PDB-3t1b: Crystal structure of the full-length AphB N100E variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t1b

タイトル

Crystal structure of the full-length AphB N100E variant

要素

Transcriptional regulator, LysR family

キーワード

TRANSCRIPTION / winged helix / virulence

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Taylor, J.L. / De Silva, R.S. / Kovacikova, G. / Lin, W. / Taylor, R.K. / Skorupski, K. / Kull, F.J.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2012
タイトル: The crystal structure of AphB, a virulence gene activator from Vibrio cholerae, reveals residues that influence its response to oxygen and pH.
著者: Taylor, J.L. / De Silva, R.S. / Kovacikova, G. / Lin, W. / Taylor, R.K. / Skorupski, K. / Kull, F.J.

履歴

登録	2011年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.3	2023年9月13日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t1b.cif.gz	470.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t1b.ent.gz	393.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t1b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3t1b_validation.pdf.gz	457.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3t1b_full_validation.pdf.gz	486.5 KB	表示
XML形式データ	3t1b_validation.xml.gz	45.4 KB	表示
CIF形式データ	3t1b_validation.cif.gz	61.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/3t1b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/3t1b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3szpSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3rw6-d 4hsa-d 3b1w-d 3fxr-1 5i74-d 5m2e-d 6ewr-d 5i75-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, LysR family

B: Transcriptional regulator, LysR family

C: Transcriptional regulator, LysR family

D: Transcriptional regulator, LysR family

134 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	268.737, 54.545, 103.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.95, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, LysR family / AphB / LysR-type transcriptional regulator 分子量: 33379.238 Da / 分子数: 4 / 変異: N100E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: N16961 SEROGROUP O1 / 遺伝子: aphB, VC_1049 / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Star / 参照: UniProt: Q9KT56
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Transcriptional regulator, LysR family / AphB / LysR-type transcriptional regulator

分子量: 33379.238 Da / 分子数: 4 / 変異: N100E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: N16961 SEROGROUP O1 / 遺伝子: aphB, VC_1049 / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Star / 参照: UniProt: Q9KT56

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.04 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1 M sodium citrate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月21日
放射	モノクロメーター: channel cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→131.922 Å / Num. all: 58475 / Num. obs: 58215 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 7.5 % / Net I/σ(I): 15.64
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHENIX	AutoMR	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	AutoMR	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SZP

3szp

解像度: 2.7→48.081 Å / SU ML: 0.71 / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 24.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2454	1406	3.42 %
R_work	0.197	-	-
obs	0.1986	41165	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 38.942 Å² / k_sol: 0.355 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.3817 Å²	-0 Å²	7.9208 Å²
2-	-	-0.9333 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.4484 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.081 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9290	0	0	200	9490

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	9482
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.651	12814
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.601	3642
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	1440
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	1656

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.7965	0.3004	139	0.2629	3945	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7965-2.9085	0.3087	139	0.2561	3912	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9085-3.0408	0.2924	139	0.247	3945	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0408-3.2011	0.3202	141	0.2318	3961	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2011-3.4016	0.2607	138	0.2114	3939	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4016-3.6642	0.2729	140	0.1988	3956	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6642-4.0327	0.2441	142	0.1829	3980	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0327-4.6159	0.2218	141	0.162	3964	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6159-5.8139	0.1957	142	0.1748	4029	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8139-48.0884	0.2108	145	0.1836	4128	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0251	0.5581	-1.0645	2.5657	0.6746	2.7376	-0.2298	0.6259	0.2013	-0.042	0.3187	-0.0142	-0.7437	0.0092	-0.1059	0.5303	-0.1056	-0.0444	0.5496	0.0895	0.3072	28.5143	9.5138	-76.6015
2	1.0406	-0.0957	-0.5738	1.9136	1.6039	3.4876	-0.1339	0.7373	-0.0839	-0.1649	0.2135	-0.0748	-0.0662	-0.1987	-0.1232	0.3591	-0.0334	-0.0418	0.6434	-0.0147	0.3134	33.1921	2.2326	-73.936
3	3.636	0.3252	-1.1404	3.5644	-0.5026	2.6953	0.0069	-0.009	0.0285	0.2741	0.1924	-0.3181	-0.0811	0.1702	-0.1183	0.2922	0.0021	-0.0117	0.1719	-0.0134	0.1802	16.9602	4.6118	-31.298
4	0.5685	-0.8522	0.556	1.7282	0.3207	3.1977	0.3232	0.1717	0.2889	-0.3951	-0.0446	-0.1375	-0.7865	0.3612	-0.2904	0.396	-0.0539	0.1186	0.3754	-0.0118	0.3756	13.5187	18.2978	-25.0195
5	4.1153	-0.5971	0.454	3.2608	-0.7783	2.6396	-0.0308	0.1265	0.1157	-0.0572	0.0143	-0.0414	-0.0635	-0.0171	-0.0076	0.3618	0.0061	0.0536	0.2675	-0.0147	0.2268	12.1723	17.0841	-4.7194
6	0.9865	-0.6521	-0.7564	1.1357	1.5205	4.3503	0.16	0.3444	0.1613	-0.4517	-0.1138	0.0814	-0.8421	-0.4081	-0.0858	0.4083	-0.035	0.0379	0.3892	0.0639	0.3113	10.0375	13.0191	-29.2736
7	2.1089	1.845	-0.8604	4.113	-1.6108	0.9569	0.0253	0.101	-0.2403	-0.0398	-0.0559	-0.2099	0.0544	0.107	-0.0001	0.2855	0.0411	0.0405	0.3484	-0.0731	0.2848	34.4197	13.9647	-8.7179
8	0.2517	-0.0876	0.043	2.0948	0.7967	2.4778	-0.0699	-0.0718	-0.1287	0.1121	0.1762	-0.1118	0.1736	0.2336	-0.0615	0.3272	0.033	0.0287	0.3013	0.0239	0.3695	20.4847	-11.9789	-16.4093
9	6.6476	0.2987	-0.6361	3.3529	-0.3197	4.8651	0.5476	-0.5317	0.735	0.2735	0.1044	-0.4266	-0.2359	0.2659	-0.5026	0.3508	-0.0662	0.0316	0.3569	-0.0112	0.4879	35.2806	10.8474	-55.0575
10	5.5688	-0.4864	0.949	5.3711	0.5508	3.6608	-0.1045	-0.2597	0.15	0.019	-0.0266	0.2123	0.2663	-0.0541	0.16	0.2959	0.0791	0.1499	0.2022	-0.0202	0.4682	56.8935	19.793	-62.0982
11	1.4076	1.9704	1.5961	6.209	5.312	4.5229	0.2642	-0.0651	-0.2025	0.2319	-0.1052	-0.7575	0.2634	-0.1018	-0.2425	0.3311	-0.0215	0.1505	0.2553	0.063	0.4627	70.1306	23.9513	-48.6075
12	4.872	-0.8199	0.6338	3.1421	-0.0029	1.3601	0.0591	0.0157	-0.3675	0.1457	-0.0227	-0.0792	0.0643	0.0162	0.0174	0.3391	-0.0342	0.1093	0.2379	0.006	0.4044	71.4021	32.314	-39.9283
13	3.7908	-2.5985	0.721	2.8754	-3.314	7.462	0.2579	0.3186	-0.0652	-0.7701	-0.4716	-0.2945	0.8029	0.0783	0.0926	0.4698	0.0808	0.135	0.2262	0.013	0.6033	64.162	13.8393	-65.662
14	0.4618	-0.1163	-0.5957	2.4029	-2.0212	5.2131	0.0235	-0.0183	-0.0116	0.4289	0.1082	-0.2055	-0.2975	-0.2855	-0.1039	0.2948	0.0056	-0.0101	0.3991	-0.0471	0.4818	46.2686	31.9669	-11.2978
15	0.5707	-0.0153	0.7558	1.0489	0.1521	3.8239	0.1312	-0.0835	0.1176	-0.2338	-0.0855	0.1747	-0.4201	-0.3374	-0.0632	0.4393	0.0675	0.1228	0.2971	-0.0009	0.5529	44.2588	37.9281	-56.8008

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:43)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 44:86)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 87:144)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 145:167)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resseq 168:246)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resseq 247:291)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 1:152)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 153:290)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resseq 1:86)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resseq 87:144)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resseq 145:173)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resseq 174:261)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resseq 262:291)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resseq 1:144)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resseq 145:290)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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