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- PDB-3svo: Crystal structure of mKate mutant S158A/S143C at pH 10.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3svo
タイトルCrystal structure of mKate mutant S158A/S143C at pH 10.0
要素mKate S158A/S143C
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Fluoresent protein / pH sensor
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Artificial gene (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.984 Å
データ登録者Wang, Q. / Byrnes, L. / Sondermann, H.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Molecular Mechanism of a Green-Shifted, pH-Dependent Red Fluorescent Protein mKate Variant.
著者: Wang, Q. / Byrnes, L.J. / Shui, B. / Rohrig, U.F. / Singh, A. / Chudakov, D.M. / Lukyanov, S. / Zipfel, W.R. / Kotlikoff, M.I. / Sondermann, H.
履歴
登録2011年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mKate S158A/S143C
B: mKate S158A/S143C
C: mKate S158A/S143C
D: mKate S158A/S143C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,0564
ポリマ－105,0564
非ポリマー00
水13,890771
1
A: mKate S158A/S143C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2641
ポリマ－26,2641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: mKate S158A/S143C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2641
ポリマ－26,2641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: mKate S158A/S143C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2641
ポリマ－26,2641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: mKate S158A/S143C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2641
ポリマ－26,2641
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12680 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area32190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.705, 161.705, 75.668
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質
mKate S158A/S143C


分子量: 26264.057 Da / 分子数: 4 / 変異: S158A,S143C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Artificial gene (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 771 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS SEQUENCE WAS ENGINEERED USING THE PROTEIN SEQUENCE FP480 FROM ENTACMAEA QUADRICOLOR (UNP ...THIS SEQUENCE WAS ENGINEERED USING THE PROTEIN SEQUENCE FP480 FROM ENTACMAEA QUADRICOLOR (UNP D0VX33) AS THE ORIGINAL TEMPLATE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.18 %
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10
詳細: 20% PEG3350, 0.1M glycine, 0.2M MgCl2, pH 10.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 140 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月11日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.98→2.06 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.984→38.581 Å / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 3255 5.07 %
Rwork0.1698 --
obs0.1729 64258 94.96 %
all-82936 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.081 Å2 / ksol: 0.365 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1078 Å2-0 Å20 Å2
2---1.1078 Å20 Å2
3---2.2155 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.984→38.581 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7162 0 0 771 7933
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077429
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0810027
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4922813
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731066
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0141285
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9838-2.05470.27882650.21714725X-RAY DIFFRACTION74
2.0547-2.1370.29052980.21595417X-RAY DIFFRACTION85
2.137-2.23420.26582640.21235969X-RAY DIFFRACTION92
2.2342-2.3520.27763160.19436312X-RAY DIFFRACTION98
2.352-2.49930.25893730.18086330X-RAY DIFFRACTION100
2.4993-2.69230.25613620.17966414X-RAY DIFFRACTION100
2.6923-2.96310.25283670.17386355X-RAY DIFFRACTION100
2.9631-3.39160.2263740.16966411X-RAY DIFFRACTION100
3.3916-4.27220.21212830.14136519X-RAY DIFFRACTION100
4.2722-38.58850.16573530.13926551X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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