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- PDB-3sp1: Crystal structure of cysteinyl-tRNA synthetase (cysS) from Borrel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sp1
タイトルCrystal structure of cysteinyl-tRNA synthetase (cysS) from Borrelia burgdorferi
要素Cysteinyl-tRNA synthetase
キーワードLIGASE / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / lyme disease / peptide synthesis / protein biosynthesis / tRNA / CysRS / Cysteine tRNA ligase
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-tRNA ligase / cysteine-tRNA ligase activity / cysteinyl-tRNA aminoacylation / zinc ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cysteine-tRNA ligase, C-terminal anti-codon recognition domain / Cysteine-tRNA ligase / Cysteinyl-tRNA synthetase/mycothiol ligase / tRNA synthetases class I, catalytic domain / tRNA synthetases class I (C) catalytic domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle ...Cysteine-tRNA ligase, C-terminal anti-codon recognition domain / Cysteine-tRNA ligase / Cysteinyl-tRNA synthetase/mycothiol ligase / tRNA synthetases class I, catalytic domain / tRNA synthetases class I (C) catalytic domain / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ia, anticodon-binding / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Cysteine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Borrelia burgdorferi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Ligand co-crystallization of aminoacyl-tRNA synthetases from infectious disease organisms.
著者: Moen, S.O. / Edwards, T.E. / Dranow, D.M. / Clifton, M.C. / Sankaran, B. / Van Voorhis, W.C. / Sharma, A. / Manoil, C. / Staker, B.L. / Myler, P.J. / Lorimer, D.D.
履歴
登録2011年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteinyl-tRNA synthetase
B: Cysteinyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,6367
ポリマ－116,7752
非ポリマー8615
水2,882160
1
A: Cysteinyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8003
ポリマ－58,3881
非ポリマー4132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Cysteinyl-tRNA synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,8364
ポリマ－58,3881
非ポリマー4483
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.620, 49.890, 179.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.18, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 2 - 468 / Label seq-ID: 23 - 489

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Cysteinyl-tRNA synthetase / Cysteine--tRNA ligase / CysRS


分子量: 58387.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Borrelia burgdorferi (バクテリア)
遺伝子: BB_0599, cysS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O51545, cysteine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: protein at 25 mg/mL against PACT E9 25% PEG 3350, 0.2 M Na K Tartrate with 25% ethylene glycol as cryo-protectant, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 36778 / Num. obs: 36598 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 12.48
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.55-2.620.5242.52199
2.62-2.690.4942.91199.7
2.69-2.770.3843.72199.7
2.77-2.850.3224.61199.6
2.85-2.940.2655.571100
2.94-3.050.2246.56199.7
3.05-3.160.1817.981100
3.16-3.290.1429.781100
3.29-3.440.11712.22199.9
3.44-3.610.09714.661100
3.61-3.80.0817.62199.7
3.8-4.030.06320.83199.9
4.03-4.310.05622.77199.9
4.31-4.660.04825.79199.9
4.66-5.10.05224.261100
5.1-5.70.06419.82199.7
5.7-6.580.07418.64199.8
6.58-8.060.05323.03199.7
8.06-11.40.03136.84199.9
11.40.03437.12178.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 56.45 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å19.93 Å
Translation3 Å19.93 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1LI5

1li5


解像度: 2.55→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.859 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 21.334 / SU ML: 0.236 / SU R Cruickshank DPI: 0.607 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.602 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27398 1835 5 %RANDOM
Rwork0.22433 ---
obs0.2268 34652 99.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.145 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.18 Å20 Å20.11 Å2
2--1.18 Å20 Å2
3----1.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6808 0 49 160 7017
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.027018
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5381.9459522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2585847
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.24724.227343
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.832151101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.651527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.21056
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025358
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6281.54253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.226784
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.74132764
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8034.52737
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 3277 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
LOOSE POSITIONAL0.295
LOOSE THERMAL1.5910
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 136 -
Rwork0.304 2439 -
obs--98.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.78040.8964-0.47781.2447-0.06471.40750.0804-0.03810.03850.1815-0.05950.02250.1613-0.0116-0.0210.0494-0.01860.00820.0427-0.00170.1035-13.46763.6959-77.1531
20.31930.1269-0.47670.53690.43531.5690.06220.01190.07420.14740.0598-0.0180.10190.0292-0.1220.07070.01180.0170.051-0.02370.0735-12.04467.3114-64.3951
31.20870.11981.00290.63050.14670.85350.10860.09410.03490.0129-0.12430.00670.12520.07840.01570.0830.01910.01090.0795-0.01990.0417-10.6437-5.1774-98.9594
40.7266-0.77851.13341.5887-1.10111.91290.05260.04920.048-0.2043-0.2136-0.1514-0.0570.05540.1610.12080.0307-0.03460.06410.0180.0936-16.05969.6878-116.3753
50.9402-1.28030.6771.7787-1.06941.36860.04360.0799-0.0543-0.0094-0.10510.0292-0.30010.07230.06140.13380.0069-0.0260.0437-0.0180.0883-18.372531.8462-12.7841
60.15310.07460.42660.28520.15341.52210.0170.0192-0.042-0.05270.0377-0.0732-0.06850.0195-0.05470.06910.0221-0.00140.0666-0.01010.0662-14.70124.6262-19.8894
71.5943-0.186-0.67290.5875-0.68372.04370.135-0.1511-0.0363-0.0309-0.0980.0885-0.1760.0254-0.0370.0420.0212-0.00590.097-0.04710.0529-20.26737.746913.3004
80.82121.22-0.99362.134-1.49521.20450.0876-0.15990.00170.1461-0.09610.053-0.0930.18270.00850.0789-0.0738-0.00460.16010.0280.0202-20.769121.244226.6346
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 100
2X-RAY DIFFRACTION2A101 - 295
3X-RAY DIFFRACTION3A296 - 409
4X-RAY DIFFRACTION4A410 - 469
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 46
6X-RAY DIFFRACTION6B47 - 328
7X-RAY DIFFRACTION7B329 - 408
8X-RAY DIFFRACTION8B409 - 469

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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