PDB-3szp: Full-length structure of the Vibrio cholerae virulence activator,...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3szp

タイトル

Full-length structure of the Vibrio cholerae virulence activator, AphB, a member of the LTTR protein family

要素

Transcriptional regulator, LysR family

キーワード

TRANSCRIPTION / winged helix-turn helix / DNA-binding / transcription factor

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.202 Å

データ登録者

Taylor, J.L. / De Silva, R.S. / Kovacikova, G. / Lin, W. / Taylor, R.K. / Skorupski, K. / Kull, F.J.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2012
タイトル: The crystal structure of AphB, a virulence gene activator from Vibrio cholerae, reveals residues that influence its response to oxygen and pH.
著者: Taylor, J.L. / De Silva, R.S. / Kovacikova, G. / Lin, W. / Taylor, R.K. / Skorupski, K. / Kull, F.J.

履歴

登録	2011年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3szp.cif.gz	247.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3szp.ent.gz	203.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3szp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3szp_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3szp_full_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示
XML形式データ	3szp_validation.xml.gz	26.1 KB	表示
CIF形式データ	3szp_validation.cif.gz	37.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3szp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/3szp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t1bC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fxq-1 3fxr-1 3fzj-1 4xgw-d 4xgv-d 6w2c-d 6ybv-d 4rpk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, LysR family

B: Transcriptional regulator, LysR family

66.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional regulator, LysR family

B: Transcriptional regulator, LysR family

A: Transcriptional regulator, LysR family

B: Transcriptional regulator, LysR family

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
133 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.209, 106.100, 167.846
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, LysR family / AphB / LysR-type transcriptional regulator 分子量: 33364.227 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: VC_1049 / プラスミド: pTXB1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ER2566 / 参照: UniProt: Q9KT56
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.21 % 解説: R MEASURED = 0.089 (0.416 FOR HIGHEST RESOLUTION SHELL)
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 4 M sodium formate, 0.01 M betaine monohydrate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月2日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→48.9 Å / Num. all: 45623 / Num. obs: 45546 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Net I/σ(I): 13.12
反射シェル	解像度: 2.2→2.33 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 7282 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
JBluIce-EPICS		データ収集
PHENIX	AutoMR	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX	AutoMR	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: SEMET DERIVATIVE SOLVED BY SAD

解像度: 2.202→48.85 Å / SU ML: 0.6 / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 22.79 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2345	2277	5 %	RANDOM
R_work	0.208	-	-	-
obs	0.2093	45542	99.84 %	-
all	-	45623	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 46.921 Å² / k_sol: 0.369 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.1645 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.4311 Å²	-0 Å²
3-	-	-	6.5956 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.202→48.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4629	0	0	349	4978

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4718
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.112	6377
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.424	1807
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	718
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	824

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2019-2.2806	0.3055	224	0.264	4251	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2806-2.372	0.287	225	0.2516	4274	X-RAY DIFFRACTION	100
2.372-2.4799	0.2788	225	0.2508	4272	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4799-2.6106	0.2849	226	0.2431	4305	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6106-2.7742	0.2563	226	0.2365	4292	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7742-2.9884	0.2493	226	0.2315	4284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9884-3.289	0.2463	228	0.2133	4337	X-RAY DIFFRACTION	100
3.289-3.7648	0.2111	229	0.1867	4345	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7648-4.7427	0.2082	230	0.1686	4378	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7427-48.8625	0.2098	238	0.2025	4527	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7103	1.6326	-1.0941	0.7515	-0.1788	3.7696	-0.0718	-0.189	-0.3255	0.0567	-0.0464	0.0045	0.2129	0.0555	0.1312	0.2089	0.0415	-0.0256	0.2204	0.0117	0.3206	45.9387	-35.2184	-26.4331
2	0.0986	-0.1136	0.3272	0.1117	-0.3624	1.1087	-0.2114	-1.2903	0.9994	0.4262	0.4812	0.2115	-0.2148	0.0027	-0.1361	0.4594	0.0985	0.0568	0.517	-0.2802	0.9136	32.8116	-20.1333	-16.5948
3	3.7038	0.7177	-0.4442	4.1654	0.461	4.2895	0.0528	-0.422	0.0341	0.4594	-0.0557	-0.5259	-0.0496	0.4976	-0.067	0.1938	0.0131	-0.0167	0.2919	-0.0003	0.199	18.6859	-37.6569	-14.9706
4	2.8536	1.308	-1.3262	3.2873	-0.4746	3.26	-0.0399	0.0228	-0.1348	0.008	-0.17	0.1691	-0.2274	-0.668	0.1322	0.1984	0.0446	-0.0239	0.3092	-0.0626	0.1708	12.6025	-64.3949	-16.3055
5	3.0121	-2.7785	-1.4205	4.0087	-0.8171	3.8253	0.114	-0.3905	0.4276	0.9014	0.0274	-0.0558	-0.8626	-0.1001	-0.0836	0.4246	0.0416	-0.0337	0.3593	-0.0969	0.2786	13.844	-32.5233	-9.6887
6	0.8545	-0.5208	0.5445	0.3887	-0.6051	1.2224	-0.1786	0.7338	-0.8175	-0.223	-0.2835	-0.4416	0.6633	0.4249	-0.6627	-0.033	0.3319	0.1849	0.3784	-0.3719	1.9028	67.1198	-94.0991	-32.7966
7	0.8324	-0.0193	-0.0284	0.3457	0.4503	1.0772	0.0257	-0.4617	-0.7963	0.4256	-0.1858	-1.0518	0.4862	-0.0184	-0.1052	0.3275	-0.0009	0.0224	0.1923	0.2428	1.1508	49.4468	-86.3677	-23.9282
8	3.9137	-0.1262	-0.9404	4.5138	0.0186	3.4489	0.0755	0.1399	0.272	-0.0054	-0.0361	-0.3429	-0.2695	0.0495	0.0026	0.1931	0.0172	-0.0257	0.1394	-0.0128	0.1677	29.6746	-58.237	-31.5654
9	2.8162	-0.6928	-0.6714	3.3875	-1.8015	5.3046	-0.0521	0.1953	-0.1176	-0.4109	-0.0199	0.073	0.2663	-0.0938	0.0279	0.2189	0.0021	0.009	0.1562	0.0214	0.1747	18.5982	-35.3916	-38.9343
10	2.9019	2.7149	-2.0117	4.9286	-0.0536	2.9844	0.0218	0.389	-0.0167	-0.6792	-0.0855	-0.1862	-0.1616	-0.2198	0.0336	0.2092	0.0252	0.0179	0.1956	-0.027	0.1556	33.2518	-65.5795	-37.619

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:68)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 69:90)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 91:160)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 161:260)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 261:290)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 1:59)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 60:94)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 95:159)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 160:262)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 263:290)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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