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- PDB-3syt: Crystal structure of glutamine-dependent NAD+ synthetase from M. ... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3syt | ||||||
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Title | Crystal structure of glutamine-dependent NAD+ synthetase from M. tuberculosis bound to AMP/PPi, NAD+, and glutamate | ||||||
![]() | Glutamine-dependent NAD(+) synthetase | ||||||
![]() | LIGASE / Glutamine-amidotransferase / Glutaminase / Glutamine-dependent NAD+ synthetase / Ammonia tunneling / ATP binding / NAD / Nucleotide binding | ||||||
Function / homology | ![]() NAD+ synthase (glutamine-hydrolysing) / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminase activity / NAD biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chuenchor, W. / Gerratana, B. | ||||||
![]() | ![]() Title: Regulation of the intersubunit ammonia tunnel in Mycobacterium tuberculosis glutamine-dependent NAD+ synthetase. Authors: Chuenchor, W. / Doukov, T.I. / Resto, M. / Chang, A. / Gerratana, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 520.2 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 427.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 2.5 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 2.6 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 98.3 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 134 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3sdbC ![]() 3seqC ![]() 3sezC ![]() 3szgC ![]() 3dlaS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 74855.414 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P0A5L6, UniProt: P9WJJ3*PLUS, NAD+ synthase (glutamine-hydrolysing) |
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-Non-polymers , 6 types, 504 molecules ![](data/chem/img/GLU.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/AMP.gif)
![](data/chem/img/POP.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-GLU / #3: Chemical | ChemComp-NAD / #4: Chemical | ChemComp-AMP / #5: Chemical | ChemComp-POP / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.8 Å3/Da / Density % sol: 56.15 % |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: evaporation / pH: 8 Details: 1.2 M ammonium citrate tribasic dihydrate, 5 % glycerol , pH 8.0, EVAPORATION, temperature 288K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 325 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jul 24, 2009 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→50 Å / Num. obs: 97718 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 8.2 % / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 20.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.74 Å / Redundancy: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Num. unique all: 9359 / Rsym value: 0.388 / % possible all: 95.8 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3DLA Resolution: 2.6511→49.3 Å / SU ML: 0.65 / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.3 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 26.351 Å2 / ksol: 0.347 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6511→49.3 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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