.644	29764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.051	1.573	45924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.075	5	2660
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.277	23.157	1153
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.868	15	3571
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.863	15	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.036	0.2	2876
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	24601
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4790
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.17	0.2	3394
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.153	0.2	18360
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	10286
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.067	0.2	10026
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	663
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.162	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.11	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.157	0.2	125
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.032	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.45	3.097	10700
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.45	3.096	10699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.831	4.642	13340
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.831	4.642	13341
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.267	3.092	11261
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.267	3.091	11258
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.493	4.627	16424
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.493	4.627	16423
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.077	34.341	22859
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.066	34.346	22829
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.068	0.05	14667
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.071	0.05	14601
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.052	0.05	14780
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.06	0.05	13294
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.053	0.05	13486
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.044	0.05	14873
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.062	0.05	14663
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.044	0.05	13350
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.048	0.05	13521
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.066	0.05	14592
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.04	0.05	13292
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.041	0.05	13479
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.059	0.05	13263
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.051	0.05	13473
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.037	0.05	13019

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.687-2.757	0.435	299	0.49	6054	0.488	6500	0.511	0.518	97.7385	0.519
2.757-2.832	0.422	316	0.395	6021	0.396	6337	0.601	0.61	100	0.393
2.832-2.914	0.355	305	0.363	5856	0.363	6161	0.708	0.729	100	0.353
2.914-3.003	0.386	297	0.333	5718	0.336	6015	0.753	0.776	100	0.317
3.003-3.101	0.33	290	0.301	5502	0.303	5792	0.827	0.834	100	0.279
3.101-3.21	0.334	277	0.283	5349	0.286	5627	0.837	0.853	99.9822	0.26
3.21-3.33	0.293	275	0.283	5177	0.283	5452	0.895	0.888	100	0.262
3.33-3.466	0.34	265	0.297	4970	0.299	5241	0.84	0.859	99.8855	0.277
3.466-3.619	0.286	249	0.283	4743	0.284	4992	0.889	0.884	100	0.269
3.619-3.794	0.303	233	0.266	4558	0.268	4801	0.883	0.901	99.7917	0.246
3.794-3.998	0.284	223	0.263	4307	0.264	4578	0.886	0.895	98.9515	0.238
3.998-4.239	0.236	218	0.224	4095	0.225	4313	0.925	0.928	100	0.21
4.239-4.529	0.232	205	0.2	3852	0.201	4057	0.935	0.946	100	0.191
4.529-4.889	0.206	189	0.193	3635	0.194	3824	0.942	0.947	100	0.188
4.889-5.35	0.2	175	0.194	3274	0.194	3449	0.949	0.95	100	0.192
5.35-5.973	0.228	156	0.197	3008	0.198	3164	0.943	0.949	100	0.193
5.973-6.88	0.271	138	0.238	2626	0.24	2765	0.916	0.927	99.9638	0.235
6.88-8.385	0.262	119	0.224	2258	0.226	2378	0.921	0.923	99.9579	0.229
8.385-11.69	0.177	91	0.185	1751	0.184	1842	0.961	0.962	100	0.203
11.69-49.149	0.267	53	0.262	1015	0.262	1069	0.923	0.916	99.9065	0.296

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5569	0.2508	0.1747	4.055	-0.6816	2.3733	-0.0514	-0.0903	0.0454	0.6203	0.093	0.0224	-0.6581	0.3123	-0.0417	0.5795	-0.1159	0.0888	0.2344	-0.0334	0.0739	16.4103	24.6674	21.7207
2	2.1938	0.1053	-0.0427	4.2312	0.0345	3.6832	0.076	-0.0893	0.0598	0.2444	0.0293	0.0785	0.8943	0.497	-0.1053	0.5545	0.1885	-0.074	0.1474	-0.0362	0.0165	60.4343	61.1861	23.0808
3	1.8838	0.4628	0.1544	3.9988	-0.3508	3.6142	0.0352	0.233	0.179	-0.3719	0.0787	-0.094	-0.4819	0.5109	-0.1139	0.5549	-0.2246	0.0154	0.3909	-0.0053	0.069	15.7773	29.522	-20.8248
4	3.2331	0.6011	0.4046	3.3675	0.1337	3.0663	-0.3015	0.4422	-0.4278	-0.523	0.3561	-0.3304	0.6826	0.7454	-0.0546	0.7812	0.0385	-0.0748	0.4901	-0.0674	0.1209	63.3872	65.2733	-19.1907
5	3.6176	-0.3832	0.4173	8.8441	-1.6552	3.4773	0.051	-0.1039	-0.0612	-1.0038	0.2857	1.8034	0.268	-0.8779	-0.3367	0.5407	0.1041	-0.2319	0.5067	0.1256	0.5665	70.9691	5.1029	22.8193
6	4.1312	1.9844	-0.5072	7.5859	-1.491	2.3835	0.5691	-0.0405	0.7162	1.5808	-0.2249	1.8887	-0.7084	-0.6091	-0.3442	0.9995	-0.0384	0.4303	0.6359	-0.0422	0.6434	71.4742	6.7354	-21.0815

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	7 - 503
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	7 - 503
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	7 - 502
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	7 - 1000
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	E	7 - 1000
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	F	10 - 1000

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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