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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3t1e | ||||||
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タイトル | The structure of the Newcastle disease virus hemagglutinin-neuraminidase (HN) ectodomain reveals a 4-helix bundle stalk | ||||||
![]() | Hemagglutinin-neuraminidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Beta-Propeller / 4 helix bundle / Hemagglutinin / Neuraminidase / Membrane protein / Ectodomain | ||||||
機能・相同性 | ![]() exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / membrane => GO:0016020 / host cell surface receptor binding / symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yuan, P. / Swanson, K. / Leser, G.P. / Paterson, R.G. / Lamb, R.A. / Jardetzky, T.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the Newcastle disease virus hemagglutinin-neuraminidase (HN) ectodomain reveals a four-helix bundle stalk. 著者: Yuan, P. / Swanson, K.A. / Leser, G.P. / Paterson, R.G. / Lamb, R.A. / Jardetzky, T.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 383.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 323 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 506.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 38.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 50.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | ALTHOUGH 4 CHAINS (A, B, E, AND F) ARE PRESENT IN THE PDB FILE, THEY DO NOT REPRESENT 4 INDEPENDENT COPIES OF THE ENTIRE PROTEIN. INSTEAD, CHAINS E AND F ARE N-TERMINAL SEGMENTS OF CHAINS A AND B. THE MOST LIKELY CONNECTIVITY IS CHAINS E-A AND CHAINS F-B. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58703.734 Da / 分子数: 4 / 断片: NDV HN ectodomain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: Chicken/Australia-Victoria/32 / 遺伝子: HN / Cell (発現宿主): Hi5, SF plus 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P12554, exo-alpha-sialidase 配列の詳細 | AUTHORS STATE THAT THE RESIDUE AT THIS POSITION IS ALA ACCORDING TO THE CRYSTAL STRUCTURE. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 12% PEG 4000, 200 mM Li2SO4, 100 mM N-(2-Acetamido) Iminodiacetic Acid (ADA), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 77.2 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.301→105.409 Å / Num. all: 25047 / Num. obs: 25027 / % possible obs: 99.89 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 23.8 % / Rmerge(I) obs: 0.095 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 125.742 Å2 / ksol: 0.306 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.301→48.894 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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