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- PDB-3sp8: Crystal structure of NK2 in complex with fractionated Heparin DP10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sp8
タイトルCrystal structure of NK2 in complex with fractionated Heparin DP10
要素Hepatocyte growth factor alpha chain
キーワードHORMONE / kringle domain / MET Tyrosine Kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / skeletal muscle cell proliferation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling ...regulation of p38MAPK cascade / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis by mesenchymal-epithelial signaling / Drug-mediated inhibition of MET activation / skeletal muscle cell proliferation / MET activates STAT3 / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / MET interacts with TNS proteins / MET Receptor Activation / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / MET receptor recycling / MET activates PTPN11 / MET activates RAP1 and RAC1 / myoblast proliferation / MET activates PI3K/AKT signaling / MET activates PTK2 signaling / positive regulation of DNA biosynthetic process / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of peptidyl-serine phosphorylation / chemoattractant activity / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of interleukin-10 production / epithelial to mesenchymal transition / positive regulation of osteoblast differentiation / MET activates RAS signaling / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / Interleukin-7 signaling / negative regulation of autophagy / liver development / cell chemotaxis / epithelial cell proliferation / platelet alpha granule lumen / growth factor activity / cell morphogenesis / Negative regulation of MET activity / negative regulation of inflammatory response / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / Platelet degranulation / mitotic cell cycle / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of cell migration / positive regulation of protein phosphorylation / signaling receptor binding / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Hepatocyte growth factor / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / : / PAN/Apple domain profile. / PAN domain ...Hepatocyte growth factor / Hepatocyte growth factor/Macrophage stimulatory protein / Hepatocyte Growth Factor / Hepatocyte Growth Factor / Plasminogen Kringle 4 / Plasminogen Kringle 4 / divergent subfamily of APPLE domains / : / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / 3-Layer(bba) Sandwich / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hepatocyte growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Recacha, R. / Mulloy, B. / Gherardi, E.
引用
ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of NK2 in complex with fractionated Heparin DP10
著者: Recacha, R. / Mulloy, B. / Gherardi, E.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2001
タイトル: Crystal structures of NK1 heparin complexes reveal the basis for NK1 activity and enable engineering of potent agonists of the MET receptor
著者: Lietha, D. / Chirgadze, D.Y. / L Blundell, T. / Gherardi, E. / Mulloy, B.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural basis for agonism and antagonism of hepatocyte growth factor
著者: Tolbert, W.D. / Daugherty-Holtrop, J. / Vande Woude, G. / Xu, H.E. / Gherardi, E.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Heparin-induced cis- and trans-Dimerization Modes of the Thrombospondin-1 N-terminal Domain
著者: Tan, K. / Duquette, M. / Liu, J.H. / Shanmugasundaram, K. / Joachimiak, A. / Gallagher, J.T. / Rigby, A.C. / Wang, J.H. / Lawler, J.
履歴
登録2011年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年7月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hepatocyte growth factor alpha chain
B: Hepatocyte growth factor alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,15321
ポリマ－61,8202
非ポリマー2,33219
水6,467359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Hepatocyte growth factor alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,35013
ポリマ－30,9101
非ポリマー1,44012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Hepatocyte growth factor alpha chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,8038
ポリマ－30,9101
非ポリマー8937
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.980, 75.980, 199.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hepatocyte growth factor alpha chain / Hepatopoeitin-A / Scatter factor / SF


分子量: 30910.119 Da / 分子数: 2 / 断片: NK2 / 変異: G146D, C214S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HGF, HPTA / 発現宿主: Pichia Pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P14210

-
非ポリマー , 5種, 378分子

#2: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 359 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50mM MES pH=6.0, 30% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 172 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年1月29日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→65.8 Å / Num. all: 107330 / Num. obs: 54379 / % possible obs: 99.76 % / Observed criterion σ(F): 1.38
反射 シェル最高解像度: 1.86 Å / % possible all: 99.76

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NH4

3nh4


解像度: 1.86→65.8 Å / SU ML: 0.57 / 交差検証法: Maximum Likelyhood / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2168 2763 5.08 %Random
Rwork0.1868 ---
obs0.1883 54379 99.76 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.503 Å2 / ksol: 0.329 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.0152 Å20 Å20 Å2
2---1.0152 Å2-0 Å2
3---2.0303 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→65.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4176 0 138 359 4673
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044630
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8836270
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3791808
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062608
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004805
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.89210.36971630.3182570X-RAY DIFFRACTION100
1.8921-1.92650.30251490.28972552X-RAY DIFFRACTION100
1.9265-1.96360.29621430.25582560X-RAY DIFFRACTION100
1.9636-2.00370.30431540.25792581X-RAY DIFFRACTION100
2.0037-2.04720.28541440.22622559X-RAY DIFFRACTION100
2.0472-2.09490.29471260.21272602X-RAY DIFFRACTION100
2.0949-2.14730.25361290.20652570X-RAY DIFFRACTION100
2.1473-2.20530.20761210.1962586X-RAY DIFFRACTION100
2.2053-2.27020.24141430.19642569X-RAY DIFFRACTION100
2.2702-2.34350.23941330.20352592X-RAY DIFFRACTION100
2.3435-2.42720.25211360.19812577X-RAY DIFFRACTION100
2.4272-2.52440.22291330.19932613X-RAY DIFFRACTION100
2.5244-2.63930.24761340.19382578X-RAY DIFFRACTION100
2.6393-2.77850.23911290.19432576X-RAY DIFFRACTION100
2.7785-2.95260.1991270.18872616X-RAY DIFFRACTION100
2.9526-3.18050.20511640.18362562X-RAY DIFFRACTION100
3.1805-3.50060.19361460.18222567X-RAY DIFFRACTION100
3.5006-4.00710.19361330.16062600X-RAY DIFFRACTION100
4.0071-5.04820.17021210.14762612X-RAY DIFFRACTION100
5.0482-65.84170.21181350.19492574X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -29.1929 Å / Origin y: 26.8444 Å / Origin z: -16.1371 Å
111213212223313233
T0.3089 Å20.0272 Å20.004 Å2-0.2744 Å2-0.0178 Å2--0.2348 Å2
L0.5482 °2-0.3342 °20.2864 °2-0.9968 °2-0.5337 °2--0.4659 °2
S-0.1157 Å °-0.1456 Å °0.0438 Å °-0.1346 Å °0.0488 Å °-0.0685 Å °0.0462 Å °-0.1067 Å °0.0596 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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