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- PDB-3sl9: X-ray structure of Beta catenin in complex with Bcl9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sl9
タイトルX-ray structure of Beta catenin in complex with Bcl9
要素
  • B-cell CLL/lymphoma 9 protein
  • Catenin beta-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / PROTEIN BINDING / Armadillo repeat / components of the Wnt signaling pathway / Beta catenin
機能・相同性
機能・相同性情報


myotube differentiation involved in skeletal muscle regeneration / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation ...myotube differentiation involved in skeletal muscle regeneration / canonical Wnt signaling pathway involved in mesenchymal stem cell differentiation / positive regulation of heparan sulfate proteoglycan biosynthetic process / lung induction / positive regulation of branching involved in lung morphogenesis / cranial ganglion development / renal vesicle formation / renal inner medulla development / renal outer medulla development / nephron tubule formation / beta-catenin-ICAT complex / CDH11 homotypic and heterotypic interactions / genitalia morphogenesis / neural plate development / metanephros morphogenesis / glial cell fate determination / Regulation of CDH19 Expression and Function / astrocyte-dopaminergic neuron signaling / oviduct development / beta-catenin-TCF7L2 complex / regulation of nephron tubule epithelial cell differentiation / regulation of timing of anagen / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / regulation of secondary heart field cardioblast proliferation / Binding of TCF/LEF:CTNNB1 to target gene promoters / central nervous system vasculogenesis / negative regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / embryonic skeletal limb joint morphogenesis / regulation of centriole-centriole cohesion / RUNX3 regulates WNT signaling / regulation of centromeric sister chromatid cohesion / Regulation of CDH11 function / acinar cell differentiation / embryonic axis specification / lens morphogenesis in camera-type eye / Scrib-APC-beta-catenin complex / regulation of fibroblast proliferation / neuron fate determination / beta-catenin-TCF complex / Specification of the neural plate border / synaptic vesicle clustering / endodermal cell fate commitment / Formation of the nephric duct / proximal/distal pattern formation / endothelial tube morphogenesis / dorsal root ganglion development / positive regulation of fibroblast growth factor receptor signaling pathway / dorsal/ventral axis specification / sympathetic ganglion development / lung epithelial cell differentiation / positive regulation of endothelial cell differentiation / presynaptic active zone cytoplasmic component / layer formation in cerebral cortex / positive regulation of skeletal muscle tissue development / mesenchymal to epithelial transition / hindbrain development / fungiform papilla formation / positive regulation of determination of dorsal identity / fascia adherens / regulation of protein localization to cell surface / positive regulation of myoblast proliferation / ectoderm development / embryonic foregut morphogenesis / detection of muscle stretch / positive regulation of odontoblast differentiation / hair cell differentiation / mesenchymal cell proliferation involved in lung development / smooth muscle cell differentiation / alpha-catenin binding / cellular response to indole-3-methanol / histone methyltransferase binding / regulation of epithelial to mesenchymal transition / regulation of calcium ion import / Germ layer formation at gastrulation / positive regulation of homotypic cell-cell adhesion / negative regulation of oligodendrocyte differentiation / establishment of blood-retinal barrier / epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / apicolateral plasma membrane / epithelial cell differentiation involved in prostate gland development / positive regulation of epithelial cell proliferation involved in prostate gland development / male genitalia development / flotillin complex / cranial skeletal system development / Formation of definitive endoderm / cell-cell adhesion mediated by cadherin / regulation of smooth muscle cell proliferation / lung-associated mesenchyme development / midbrain dopaminergic neuron differentiation / cis-Golgi network / establishment of blood-brain barrier / Formation of axial mesoderm / beta-catenin destruction complex / embryonic brain development / negative regulation of protein sumoylation / Apoptotic cleavage of cell adhesion proteins / catenin complex / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / gastrulation with mouth forming second / positive regulation of blood vessel branching
類似検索 - 分子機能
B Cell Lymphoma 9 / B-cell lymphoma 9, beta-catenin binding domain / B-cell lymphoma 9 protein / Beta-catenin / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant ...B Cell Lymphoma 9 / B-cell lymphoma 9, beta-catenin binding domain / B-cell lymphoma 9 protein / Beta-catenin / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / B-cell CLL/lymphoma 9 protein / Catenin beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gupta, D. / Bienz, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2012
タイトル: An intrinsically labile alpha-helix abutting the BCL9-binding site of beta-catenin is required for its inhibition by carnosic acid.
著者: de la Roche, M. / Rutherford, T.J. / Gupta, D. / Veprintsev, D.B. / Saxty, B. / Freund, S.M. / Bienz, M.
履歴
登録2011年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年5月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catenin beta-1
C: B-cell CLL/lymphoma 9 protein
B: Catenin beta-1
D: B-cell CLL/lymphoma 9 protein
E: Catenin beta-1
F: B-cell CLL/lymphoma 9 protein
G: Catenin beta-1
H: B-cell CLL/lymphoma 9 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,54936
ポリマ－97,3928
非ポリマー2,15728
水2,738152
1
A: Catenin beta-1
C: B-cell CLL/lymphoma 9 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,94710
ポリマ－24,3482
非ポリマー5998
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2210 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area9920 Å2
手法PISA
2
B: Catenin beta-1
D: B-cell CLL/lymphoma 9 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,00010
ポリマ－24,3482
非ポリマー6528
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area9210 Å2
手法PISA
3
E: Catenin beta-1
F: B-cell CLL/lymphoma 9 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,95610
ポリマ－24,3482
非ポリマー6088
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area10450 Å2
手法PISA
4
G: Catenin beta-1
H: B-cell CLL/lymphoma 9 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6476
ポリマ－24,3482
非ポリマー2994
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)160.890, 80.700, 87.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.00, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 2種, 8分子 ABEGCDFH

#1: タンパク質
Catenin beta-1 / Beta-catenin


分子量: 18176.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: Beta catenin, CTNNB, CTNNB1, OK/SW-cl.35, PRO2286
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P35222
#2: タンパク質
B-cell CLL/lymphoma 9 protein / B-cell lymphoma 9 protein / Bcl-9 / Protein legless homolog


分子量: 6171.756 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O00512

-
非ポリマー , 5種, 180分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6.5
詳細: 0.12M ethylene glycol, 1M MES 62% MES, 1M Imidazol 38%, 10% PEG 4K, 20% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.93
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月20日
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→32.07 Å / Num. obs: 54333 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): -4 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Mean I/σ(I) obs: 17.1 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GL7

2gl7


解像度: 2.2→29.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 4.251 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 2763 5.1 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.197 51571 97 %-
all-51571 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5517 0 144 152 5813
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0240.0215708
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9691.9777660
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9435742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.20424.158202
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.64315977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.431533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.160.2942
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024039
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.28453706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.86165887
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.42352002
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.097.51773
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 205 -
Rwork0.206 3765 -
obs--96.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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