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- PDB-3sn2: Crystal structure analysis of iron regulatory protein 1 in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sn2
タイトルCrystal structure analysis of iron regulatory protein 1 in complex with transferrin receptor IRE B RNA
要素
  • Cytoplasmic aconitate hydratase
  • transferrin receptor iron regulatory element B RNA
キーワードLYASE/RNA / RNA binding / iron sulfur cluster binding / phosphorylation / LYASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aconitate hydratase / aconitate hydratase activity / iron-responsive element binding / citrate metabolic process / response to iron(II) ion / tricarboxylic acid cycle / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aconitase/Iron-responsive element-binding protein 2 / Aconitase A, swivel domain / Aconitase; domain 3 / Aconitase, domain 3 / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha, subdomain 1/3 / Aconitase family, 4Fe-4S cluster binding site / Aconitase, iron-sulfur domain / Aconitase family (aconitate hydratase) / Aconitase family signature 1. ...Aconitase/Iron-responsive element-binding protein 2 / Aconitase A, swivel domain / Aconitase; domain 3 / Aconitase, domain 3 / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase large subunit, alpha/beta/alpha, subdomain 1/3 / Aconitase family, 4Fe-4S cluster binding site / Aconitase, iron-sulfur domain / Aconitase family (aconitate hydratase) / Aconitase family signature 1. / Aconitase family signature 2. / Aconitase; domain 4 / Aconitase, domain 4 / Aconitase A/isopropylmalate dehydratase small subunit, swivel domain / Aconitase C-terminal domain / Aconitase/3-isopropylmalate dehydratase, swivel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Cytoplasmic aconitate hydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.99 Å
データ登録者Volz, K. / Selezneva, A.I. / Walden, W.E.
引用
ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2012
タイトル: Accommodating variety in iron-responsive elements: Crystal structure of transferrin receptor 1 B IRE bound to iron regulatory protein 1.
著者: Walden, W.E. / Selezneva, A. / Volz, K.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2006
タイトル: Structure of dual function iron regulatory protein 1 complexed with ferritin IRE-RNA.
著者: Walden, W.E. / Selezneva, A.I. / Dupuy, J. / Volbeda, A. / Fontecilla-Camps, J.C. / Theil, E.C. / Volz, K.
履歴
登録2011年6月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月24日Group: Database references
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytoplasmic aconitate hydratase
B: transferrin receptor iron regulatory element B RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,0222
ポリマ－110,0222
非ポリマー00
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area36200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.675, 101.675, 281.349
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Cytoplasmic aconitate hydratase / Iron regulatory protein 1 / IRP1 / Aconitase / Citrate hydro-lyase / Ferritin repressor protein / ...Iron regulatory protein 1 / IRP1 / Aconitase / Citrate hydro-lyase / Ferritin repressor protein / Iron-responsive element-binding protein 1 / IRE-BP 1


分子量: 100776.734 Da / 分子数: 1 / 変異: C437S/C503S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 遺伝子: ACO1, FRP, IREB1, IREBP, IRP1 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ5465 / 参照: UniProt: Q01059, aconitate hydratase
#2: RNA鎖 transferrin receptor iron regulatory element B RNA


分子量: 9245.521 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE PROVIDED FOR CHAINS A AND B IS CORRECT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.7 M sodium citrate, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月6日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→32.7 Å / Num. all: 30782 / Num. obs: 30703 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 106.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.99-3.0972.190.55090.75312398199.4
3.097-3.2212.190.45531.04312327199.6
3.221-3.3682.180.35251.46712402199.6
3.368-3.5452.190.24862.39312433199.6
3.545-3.7672.160.18043.66212324199.7
3.767-4.0582.140.12955.81612162199.7
4.058-4.4672.140.08639.87512183199.6
4.467-5.1132.160.072813.58312168199.6
5.113-6.4422.130.068815.1912139199.5
6.442-32.72.020.039430.85311254197.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
X-GENデータ削減
X-GENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IPY

2ipy
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.99→32.643 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 33.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2748 1993 6.5 %RANDOM
Rwork0.2272 ---
obs0.2303 30644 99.61 %-
all-30644 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 95.345 Å2 / ksol: 0.406 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.5764 Å20 Å2-0 Å2
2--17.5764 Å20 Å2
3----35.1527 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.99→32.643 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6632 611 0 146 7389
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057875
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80110272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.9442868
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471171
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041231
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.99-3.06480.40771370.40061977X-RAY DIFFRACTION99
3.0648-3.14760.38581400.36981997X-RAY DIFFRACTION100
3.1476-3.24010.36631380.31741999X-RAY DIFFRACTION99
3.2401-3.34460.35041400.29592027X-RAY DIFFRACTION100
3.3446-3.4640.38621390.27051997X-RAY DIFFRACTION100
3.464-3.60250.36561400.24922033X-RAY DIFFRACTION100
3.6025-3.76620.26281420.22822038X-RAY DIFFRACTION100
3.7662-3.96450.26151410.21482014X-RAY DIFFRACTION100
3.9645-4.21240.25271430.19312055X-RAY DIFFRACTION100
4.2124-4.53680.25231430.18582044X-RAY DIFFRACTION100
4.5368-4.9920.23311430.17392050X-RAY DIFFRACTION100
4.992-5.7110.26061450.19142104X-RAY DIFFRACTION100
5.711-7.18260.25061480.21192114X-RAY DIFFRACTION100
7.1826-32.64520.23961540.21732202X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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