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Yorodumi- PDB-3sez: Crystal structure of C176A mutant of glutamine-dependent NAD+ syn... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3sez | |||||||||
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Title | Crystal structure of C176A mutant of glutamine-dependent NAD+ synthetase from M. tuberculosis in complex with ATP and NaAD+ | |||||||||
Components | Glutamine-dependent NAD(+) synthetase | |||||||||
Keywords | LIGASE / Glutamine-amidotransferase / Glutaminase / Glutamine-dependent NAD+ synthetase / Ammonia tunneling / ATP binding / NAD / Nucleotide binding | |||||||||
Function / homology | Function and homology information NAD+ synthase (glutamine-hydrolysing) / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / glutaminase activity / NAD biosynthetic process / peptidoglycan-based cell wall / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Mycobacterium tuberculosis (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6529 Å | |||||||||
Authors | Chuenchor, W. / Gerratana, B. | |||||||||
Citation | Journal: Biochem.J. / Year: 2012 Title: Regulation of the intersubunit ammonia tunnel in Mycobacterium tuberculosis glutamine-dependent NAD+ synthetase. Authors: Chuenchor, W. / Doukov, T.I. / Resto, M. / Chang, A. / Gerratana, B. | |||||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3sez.cif.gz | 1008.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3sez.ent.gz | 844 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3sez.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3sez_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3sez_full_validation.pdf.gz | 2.6 MB | Display | |
Data in XML | 3sez_validation.xml.gz | 95.7 KB | Display | |
Data in CIF | 3sez_validation.cif.gz | 129.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/3sez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/se/3sez | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3sdbC 3seqC 3sytC 3szgC 3dlaS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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-Components
#1: Protein | Mass: 74823.352 Da / Num. of mol.: 4 / Mutation: C176A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium tuberculosis (bacteria) / Gene: MT2513, MTCY428.08, nadE, Rv2438c / Plasmid: pSMT3 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: P0A5L6, UniProt: P9WJJ3*PLUS, NAD+ synthase (glutamine-hydrolysing) #2: Chemical | ChemComp-ATP / #3: Chemical | ChemComp-DND / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.88 Å3/Da / Density % sol: 57.22 % |
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Crystal grow | Temperature: 288 K / Method: evaporation / pH: 7.5 Details: 1.4 M ammonium citrate tribasic dihydrate, 10 % glycerol, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 288K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL9-2 / Wavelength: 0.98 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 16, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.65→50 Å / Num. obs: 99130 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 14.2 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 27.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.74 Å / Redundancy: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 9103 / Rsym value: 0.465 / % possible all: 91 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 3DLA Resolution: 2.6529→34.33 Å / SU ML: 0.7 / σ(F): 1.34 / Phase error: 25.71 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.95 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.223 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6529→34.33 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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