PDB-3ss6: Crystal structure of the Bacillus anthracis acetyl-CoA acetyltran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ss6

タイトル

Crystal structure of the Bacillus anthracis acetyl-CoA acetyltransferase

要素

Acetyl-CoA acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / Alpha Beta / 3-Layer(aba)Sandwich / acetyl-CoA acetyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

acetyl-CoA C-acetyltransferase / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of the Bacillus anthracis acetyl-CoA acetyltransferase
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Onopriyenko, O. / Peterson, S.N. / Anderson, W.F. / Savchenko, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2011年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ss6.cif.gz	322.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ss6.ent.gz	272.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ss6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ss6_validation.pdf.gz	447.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ss6_full_validation.pdf.gz	451.1 KB	表示
XML形式データ	3ss6_validation.xml.gz	40.1 KB	表示
CIF形式データ	3ss6_validation.cif.gz	62 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/3ss6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/3ss6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2vu1-d 6arg-d 1qfl-d 4n44-1 4o9a-d 4wys-d 1m3z-d 1m4s-d 6art-d 6aqp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (9) #90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Acetyl-CoA acetyltransferase

B: Acetyl-CoA acetyltransferase

ヘテロ分子

85.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetyl-CoA acetyltransferase

B: Acetyl-CoA acetyltransferase

ヘテロ分子

A: Acetyl-CoA acetyltransferase

B: Acetyl-CoA acetyltransferase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
171 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.720, 94.720, 189.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-693- HOH
2	1	B-549- HOH

#1: タンパク質	Acetyl-CoA acetyltransferase 分子量: 42281.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS3932, BA_4240, GBAA_4240 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q81MK7, UniProt: A0A6H3AND8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1021 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.56 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2.5M Ammonium Sulfate, 100mM Bis-Tris Propane, pH 7, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年3月21日 / 詳細: beryllium lens
放射	モノクロメーター: C(111) diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 107991 / Num. obs: 107775 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1.8 / Observed criterion σ(I): 3.4 / 冗長度: 10.6 % / B_iso Wilson estimate: 19.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 27.4
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 8.7 % / R_merge(I) obs: 0.619 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 10649 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.1_743	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
BLU-MAX		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→34.4 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9034 / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.84 / σ(I): 3.4 / 位相誤差: 16.21 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1747	5385	5 %	random
R_work	0.1523	-	-	-
all	0.1535	108045	-	-
obs	0.1534	107678	99.7 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.093 Å² / k_sol: 0.368 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 111.88 Å² / B_iso mean: 25.52 Å² / B_iso min: 9.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.0118 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.0118 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.0237 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5891	0	38	1021	6950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6123
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.198	8320
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	961
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1093
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.49	2295

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.76 Å / Total num. of bins used: 30

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2572	520	-
R_work	0.224	10057	-
all	-	3435	-
obs	-	3435	98.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4333	0.2155	0.1155	0.3947	0.0153	0.7036	-0.0114	0.0086	0.0304	-0.0446	0.0213	0.0241	-0.0533	0.0144	-0.0217	0.0795	-0.0102	-0.0016	0.0535	0.0022	0.1052	28.2995	-17.135	12.9384
2	0.9565	-0.3811	0.0314	1.2739	0.1379	0.7918	-0.0315	0.1998	-0.0738	-0.0789	0.0083	0.2591	0.1298	-0.1736	-0.0483	0.0878	-0.0307	-0.0344	0.1102	-0.001	0.1346	14.446	-18.9478	-2.3953
3	5.2525	-1.5027	0.7292	3.3887	-1.7734	1.4869	-0.0542	-0.3666	0.2145	0.3283	0.178	0.4872	-0.1856	-0.2941	-0.0796	0.1415	0.04	0.0217	0.2006	-0.0058	0.2461	5.4654	-6.4004	8.6019
4	1.692	-0.128	-0.0154	1.258	0.0471	1.0889	-0.0359	0.1016	0.2174	-0.0613	0.0446	-0.0067	-0.1696	0.0156	-0.0274	0.1311	-0.0332	-0.0095	0.0939	0.0238	0.1253	29.6167	-5.7852	-1.2255
5	1.6326	0.4482	-0.0525	1.4871	-0.4802	1.1479	-0.0437	-0.0567	0.0876	-0.0124	0.0635	-0.0656	-0.2243	0.0547	0.0025	0.1141	-0.0482	0.0002	0.1194	-0.0499	0.0986	42.4682	-9.1912	30.9765
6	0.758	0.1417	-0.2056	0.3904	0.005	1.2483	-0.0207	-0.2065	-0.0066	0.0433	0.0018	-0.0676	-0.0521	0.2335	0.03	0.0407	-0.0165	-0.0078	0.1033	-0.0083	0.0682	37.9805	-16.2355	28.5325
7	0.6478	0.2083	-0.1693	3.4442	-0.982	1.4212	-0.0537	-0.2606	-0.0305	-0.0152	-0.0157	-0.1138	0.1192	0.3238	0.0781	0.0785	-0.0077	-0.0124	0.2018	0.006	0.1109	46.1404	-20.3732	36.1621
8	0.7577	-0.5247	0.109	1.307	-0.229	1.2967	0.032	-0.1477	-0.0866	-0.1012	-0.0468	-0.1818	0.031	0.4111	-0.0168	0.0969	-0.0332	0.0071	0.2848	0.0062	0.1716	55.1609	-18.4438	25.6749

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resseq 1:170)	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resseq 171:223)	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resseq 224:249)	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resseq 250:391)	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resseq 1:25)	B
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resseq 26:212)	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resseq 213:265)	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resseq 266:391)	B

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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