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万見
- PDB-3t0o: Crystal Structure Analysis of Human RNase T2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t0o
タイトルCrystal Structure Analysis of Human RNase T2
要素Ribonuclease T2
キーワードHYDROLASE / RNaseT2 / alpha/beta fold / ribonuclease / RNA cleavage
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease T2 / ribonuclease T2 activity / neutrophil degranulation / RNA catabolic process / RNA nuclease activity / RNA endonuclease activity / lysosomal lumen / mitochondrial intermembrane space / azurophil granule lumen / lysosome ...ribonuclease T2 / ribonuclease T2 activity / neutrophil degranulation / RNA catabolic process / RNA nuclease activity / RNA endonuclease activity / lysosomal lumen / mitochondrial intermembrane space / azurophil granule lumen / lysosome / lyase activity / endoplasmic reticulum lumen / innate immune response / Neutrophil degranulation / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease T2, eukaryotic / Ribonuclease T2, His active site 1 / Ribonuclease T2 family histidine active site 1. / Ribonuclease T2-like / Ribonuclease T2 family / Ribonuclease Rh; Chain A / Ribonuclease T2-like / Ribonuclease T2, His active site 2 / Ribonuclease T2 family histidine active site 2. / Ribonuclease T2-like superfamily ...Ribonuclease T2, eukaryotic / Ribonuclease T2, His active site 1 / Ribonuclease T2 family histidine active site 1. / Ribonuclease T2-like / Ribonuclease T2 family / Ribonuclease Rh; Chain A / Ribonuclease T2-like / Ribonuclease T2, His active site 2 / Ribonuclease T2 family histidine active site 2. / Ribonuclease T2-like superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Thorn, A. / Kraetzner, R. / Steinfeld, R. / Sheldrick, G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2012
タイトル: Structure and activity of the only human RNase T2.
著者: Thorn, A. / Steinfeld, R. / Ziegenbein, M. / Grapp, M. / Hsiao, H.H. / Urlaub, H. / Sheldrick, G.M. / Gartner, J. / Kratzner, R.
履歴
登録2011年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年7月18日Group: Database references
改定 1.22012年10月10日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease T2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4513
ポリマ－28,0091
非ポリマー4422
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.200, 67.400, 47.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ribonuclease T2 / Ribonuclease 6


分子量: 28008.734 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-256 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: secreted / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNASET2, RNASE6PL / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00584, EC: 3.1.27.1
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.797959 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.589108 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 15% PEG3350, 0.2 M ammonium nitrate, macroseeding, no buffer, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184,0.9810
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月8日
放射モノクロメーター: KMC-1 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91841
20.9811
反射解像度: 1.585→28.31 Å / Num. all: 26985 / Num. obs: 26433 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.91 % / Biso Wilson estimate: 24.34 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.0632 / Rsym value: 0.0632 / Net I/σ(I): 171
反射 シェル解像度: 1.59→1.69 Å / 冗長度: 2.55 % / Rmerge(I) obs: 0.1914 / Mean I/σ(I) obs: 5.04 / Num. unique all: 4246 / Rsym value: 0.1914

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER/ SHELXE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
XDSデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DIX

1dix


解像度: 1.59→27.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 2.181 / SU ML: 0.036 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.084 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19033 1347 5.1 %RANDOM
Rwork0.15182 ---
obs0.15378 25064 98 %-
all-25576 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.886 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.43 Å20 Å20.2 Å2
2--1.03 Å20 Å2
3----0.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→27.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1599 0 28 182 1809
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0221736
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0571.9692377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1515209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.78724.23585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.68215290
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7521511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211347
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2941.51008
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.16721645
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1373728
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8454.5724
LS精密化 シェル解像度: 1.585→1.626 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 82 -
Rwork0.185 1513 -
obs-1311 80.11 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 8.855 Å / Origin y: 9.168 Å / Origin z: 9.533 Å
111213212223313233
T0.0378 Å2-0.0066 Å20.0007 Å2-0.0189 Å20.0043 Å2--0.0759 Å2
L1.427 °20.1394 °2-0.1402 °2-1.1666 °20.1229 °2--1.616 °2
S0.0156 Å °-0.088 Å °0.0056 Å °0.0803 Å °-0.0078 Å °0.0484 Å °-0.0213 Å °0.0573 Å °-0.0078 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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