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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3skl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the 2'- deoxyguanosine riboswitch bound to 2'-deoxyguanosine, iridium hexammine soak | ||||||
![]() | RNA (66-MER) | ||||||
![]() | RNA / three way junction / riboswitch / deoxyguanosine | ||||||
機能・相同性 | 2'-DEOXY-GUANOSINE / IRIDIUM HEXAMMINE ION / RNA / RNA (> 10)![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pikovskaya, O. / Polonskaia, A. / Patel, D.J. / Serganov, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural principles of nucleoside selectivity in a 2'-deoxyguanosine riboswitch. 著者: Pikovskaya, O. / Polonskaia, A. / Patel, D.J. / Serganov, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 62.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 21368.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: dG riboswitch #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-MG / #4: 化合物 | ChemComp-IRI / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.05 M Na-HEPES, pH 7.5, ~40 % (v/v) pentaerythritol propoxylate, 0.2 M potassium chloride and 0.0-2.0 mM spermidine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1052 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 8590 / Num. obs: 8487 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.102 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Num. unique all: 764 / % possible all: 92.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
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