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万見
- PDB-3sx9: Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sx9
タイトルCalcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK1) in complex with Bumped Kinase Inhibitor, RM-1-132
要素Calmodulin-domain protein kinase 1
キーワードtransferase/transferase inhibitor / serine/threonine protein kinase / transferase / calcium-binding / ATP-binding / calmodulin / EF hand / bumped kinase inhibitor / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein serine/threonine kinase activity / calcium ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 ...: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BK7 / Calmodulin-domain protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Larson, E.T. / Merritt, E.A.
引用
ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Multiple determinants for selective inhibition of apicomplexan calcium-dependent protein kinase CDPK1.
著者: Larson, E.T. / Ojo, K.K. / Murphy, R.C. / Johnson, S.M. / Zhang, Z. / Kim, J.E. / Leibly, D.J. / Fox, A.M. / Reid, M.C. / Dale, E.J. / Perera, B.G. / Kim, J. / Hewitt, S.N. / Hol, W.G. / ...著者: Larson, E.T. / Ojo, K.K. / Murphy, R.C. / Johnson, S.M. / Zhang, Z. / Kim, J.E. / Leibly, D.J. / Fox, A.M. / Reid, M.C. / Dale, E.J. / Perera, B.G. / Kim, J. / Hewitt, S.N. / Hol, W.G. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Van Voorhis, W.C. / Maly, D.J. / Merritt, E.A.
#1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2012
タイトル: Development of Toxoplasma gondii Calcium-Dependent Protein Kinase 1 (TgCDPK1) Inhibitors with Potent Anti-Toxoplasma Activity.
著者: Johnson, S.M. / Murphy, R.C. / Geiger, J.A. / Derocher, A.E. / Zhang, Z. / Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Perera, B.G. / Dale, E.J. / He, P. / Reid, M.C. / Fox, A.M. / Mueller, N.R. / Merritt, E. ...著者: Johnson, S.M. / Murphy, R.C. / Geiger, J.A. / Derocher, A.E. / Zhang, Z. / Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Perera, B.G. / Dale, E.J. / He, P. / Reid, M.C. / Fox, A.M. / Mueller, N.R. / Merritt, E.A. / Fan, E. / Parsons, M. / Van Voorhis, W.C. / Maly, D.J.
#2: ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2010
タイトル: Discovery of Potent and Selective Inhibitors of Calcium-Dependent Protein Kinase 1 (CDPK1) from C. parvum and T. gondii.
著者: Murphy, R.C. / Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Castellanos-Gonzalez, A. / Perera, B.G. / Keyloun, K.R. / Kim, J.E. / Bhandari, J.G. / Muller, N.R. / Verlinde, C.L. / White, A.C. / Merritt, E.A. / ...著者: Murphy, R.C. / Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Castellanos-Gonzalez, A. / Perera, B.G. / Keyloun, K.R. / Kim, J.E. / Bhandari, J.G. / Muller, N.R. / Verlinde, C.L. / White, A.C. / Merritt, E.A. / Van Voorhis, W.C. / Maly, D.J.
履歴
登録2011年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月9日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin-domain protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,6292
ポリマ－55,2271
非ポリマー4021
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.281, 72.475, 67.267
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.810, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is the same as AU

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin-domain protein kinase 1 / Calmodulin-domain protein kinase / putative


分子量: 55226.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: residues 1-29 were replaced with a cleavable His-tag plus linker during cloning; tag was cleaved prior to crystallization
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
遺伝子: AAG53993, CDPK1, TGGT1_059880, TGVEG_042030 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9BJF5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-BK7 / 3-(6-ethoxynaphthalen-2-yl)-1-(piperidin-4-ylmethyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine / RM-1-132


分子量: 402.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H26N6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 26% PEG 3350, 0.275 M ammonium citrate, 5 mM DTT, 2.3 mM RM-1-132; frozen in LN2 after soaking in mother liquor supplemented with 10% ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.97945 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月8日
回折測定詳細: 1.00 degrees, 12.0 sec, detector distance 400.00 mm
放射モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97945 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.145 / 数: 50603
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 13349 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 50.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.145 / Rsym value: 0.145 / Net I/σ(I): 9.802
反射 シェル解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.857 / Mean I/σ(I) obs: 1.506 / Rsym value: 0.857 / % possible all: 100
Cell measurementReflection used: 50603

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.6.0095精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 3NYV

3nyv


解像度: 2.65→46.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 14.201 / SU ML: 0.291 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 677 5.1 %RANDOM
Rwork0.1971 ---
obs0.1996 13331 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 111.71 Å2 / Biso mean: 44.9889 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å21.65 Å2
2---2.11 Å20 Å2
3---2.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→46.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3664 0 30 26 3720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0223793
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.022628
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9071.975101
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8833.0026398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.325464
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.024134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02747
LS精密化 シェル解像度: 2.638→2.706 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 35 -
Rwork0.279 856 -
all-891 -
obs--92.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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