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万見
- PDB-3sr9: Crystal structure of mouse PTPsigma -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sr9
タイトルCrystal structure of mouse PTPsigma
要素Receptor-type tyrosine-protein phosphatase S
キーワードHYDROLASE / tyrosine phosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / trans-synaptic signaling / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / Synaptic adhesion-like molecules / negative regulation of interferon-alpha production / chondroitin sulfate binding / negative regulation of collateral sprouting / negative regulation of axon regeneration / establishment of endothelial intestinal barrier / negative regulation of dendritic spine development ...negative regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / trans-synaptic signaling / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / Synaptic adhesion-like molecules / negative regulation of interferon-alpha production / chondroitin sulfate binding / negative regulation of collateral sprouting / negative regulation of axon regeneration / establishment of endothelial intestinal barrier / negative regulation of dendritic spine development / regulation of postsynaptic density assembly / synaptic membrane adhesion / presynapse assembly / negative regulation of axon extension / corpus callosum development / negative regulation of interferon-beta production / heparan sulfate proteoglycan binding / spinal cord development / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / cerebellum development / protein tyrosine phosphatase activity / hippocampus development / postsynaptic density membrane / synapse organization / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / negative regulation of neuron projection development / heparin binding / presynaptic membrane / growth cone / perikaryon / axon / glutamatergic synapse / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Immunoglobulin domain / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain ...: / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Immunoglobulin domain / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase S
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Wang, J. / Hou, L. / Li, J. / Ding, J.
引用ジャーナル: Acta Biochim.Biophys.Sin. / 年: 2011
タイトル: Structural insights into the homology and differences between mouse protein tyrosine phosphatase-sigma and human protein tyrosine phosphatase-sigma
著者: Hou, L. / Wang, J. / Zhou, Y. / Li, J. / Zang, Y. / Li, J.
履歴
登録2011年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,2071
ポリマ－67,2071
非ポリマー00
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.653, 94.653, 124.201
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Receptor-type tyrosine-protein phosphatase S / R-PTP-S / PTPNU-3 / Receptor-type tyrosine-protein phosphatase sigma / R-PTP-sigma


分子量: 67207.094 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1326-1901 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ptprs / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLys / 参照: UniProt: B0V2N1, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 15% polyethylene glycol 3350, 0.08M malic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 22320

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FH7

2fh7


解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.323 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2718 1117 5 %RANDOM
Rwork0.2327 ---
obs0.2347 21203 90.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 150.37 Å2 / Biso mean: 62.5058 Å2 / Biso min: 19.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20.03 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4597 0 0 89 4686
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9731.9436384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1295566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.23523.5240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.22415795
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8931539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2678
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0611.52831
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.95124591
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.28331880
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3574.51793
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 88 -
Rwork0.295 1576 -
all-1664 -
obs--92.6 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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