PDB-3smh: Crystal structure of major peanut allergen Ara h 1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3smh

タイトル

Crystal structure of major peanut allergen Ara h 1

要素

Allergen Ara h 1, clone P41B

キーワード

ALLERGEN / Cupin fold

機能・相同性

機能・相同性情報

IgE binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arachis hypogaea (トウジンマメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.433 Å

データ登録者

Cabanos, C.S. / Mikami, B. / Maruyama, N.

引用

ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of the major peanut allergen Ara h 1.
著者: Cabanos, C. / Urabe, H. / Tandang-Silvas, M.R. / Utsumi, S. / Mikami, B. / Maruyama, N.

履歴

登録	2011年6月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2012年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月12日	Group: Non-polymer description

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3smh.cif.gz	435.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3smh.ent.gz	369.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3smh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3smh_validation.pdf.gz	495.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3smh_full_validation.pdf.gz	540.1 KB	表示
XML形式データ	3smh_validation.xml.gz	80.2 KB	表示
CIF形式データ	3smh_validation.cif.gz	108 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/3smh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/3smh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3s7e-2 3s7i-1 3s7e-1 1dgr-d 3s7i-2 1uik-d 1ipk-d 6l4c-d 2eaa-d 5vf5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Allergen Ara h 1, clone P41B

B: Allergen Ara h 1, clone P41B

C: Allergen Ara h 1, clone P41B

D: Allergen Ara h 1, clone P41B

E: Allergen Ara h 1, clone P41B

F: Allergen Ara h 1, clone P41B

285 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Allergen Ara h 1, clone P41B

C: Allergen Ara h 1, clone P41B

D: Allergen Ara h 1, clone P41B

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
143 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Allergen Ara h 1, clone P41B

E: Allergen Ara h 1, clone P41B

F: Allergen Ara h 1, clone P41B

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
143 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.492, 89.008, 158.966
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.15, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 3:171 OR RESSEQ 194:209 OR RESSEQ 219:298 OR RESSEQ 327:416 )
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 3:171 OR RESSEQ 194:209 OR RESSEQ 222:298 OR RESSEQ 327:416 )
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 3:171 OR RESSEQ 194:209 OR RESSEQ 221:298 OR RESSEQ 327:416 )
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 3:171 OR RESSEQ 194:209 OR RESSEQ 223:298 OR RESSEQ 327:416 )
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 3:171 OR RESSEQ 194:209 OR RESSEQ 219:298 OR RESSEQ 327:416 )
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 3:171 OR RESSEQ 194:209 OR RESSEQ 221:298 OR RESSEQ 327:416 )

#1: タンパク質	Allergen Ara h 1, clone P41B / Allergen Ara h I 分子量: 47564.863 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 170-587 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ) 遺伝子: Arachis hypogea / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43238
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M sodium citrate pH 5.6, 0.1M NaCl, 15% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.43→15 Å / Num. obs: 122061 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 14 / Observed criterion σ(I): 5.45
反射シェル	解像度: 2.43→2.46 Å / % possible all: 93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
CCP4		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.4_486)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.433→14.996 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.14 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2438	3859	5.03 %	RANDOM
R_work	0.2015	-	-	-
all	0.267	-	-	-
obs	0.2036	76734	98.28 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 50.859 Å² / k_sol: 0.356 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	21.6744 Å²	0 Å²	4.0934 Å²
2-	-	-7.1356 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-14.5388 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.433→14.996 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17613	0	0	337	17950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	17907
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.072	24126
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.952	11220
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	2635
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3254

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2806	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2806	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.058
1	3	C	2815	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
1	4	D	2797	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
1	5	E	2830	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	6	F	2815	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.4334-2.463	0.3413	130	0.2662	2424	93
2.463-2.494	0.3639	126	0.2668	2586	98
2.494-2.5267	0.3665	156	0.262	2564	98
2.5267-2.5611	0.3165	127	0.2528	2613	98
2.5611-2.5975	0.3016	125	0.2388	2537	98
2.5975-2.6361	0.3131	134	0.2341	2589	98
2.6361-2.6771	0.3102	130	0.2472	2553	98
2.6771-2.7207	0.3291	116	0.2522	2644	97
2.7207-2.7673	0.3128	142	0.2361	2575	98
2.7673-2.8173	0.3047	145	0.2242	2552	98
2.8173-2.8711	0.276	138	0.2219	2584	98
2.8711-2.9293	0.2971	149	0.2205	2552	98
2.9293-2.9925	0.2782	141	0.2173	2564	97
2.9925-3.0616	0.2755	143	0.2254	2570	98
3.0616-3.1375	0.2821	118	0.2243	2616	98
3.1375-3.2215	0.2879	143	0.2271	2589	98
3.2215-3.3153	0.2618	135	0.215	2583	98
3.3153-3.4211	0.2647	143	0.2184	2586	98
3.4211-3.5418	0.2323	141	0.2107	2627	99
3.5418-3.6816	0.2891	166	0.205	2608	100
3.6816-3.8465	0.2182	145	0.1988	2631	100
3.8465-4.0455	0.191	122	0.1873	2673	100
4.0455-4.2933	0.2205	138	0.1702	2664	100
4.2933-4.6159	0.1912	159	0.1649	2619	100
4.6159-5.0641	0.1795	121	0.1666	2693	100
5.0641-5.7602	0.2034	139	0.1789	2673	100
5.7602-7.1252	0.2194	151	0.1911	2670	100
7.1252-14.9961	0.1792	136	0.1702	2736	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)