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万見
- PDB-3stl: KcsA potassium channel mutant Y82C with Cadmium bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3stl
タイトルKcsA potassium channel mutant Y82C with Cadmium bound
要素
  • (antibody Fab fragment ...) x 2
  • Voltage-gated potassium channel
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Cadmium / Transmembrane protein / Ion channel / KcsA potassium channel / Inactivation
機能・相同性
機能・相同性情報


action potential / voltage-gated potassium channel activity / voltage-gated potassium channel complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channel / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / pH-gated potassium channel KcsA
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces lividans (バクテリア)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Raghuraman, H. / Cordero-Morales, J. / Jogini, V. / Perozo, E.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Mechanism of Cd(2+) Coordination during Slow Inactivation in Potassium Channels.
著者: Raghuraman, H. / Cordero-Morales, J.F. / Jogini, V. / Pan, A.C. / Kollewe, A. / Roux, B. / Perozo, E.
履歴
登録2011年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年4月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年10月3日Group: Database references
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: antibody Fab fragment heavy chain
B: antibody Fab fragment light chain
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,12310
ポリマ－57,7763
非ポリマー3477
水543
1
A: antibody Fab fragment heavy chain
B: antibody Fab fragment light chain
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子

A: antibody Fab fragment heavy chain
B: antibody Fab fragment light chain
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子

A: antibody Fab fragment heavy chain
B: antibody Fab fragment light chain
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子

A: antibody Fab fragment heavy chain
B: antibody Fab fragment light chain
C: Voltage-gated potassium channel
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)232,49140
ポリマ－231,10312
非ポリマー1,38828
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_735-x+2,-y-2,z1
crystal symmetry operation3_535-y,x-2,z1
crystal symmetry operation4_755y+2,-x,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)155.907, 155.907, 76.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1-

K

21C-2-

K

31C-3-

K

41C-4-

K

51C-5-

K

61C-6-

K

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 C

#3: タンパク質 Voltage-gated potassium channel


分子量: 10928.721 Da / 分子数: 1 / Mutation: Y82C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces lividans (バクテリア)
プラスミド: pQE32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL10 Gold / 参照: UniProt: P0A334

-
抗体 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 antibody Fab fragment heavy chain


分子量: 23411.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 antibody Fab fragment light chain


分子量: 23435.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)

-
非ポリマー , 3種, 10分子

#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 20-25% PEG400, 50mM magnesium acetate, 50mM sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月12日
放射モノクロメーター: Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. all: 35884 / Num. obs: 33542 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→40 Å / σ(F): 2
Rfactor反射数
Rfree0.263 3337
Rwork0.227 -
all-35884
obs-33542
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4070 0 7 3 4080
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbonds0.007
X-RAY DIFFRACTIONangles1.34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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