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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3fxr | ||||||
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Title | Crystal structure of TsaR in complex with sulfate | ||||||
![]() | LysR type regulator of tsaMBCD | ||||||
![]() | Transcription regulator / LysR-type / transcriptional regulator / LTTR / TsaR / wHTH / DNA-binding / Transcription / Transcription regulation | ||||||
Function / homology | ![]() transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Monferrer, D. / Tralau, T. / Kertesz, M.A. / Kikhney, A. / Svergun, D. / Uson, I. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structural studies on the full-length LysR-type regulator TsaR from Comamonas testosteroni T-2 reveal a novel open conformation of the tetrameric LTTR fold Authors: Monferrer, D. / Tralau, T. / Kertesz, M.A. / Dix, I. / Sola, M. / Uson, I. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2008 Title: High crystallizability under air-exclusion conditions of the full-length LysR-type transcriptional regulator TsaR from Comamonas testosteroni T-2 and data-set analysis for a MIRAS structure-solution approach Authors: Monferrer, D. / Tralau, T. / Kertesz, M.A. / Panjikar, S. / Uson, I. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 132 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 103.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 3fxqSC ![]() 3fxuC ![]() 3fzjC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 33643.727 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Sugar | ChemComp-ASC / | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | THE SEQUENCE OF DATABASE UNIPROTKB/TREMBL P94678 (P94678_COMTE) HAS A SEQUENCING ERROR.THE ...THE SEQUENCE OF DATABASE UNIPROTKB/TREMBL P94678 (P94678_COMTE) HAS A SEQUENCING | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.63 Å3/Da / Density % sol: 53.26 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: microbatch under oil / pH: 4.6 Details: 0.2M Ammonium sulfate, 25% w/v PEG 4000, 0.1M Na acetate pH 4.6, microbatch under oil, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 298 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2007 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9326 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.5→19.9 Å / Num. all: 24580 / Num. obs: 24481 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 1 % / Rsym value: 0.00648 / Net I/σ(I): 15.92 |
Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 2499 / Rsym value: 0.267 / % possible all: 99.9 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 3FXQ Resolution: 2.5→19.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.858 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 22.678 / SU ML: 0.231 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS parameterization / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.607 / ESU R Free: 0.315 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 90.45 Å2 / Biso mean: 17.605 Å2 / Biso min: 2 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.5→19.9 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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