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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3srj | ||||||
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タイトル | PfAMA1 in complex with invasion-inhibitory peptide R1 | ||||||
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![]() | CELL INVASION/inhibitor / AMA1 / Plasmodium falciparum / inhibitory peptide / malaria / CELL INVASION / CELL INVASION-inhibitor complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() apical complex / microneme / host cell surface binding / symbiont entry into host / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Vulliez-Le Normand, B. / Saul, F.A. / Bentley, G.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and functional insights into the malaria parasite moving junction complex. 著者: Vulliez-Le Normand, B. / Tonkin, M.L. / Lamarque, M.H. / Langer, S. / Hoos, S. / Roques, M. / Saul, F.A. / Faber, B.W. / Bentley, G.A. / Boulanger, M.J. / Lebrun, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 155.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 119.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 477.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 485.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43665.910 Da / 分子数: 2 / 断片: AMA1 / 変異: N162K, T288V, S373D, N422D, S423K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: 3D7 / 遺伝子: AMA1, PF11_0344 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2371.883 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.86 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 15% PEG 4000, 0.1M Tris/HCL, 0.1M sodium acetate, 10% isopropanol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月17日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97911 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→40.28 Å / Num. all: 42798 / Num. obs: 42798 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 35.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.485 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 4756 / % possible all: 75.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1Z40 解像度: 2.15→37.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9461 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9173 / SU R Cruickshank DPI: 0.198 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41.15 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.228 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→37.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
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