PDB-3t1e: The structure of the Newcastle disease virus hemagglutinin-neuram...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t1e

タイトル

The structure of the Newcastle disease virus hemagglutinin-neuraminidase (HN) ectodomain reveals a 4-helix bundle stalk

要素

Hemagglutinin-neuraminidase

キーワード

HYDROLASE / Beta-Propeller / 4 helix bundle / Hemagglutinin / Neuraminidase / Membrane protein / Ectodomain

機能・相同性

機能・相同性情報

exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / host cell surface receptor binding / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Newcastle disease virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.301 Å

データ登録者

Yuan, P. / Swanson, K. / Leser, G.P. / Paterson, R.G. / Lamb, R.A. / Jardetzky, T.S.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structure of the Newcastle disease virus hemagglutinin-neuraminidase (HN) ectodomain reveals a four-helix bundle stalk.
著者: Yuan, P. / Swanson, K.A. / Leser, G.P. / Paterson, R.G. / Lamb, R.A. / Jardetzky, T.S.

履歴

登録	2011年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年9月14日	Group: Database references
改定 1.2	2011年9月21日	Group: Database references / Derived calculations
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t1e.cif.gz	388.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t1e.ent.gz	314.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t1e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/3t1e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/3t1e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6c7k-d 5kk0-d 6big-d 2biw-d 4ou8-d 1w1i-2 4ou9-d 1w1i-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#113 - 2009年5月インフルエンザノイラミニダーゼ (Influenza Neuraminidase) 類似性 (3) #231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (3) #76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin-neuraminidase

B: Hemagglutinin-neuraminidase

E: Hemagglutinin-neuraminidase

F: Hemagglutinin-neuraminidase

235 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemagglutinin-neuraminidase

B: Hemagglutinin-neuraminidase

E: Hemagglutinin-neuraminidase

F: Hemagglutinin-neuraminidase

A: Hemagglutinin-neuraminidase

B: Hemagglutinin-neuraminidase

E: Hemagglutinin-neuraminidase

F: Hemagglutinin-neuraminidase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
470 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	138.292, 138.292, 167.338
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

詳細

ALTHOUGH 4 CHAINS (A, B, E, AND F) ARE PRESENT IN THE PDB FILE, THEY DO NOT REPRESENT 4 INDEPENDENT COPIES OF THE ENTIRE PROTEIN. INSTEAD, CHAINS E AND F ARE N-TERMINAL SEGMENTS OF CHAINS A AND B. THE MOST LIKELY CONNECTIVITY IS CHAINS E-A AND CHAINS F-B.

#1: タンパク質	Hemagglutinin-neuraminidase 分子量: 58703.734 Da / 分子数: 4 / 断片: NDV HN ectodomain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Newcastle disease virus (ウイルス) 株: Chicken/Australia-Victoria/32 / 遺伝子: HN / Cell (発現宿主): Hi5, SF plus 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P12554, exo-alpha-sialidase
Has protein modification	Y
配列の詳細	AUTHORS STATE THAT THE RESIDUE AT THIS POSITION IS ALA ACCORDING TO THE CRYSTAL STRUCTURE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12% PEG 4000, 200 mM Li2SO4, 100 mM N-(2-Acetamido) Iminodiacetic Acid (ADA), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 77.2 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.9785 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.301→105.409 Å / Num. all: 25047 / Num. obs: 25027 / % possible obs: 99.89 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 23.8 % / R_merge(I) obs: 0.095

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.301→48.894 Å / SU ML: 0.93 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3104	1239	4.95 %
R_work	0.2483	-	-
obs	0.2513	25011	99.89 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 125.742 Å² / k_sol: 0.306 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.8725 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	5.8725 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.745 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.301→48.894 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6976	0	0	0	6976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	7160
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.001	9784
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.831	2394
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	1103
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1307

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.301-3.4328	0.368	153	0.3084	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4328-3.589	0.3576	132	0.2618	2581	X-RAY DIFFRACTION	100
3.589-3.7781	0.2933	145	0.2496	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7781-4.0147	0.3184	125	0.2384	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0147-4.3245	0.3351	128	0.233	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3245-4.7594	0.2615	130	0.2134	2648	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7594-5.4473	0.266	141	0.2241	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4473-6.8601	0.3636	144	0.2697	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8601-48.8989	0.3055	141	0.2606	2826	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.6386	0.9318	-0.9323	9.3797	-0.1055	2.5207	-0.2577	0.1895	0.1829	-1.7437	-0.0215	1.1284	0.3458	0.5555	0.2557	0.933	-0.1435	-0.2918	0.9709	-0.0986	0.628	-28.0802	-62.1591	-6.7045
2	4.2208	-1.5036	4.1926	9.2427	-3.3635	4.7986	1.4731	1.1956	-1.7814	-0.7431	-0.407	-0.124	1.4761	1.4095	-1.1577	0.862	0.1045	-0.1023	1.084	-0.3225	0.7374	-14.0358	-57.0892	5.2644
3	7.5654	1.7687	-1.9136	9.3721	1.9643	3.4776	-2.5386	-1.039	2.2962	0.5941	-0.053	-2.9548	0.6243	2.4551	0.4123	0.7988	-0.4027	-0.242	0.5448	-0.4788	0.9553	-10.9324	-54.8128	7.1119
4	3.9976	1.2029	-1.5374	4.2673	-1.1936	2.9113	0.1936	-1.1419	0.0393	0.4723	0.0891	-0.1178	0.2517	0.4832	-0.2495	0.6207	-0.0509	-0.2054	0.8222	-0.0551	0.5537	-23.356	-63.038	18.6313
5	6.0712	3.0366	-0.5067	3.5122	1.0414	3.579	0.3399	-2.2841	1.4023	-0.5143	-0.8029	-0.2077	-1.4314	0.2455	0.3423	1.2482	-0.1675	-0.0241	1.0251	-0.2749	1.5566	5.9561	-40.2226	-0.9933
6	8.8806	2.0077	0.8859	9.2663	5.8805	7.4427	-0.0215	1.0425	-0.6781	-0.3197	1.2745	-0.9866	0.5361	2.0493	-0.6617	0.748	-0.0555	-0.1312	0.9174	-0.0409	0.5067	-5.1833	-51.0015	-13.0105
7	4.6695	0.9756	2.5116	2.23	0.3412	2.1705	0.4533	-1.1126	0.0334	-0.3795	-0.7457	-0.4397	1.151	-1.0053	0.8564	1.2345	-0.3934	0.2128	1.105	-0.13	1.2851	-8.7478	-52.721	-14.8517
8	6.0492	1.4653	-1.9887	2.553	-1.9839	3.5043	-0.1041	0.4861	0.539	-1.1332	0.2962	-0.1457	0.3647	0.4498	-0.218	1.3346	-0.1758	0.0566	0.6639	-0.0127	0.8761	3.527	-44.7794	-26.4112
9	6.6748	3.793	-2.7207	3.7717	-0.2835	4.0545	0.4201	-0.7754	-1.063	0.8339	0.1835	-0.5287	0.1624	-0.4867	-0.5846	1.1107	0.0039	-0.3548	0.8686	0.4754	1.3164	-46.4211	-55.0593	4.3081
10	5.5202	3.2468	-0.0489	6.3264	1.1608	4.0558	-2.1492	0.1273	-2.1309	-2.7939	-1.3363	0.7991	2.576	0.9358	2.4591	2.0491	0.1801	0.2715	0.8954	-0.1439	2.7525	-65.9387	-67.5989	-7.7824
11	8.7859	6.5678	-3.205	8.9632	-1.3357	5.8163	0.0652	2.119	-1.1769	1.0654	0.8806	-0.4271	0.0977	0.2377	-0.7721	0.8395	0.1728	-0.0582	0.6019	-0.0359	1.3496	-42.9252	-49.9842	-6.1088
12	3.5395	0.1299	-3.3054	4.3549	0.9397	4.6896	-0.4571	-0.6114	-0.5855	0.166	0.3473	-0.3848	1.529	0.0333	-0.0472	1.2089	-0.0207	-0.3259	0.4514	0.1235	0.7713	-25.1929	-75.6708	7.2756
13	2.8724	-2.3963	-0.3074	2.5252	0.606	7.1654	0.3671	1.1228	-0.1217	-0.6495	0.1902	-0.5528	0.5249	0.8066	-0.6855	0.9528	-0.1612	-0.1325	0.4564	-0.0191	0.8938	-21.4702	-65.8023	-5.9953
14	1.5798	0.6983	2.8558	6.8056	-4.7884	7.0696	0.1305	0.0547	0.1345	-1.6824	-0.1425	-0.9407	0.1063	1.9752	-0.1525	0.6193	0.009	0.3093	1.6261	-0.3212	1.1656	16.0964	-48.1453	-15.1763
15	1.7937	0.1671	2.4692	8.7197	1.0492	5.0871	0.7359	-0.9065	1.135	0.5515	-0.9173	0.1863	1.7971	2	0.1192	-0.0894	-0.4711	0.0312	1.3076	-0.6124	1.1591	5.7994	-47.6632	-1.7952

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 123:165)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 166:191)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 192:212)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 213:414)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESSEQ 123:165)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESSEQ 166:191)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN B AND (RESSEQ 192:212)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 213:414)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN E
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN F AND (RESSEQ 79:85)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN F AND (RESSEQ 86:115)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN A AND (RESSEQ 415:525)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN A AND (RESSEQ 526:569)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN B AND (RESSEQ 415:525)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN B AND (RESSEQ 526:569)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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