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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3ssp | |||||||||
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タイトル | Engineered low-affinity halide-binding protein derived from YFP: halide-free | |||||||||
![]() | Green fluorescent protein | |||||||||
![]() | HALIDE BINDING PROTEIN / beta barrel / luminescent protein / yellow fluorescent protein / imaging reagent | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wang, W. / Grimley, J.S. / Beese, L.S. / Hellinga, H.W. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Determination of engineered chloride-binding site structures in fluorescent proteins reveals principles of halide recognition 著者: Wang, W. / Grimley, J.S. / Augustine, G.J. / Beese, L.S. / Hellinga, H.W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 110.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 84.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 418 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 421.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3sryC ![]() 3ss0C ![]() 3sshC ![]() 3sskC ![]() 3sslC ![]() 3sstSC ![]() 3ssvC ![]() 3ssyC ![]() 3svbC ![]() 3svcC ![]() 3svdC ![]() 3sveC C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29362.801 Da / 分子数: 1 / 変異: S72A, K79R, T203Y, H231L / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: synthetic 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: GFP / プラスミド: pUC19 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | UNP RESIDUE SER65 UNDERWENT MUTATION TO GLY. GLY65, TYR66, AND GLY67 CIRCULARIZ |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.49 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 14% PEG4000, 50 mM sodium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月17日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.628→41.311 Å / Num. obs: 27845 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 1.535 / Net I/σ(I): 17.1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3SST 解像度: 1.628→39.658 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.92 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.77 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.722 Å2 / ksol: 0.424 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 108.19 Å2 / Biso mean: 16.7294 Å2 / Biso min: 4.31 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.628→39.658 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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