PDB-6ewr: Putative sugar aminotransferase Spr1654 from Streptococcus pneumo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ewr

タイトル

Putative sugar aminotransferase Spr1654 from Streptococcus pneumoniae, PMP-form

要素

Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / teichoic acid / pneumococcus / sugar aminotransferase / PMP

機能・相同性

機能・相同性情報

polysaccharide biosynthetic process / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Achour, A. / Sun, R. / Sandalova, T. / Han, X.

引用

ジャーナル: Open Biol / 年: 2018
タイトル: Structural and functional studies of Spr1654: an essential aminotransferase in teichoic acid biosynthesis inStreptococcus pneumoniae.
著者: Han, X. / Sun, R. / Sandalova, T. / Achour, A.

履歴

登録	2017年11月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年5月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ewr.cif.gz	317.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ewr.ent.gz	258.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ewr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/6ewr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ew/6ewr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ewjC 6ewqC 4lc3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ewq-1 6ewj-1 6ewj-2 3jtx-d 6ti3-2 3bwo-3 3b1d-1 3zrr-d 1bqa-d 6ti3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

B: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

C: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

D: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

ヘテロ分子

192 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

B: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
96.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

D: Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
96.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.899, 99.562, 108.095
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.53, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	5 - 402
2	1	B	5 - 402
1	2	A	5 - 403
2	2	C	5 - 403
1	3	A	5 - 403
2	3	D	5 - 403
1	4	B	5 - 404
2	4	C	5 - 404
1	5	B	5 - 404
2	5	D	5 - 404
1	6	C	4 - 408
2	6	D	4 - 408

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Putative capsular polysaccharide biosynthesis protein 分子量: 47820.371 Da / 分子数: 4 / 変異: none / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PMP 由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_1837 / プラスミド: pET23B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 Express / 参照: UniProt: A0A0H2URM1
#2: 化合物	ChemComp-PMP / 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / PYRIDOXAMINE-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸分子量: 248.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₃N₂O₅P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5 30% w/v Polyethylene glycol 8 000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→29.8 Å / Num. obs: 64471 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 2.4→2.5 Å / R_merge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 6344

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LC3

4lc3

解像度: 2.4→29.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.888 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.838 / SU B: 12.562 / SU ML: 0.283 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.667 / ESU R Free: 0.32 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.285	3127	4.9 %	RANDOM
R_work	0.242	-	-	-
obs	0.245	64471	99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.972 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.52 Å²	0 Å²	1.15 Å²
2-	-	-2.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.4→29.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12533	0	64	207	12804

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	12861
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	11998
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.531	1.97	17479
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.969	3	27876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.485	5	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.44	24.479	547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.86	15	2220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.589	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	2023
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	14086
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2510
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.425	2.464	6362
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.425	2.464	6361
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.296	3.692	7942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.296	3.692	7943
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.44	2.618	6499
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.44	2.618	6500
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.352	3.861	9538
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.717	29.037	14472
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.713	29.039	14470
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	26624	0.06
1	2	B	26624	0.06
2	1	A	26072	0.07
2	2	C	26072	0.07
3	1	A	26118	0.06
3	2	D	26118	0.06
4	1	B	26230	0.06
4	2	C	26230	0.06
5	1	B	26128	0.06
5	2	D	26128	0.06
6	1	C	26784	0.05
6	2	D	26784	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.35	233	-
R_work	0.323	4439	-
obs	-	-	98.73 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)