PDB-3ski: Crystal structure of the 2'- Deoxyguanosine riboswitch bound to 2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ski

タイトル

Crystal structure of the 2'- Deoxyguanosine riboswitch bound to 2'-deoxyguanosine

要素

(RNA (68-MER)) x 2

キーワード

RNA / three-way junction / Riboswitch / deoxyguanosine

機能・相同性

2'-DEOXY-GUANOSINE / SUCCINIC ACID / RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Pikovskaya, O. / Polonskaia, A. / Patel, D.J. / Serganov, A.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural principles of nucleoside selectivity in a 2'-deoxyguanosine riboswitch.
著者: Pikovskaya, O. / Polonskaia, A. / Patel, D.J. / Serganov, A.

履歴

登録	2011年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月26日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb3ski.ent.gz	129.3 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3ski_full_validation.pdf.gz	1004.3 KB	表示
XML形式データ	3ski_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	3ski_validation.cif.gz	11.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/3ski ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/3ski	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3sklC 3skrC 3sktC 3skwC 3skzC 3slmC 3slqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3skz-d 3slq-d 6rnq-d 1tg8-d 4bwe-4 4acr-4 2x8m-d 5vb9-d 4ywt-4 4ad7-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
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リボスイッチ (Riboswitches)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
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Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
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リシン (Ricin)
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テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
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#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (68-MER)

B: RNA (68-MER)

ヘテロ分子

45.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.930, 47.795, 228.281
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#1: RNA鎖	RNA (68-MER) 分子量: 22018.873 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro transcribed RNA
#2: RNA鎖	RNA (68-MER) 分子量: 21858.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: In vitro transcribed RNA

-
非ポリマー , 5種, 126分子

#3: 化合物	ChemComp-GNG / 2'-DEOXY-GUANOSINE / デオキシグアノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸分子量: 118.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₄
#6: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.35 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.05 M Na-acetate or Na-succinate, pH 4.7-5.1, ~3.0 M ammonium sulfate, 0.5 mM spermine and 20 mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.080901 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.080901 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 17879 / Num. obs: 16645 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 0.079
反射シェル	解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.278 / Num. unique all: 1049 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.314 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28134	1678	10.1 %	RANDOM
R_work	0.25338	-	-	-
obs	0.25616	14911	93.14 %	-
all	-	16009	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	2903	90	111	3104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.021	3324
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.983	3	5167
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1432
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.141	0.2	1167
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.267	0.2	2012
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.136	0.2	148
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.164	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.195	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.302→2.361 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.415	121	-
R_work	0.377	1021	-
obs	-	-	89.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8795	0.6804	-0.1266	6.0832	3.3841	1.9736	0.3311	0.655	-0.207	-0.0445	0.2055	-0.1763	0.0948	0.2804	-0.5366	-0.0479	0.0393	-0.0655	-0.2088	-0.0652	-0.0433	-1.685	0.82	-71.03
2	1.2661	-0.386	-1.8066	0.1322	0.3522	5.2996	-0.1173	0.006	0.0303	-0.0147	0.1218	0.0139	0.225	-0.3219	-0.0044	-0.1284	-0.0832	0.0051	-0.3713	0.031	-0.0507	-9.351	3.697	-42.756
3	2.2288	-0.7278	0.0303	1.2453	0.7949	2.4269	-0.074	-0.3104	-0.1283	-0.2036	0.3427	0.0818	-0.1635	0.5471	-0.2687	-0.1179	-0.0589	0.0143	-0.1607	0.0293	-0.1033	4.583	-0.665	-42.461
4	3.9118	0.7056	3.411	5.2935	5.3826	18.5109	0.8536	0.6486	0.2399	-0.1163	0.1144	-0.3147	2.3736	-0.5355	-0.968	0.4151	-0.044	-0.0569	0.2419	0.0544	-0.1289	-0.911	0.039	24.524
5	2.8171	0.6493	2.8087	2.379	-0.402	9.7111	0.3411	-0.5201	0.0722	0.6086	-0.0426	-0.0383	0.5862	-0.6287	-0.2985	0.0868	-0.0636	0.0237	-0.0408	-0.0097	-0.0601	-9.026	-1.746	-3.566
6	5.5962	-0.0382	-0.723	1.4716	-0.2654	0.1431	0.4406	-0.6005	-0.0438	0.6609	0.038	0.0264	-0.1261	0.7141	-0.4786	0.2538	-0.0235	0.0964	0.0797	0.0139	-0.0564	4.683	3.197	-3.514

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	22 - 30
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	81 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	120
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	31 - 60
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	61 - 80
6	X-RAY DIFFRACTION	4	B	22 - 30
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	81 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	5	B	120
9	X-RAY DIFFRACTION	5	B	31 - 60
10	X-RAY DIFFRACTION	6	B	61 - 80

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関連情報:EMDBヘッダ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)