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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3su0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of NS3/4A protease variant R155K in complex with danoprevir | ||||||
![]() | Genome polyprotein | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / NS3 / drug resistance / drug design / Protease inhibitors / HCV / serine protease / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization ...host cell mitochondrial membrane / host cell lipid droplet / symbiont-mediated suppression of host TRAF-mediated signal transduction / transformation of host cell by virus / symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / lipid droplet / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / viral nucleocapsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ribonucleoprotein complex / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schiffer, C.A. / Romano, K.P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The Molecular Basis of Drug Resistance against Hepatitis C Virus NS3/4A Protease Inhibitors. 著者: Romano, K.P. / Ali, A. / Aydin, C. / Soumana, D. / Ozen, A. / Deveau, L.M. / Silver, C. / Cao, H. / Newton, A. / Petropoulos, C.J. / Huang, W. / Schiffer, C.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 102.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 76.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 832.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 837.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3su1C ![]() 3su2C ![]() 3su3C ![]() 3su4C ![]() 3su5C ![]() 3su6C ![]() 3sudC ![]() 3sueC ![]() 3sufC ![]() 3sugC ![]() 3sv6C ![]() 3sv7C ![]() 3sv8C ![]() 3sv9C ![]() 3m5mS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20992.844 Da / 分子数: 1 / 変異: L1039E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: BID-V318 / 遺伝子: NS3-NS4A / プラスミド: PET28a / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-TSV / ( |
#3: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#4: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | THE COFACTOR 4A RESIDUES 990-1000 (GLY SER VAL VAL ILE VAL GLY ARG ILE ASN LEU) IN THIS ENTRY ...THE COFACTOR 4A RESIDUES 990-1000 (GLY SER VAL VAL ILE VAL GLY ARG ILE ASN LEU) IN THIS ENTRY CORRESPOND |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.33 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: ハンギングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 6.2 詳細: 20-25% PEG 3350, 0.1M MES (pH 6.5), 4% ammonium sulfate, hanging drop, vapor diffusion, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月9日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97872 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.159→50 Å / Num. obs: 67429 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Χ2: 1.018 / Net I/σ(I): 11.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3M5M CHAIN B 解像度: 1.159→40.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / WRfactor Rfree: 0.1821 / WRfactor Rwork: 0.1624 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.9084 / SU B: 0.96 / SU ML: 0.02 / SU R Cruickshank DPI: 0.0342 / SU Rfree: 0.0335 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.034 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 51.75 Å2 / Biso mean: 12.6627 Å2 / Biso min: 4.14 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.159→40.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.159→1.189 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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