PDB-3sez: Crystal structure of C176A mutant of glutamine-dependent NAD+ syn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sez

タイトル

Crystal structure of C176A mutant of glutamine-dependent NAD+ synthetase from M. tuberculosis in complex with ATP and NaAD+

要素

Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

キーワード

LIGASE / Glutamine-amidotransferase / Glutaminase / Glutamine-dependent NAD+ synthetase / Ammonia tunneling / ATP binding / NAD / Nucleotide binding

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD+ synthase (glutamine-hydrolysing) / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / NAD+ biosynthetic process / glutaminase activity / peptidoglycan-based cell wall / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6529 Å

データ登録者

Chuenchor, W. / Gerratana, B.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2012
タイトル: Regulation of the intersubunit ammonia tunnel in Mycobacterium tuberculosis glutamine-dependent NAD+ synthetase.
著者: Chuenchor, W. / Doukov, T.I. / Resto, M. / Chang, A. / Gerratana, B.

履歴

登録	2011年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年4月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.0	2019年10月23日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / struct_ref_seq_dif / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.label_comp_id
改定 2.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sez.cif.gz	1008.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sez.ent.gz	844 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sez.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/3sez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/3sez	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sdbC 3seqC 3sytC 3szgC 3dlaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ofc-1 3syt-1 3sdb-1 3szg-1 3seq-1 3dla-1 5fdn-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

B: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

C: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

D: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

ヘテロ分子

304 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

B: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

C: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

D: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

ヘテロ分子

A: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

B: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

C: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

D: Glutamine-dependent NAD(+) synthetase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
608 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	178.407, 178.407, 216.303
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 1:402 or resseq 409:541 or resseq 560:679 )
2	1	1	chain B and (resseq 1:402 or resseq 409:541 or resseq 560:679 )
3	1	1	chain C and (resseq 1:402 or resseq 409:541 or resseq 560:679 )
4	1	1	chain D and (resseq 1:402 or resseq 409:541 or resseq 560:679 )

#1: タンパク質	Glutamine-dependent NAD(+) synthetase / NAD(+) synthase [glutamine-hydrolyzing] 分子量: 74823.352 Da / 分子数: 4 / 変異: C176A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: MT2513, MTCY428.08, nadE, Rv2438c / プラスミド: pSMT3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P0A5L6, UniProt: P9WJJ3*PLUS, NAD+ synthase (glutamine-hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-DND / NICOTINIC ACID ADENINE DINUCLEOTIDE / DEAMIDO-NAD+ / 3-(カルボキシラト)-1-[5-O-[(5′-アデニリルオキシ)オキシラトホスフィニル]-β-D-リボフラノシル]ピ(以下略) 分子量: 665.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₆O₁₅P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.22 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7.5 詳細: 1.4 M ammonium citrate tribasic dihydrate, 10 % glycerol, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 288K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 99130 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 14.2 % / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 27.4
反射シェル	解像度: 2.65→2.74 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 9103 / R_sym value: 0.465 / % possible all: 91

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER	phenix	位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.1_743)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DLA

3dla

解像度: 2.6529→34.33 Å / SU ML: 0.7 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2142	4936	4.99 %	RANDOM
R_work	0.1725	-	-	-
obs	0.1746	98927	97.95 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.223 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-22.1463 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-22.1463 Å²	0 Å²
3-	-	-	44.2926 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6529→34.33 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20244	0	300	276	20820

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	21043
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.535	28650
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.258	7623
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	3137
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	3731

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	4997	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	4997	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.085
1	3	C	4986	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.079
1	4	D	5078	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.085

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6529-2.683	0.3123	144	0.2911	2759	X-RAY DIFFRACTION	88
2.683-2.7146	0.3313	151	0.2681	2861	X-RAY DIFFRACTION	91
2.7146-2.7477	0.296	154	0.2364	2937	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7477-2.7825	0.2885	153	0.2412	2935	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7825-2.8191	0.2717	157	0.2313	2989	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8191-2.8577	0.3045	158	0.2277	3003	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8577-2.8985	0.2798	161	0.2346	3071	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8985-2.9417	0.3158	163	0.2211	3084	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9417-2.9876	0.2802	163	0.2141	3083	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9876-3.0366	0.2393	163	0.2092	3118	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0366-3.0889	0.2471	165	0.2042	3140	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0889-3.1451	0.3047	165	0.1958	3129	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1451-3.2055	0.2245	164	0.1838	3117	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2055-3.2709	0.2113	166	0.1852	3161	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2709-3.3419	0.2383	167	0.1756	3164	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3419-3.4196	0.2249	167	0.181	3176	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4196-3.5051	0.2454	167	0.1844	3187	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5051-3.5997	0.2178	167	0.166	3175	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5997-3.7055	0.2037	167	0.1617	3170	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7055-3.825	0.1936	168	0.1559	3203	X-RAY DIFFRACTION	100
3.825-3.9615	0.1887	167	0.1552	3173	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9615-4.1199	0.2117	168	0.1451	3201	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1199-4.307	0.1441	167	0.1229	3202	X-RAY DIFFRACTION	100
4.307-4.5336	0.1611	169	0.1199	3205	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5336-4.817	0.1694	170	0.1268	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
4.817-5.1877	0.166	168	0.1392	3218	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1877-5.7076	0.209	172	0.1726	3261	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7076-6.5286	0.2137	171	0.1894	3265	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5286-8.2068	0.1976	174	0.1652	3317	X-RAY DIFFRACTION	100
8.2068-34.3326	0.1792	180	0.1708	3461	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9553	0.3272	0.0493	1.2353	-0.0211	0.3031	-0.0469	0.1213	-0.1299	-0.1064	-0.0124	-0.1497	0.0258	0.0227	0.0534	0.2784	0.0121	0.0786	0.3201	0.0155	0.2161	26.9313	-17.7047	37.3198
2	0.5099	0.0087	0.1794	1.0657	-0.5499	0.6127	-0.0505	0.0099	-0.3744	-0.0844	-0.0353	-0.2503	0.2233	0.1308	0.0723	0.4026	0.0347	0.0936	0.2795	-0.0105	0.6131	16.0358	-60.3972	50.6333
3	0.8968	-0.1923	-0.0575	1.0913	-0.3465	0.3923	-0.0009	-0.111	0.0044	0.0802	-0.0292	0.1732	-0.0102	-0.0124	0.0319	0.3189	-0.019	0.085	0.3459	0.0025	0.2495	-26.0326	-15.585	72.91
4	0.4836	0.2476	0.0646	1.0996	0.3701	0.7862	-0.0647	-0.0719	-0.3244	0.1669	-0.0348	0.171	0.2245	-0.0782	0.0844	0.3521	-0.0378	0.0837	0.2807	0.0812	0.5397	-15.3172	-58.8522	64.9287
5	1.432	0.3849	-0.1223	0.9632	-0.0578	0.4624	0.0222	-0.0464	0.239	0.1444	-0.0384	0.1777	-0.0434	-0.0153	0.0149	0.4017	0.0266	0.0567	0.2846	-0.0242	0.3609	-14.7885	28.1763	69.3454
6	1.2531	-0.0965	0.6222	0.4819	-0.2176	0.7856	-0.0466	-0.0448	0.3762	0.0516	-0.0517	0.4696	-0.1385	-0.225	0.062	0.3886	0.0589	0.1261	0.491	0.0151	0.8785	-57.915	16.4598	62.7917
7	1.2682	-0.0965	0.0293	1.1435	-0.0924	0.5907	-0.0304	0.0957	-0.1182	-0.0973	0.0025	0.0922	0.0041	-0.0544	0.0312	0.2898	-0.0265	0.0225	0.2807	-0.0273	0.2059	-16.8087	-28.9681	40.8997
8	0.8062	0.0432	-0.3852	0.2853	-0.139	0.2729	-0.0513	0.0333	-0.1515	0.0643	0.0004	0.3447	0.0987	-0.1601	0.0601	0.3315	-0.0311	0.0194	0.509	0.0169	0.7648	-59.4799	-16.6091	52.7457

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 1:320)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 321:679)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 1:320)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 321:679)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain C and resid 1:320)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain C and resid 321:679)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain D and resid :320)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain D and resid 321:679)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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試料調製

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データ収集

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)