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- PDB-3svi: Structure of the Pto-binding domain of HopPmaL generated by limit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3svi
タイトルStructure of the Pto-binding domain of HopPmaL generated by limited thermolysin digestion
要素Type III effector HopAB2
キーワードSIGNALING PROTEIN / type III effector / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / helical bundle
機能・相同性Monooxygenase - #110 / Effector protein HopAB, Pto-binding domain / Monooxygenase / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Type III effector HopAB2
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Singer, A.U. / Stein, A. / Xu, X. / Cui, H. / Joachimiak, A. / Edwards, A.M. / Savchenko, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Structural Analysis of HopPmaL Reveals the Presence of a Second Adaptor Domain Common to the HopAB Family of Pseudomonas syringae Type III Effectors.
著者: Singer, A.U. / Wu, B. / Yee, A. / Houliston, S. / Xu, X. / Cui, H. / Skarina, T. / Garcia, M. / Semesi, A. / Arrowsmith, C.H. / Savchenko, A.
履歴
登録2011年7月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月11日Group: Database references
改定 1.22012年1月25日Group: Database references
改定 1.32012年2月29日Group: Structure summary
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III effector HopAB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9388
ポリマ－9,5811
非ポリマー3577
水1,27971
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Type III effector HopAB2
ヘテロ分子

A: Type III effector HopAB2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,87716
ポリマ－19,1632
非ポリマー71414
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area2740 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area9100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.277, 57.277, 55.658
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-82-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Type III effector HopAB2


分子量: 9581.355 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 72-156 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: protein was cut with TEV, then treated with limiting amounts of thermolysin during crystallization
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae (バクテリア)
株: pv. maculicola strain ES4326 / 遺伝子: HopPmaL, PMA4326_19338 / プラスミド: p15TvLic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CODONPLUS(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: F3HNN9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.37 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M Hepes ph7.5, 0.1M NaCl, 1.6M Ammonium Sulphate, 0.2 mg/ml thermolysin was added to the protein mixture. Paratone-N oil was used for cryoprotection, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI-111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→25.615 Å / Num. obs: 9824 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.2 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rsym value: 0.071 / Net I/σ(I): 43.429
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique all: 477 / Rsym value: 0.428 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→25.615 Å / SU ML: 0.36 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.35 / σ(I): 0 / 位相誤差: 19.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2178 432 4.78 %RANDOM
Rwork0.1859 ---
obs0.1874 9038 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.16 Å2 / ksol: 0.379 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.615 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数624 0 15 71 710
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007694
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.009940
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.561275
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072101
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006129
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs
1.8001-2.06040.26631420.208527962938
2.0604-2.59550.20271380.165728372975
2.5955-25.61760.21351520.189429733125
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -14.7794 Å / Origin y: -3.9139 Å / Origin z: 13.8576 Å
111213212223313233
T0.1054 Å2-0.0001 Å2-0.0062 Å2-0.084 Å20.0076 Å2--0.1094 Å2
L1.664 °20.6581 °2-0.0003 °2-1.5276 °20.8613 °2--2.2139 °2
S-0.009 Å °-0.0542 Å °-0.1815 Å °0.1024 Å °-0.0475 Å °-0.1259 Å °0.1863 Å °-0.0669 Å °0.049 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain A and resid 139:217)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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