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- PDB-3sik: Crystal structure of the Bacillus anthracis hemophore IsdX1 compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sik
タイトルCrystal structure of the Bacillus anthracis hemophore IsdX1 complexed with heme
要素Conserved domain protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / NEAT domain / Heme scavenging
機能・相同性
機能・相同性情報


Immunoglobulin-like - #1850 / NEAT domain / Iron Transport-associated domain / NEAT domain profile. / NEAr Transporter domain / NEAT domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Iron Transport-associated domain protein / Iron Transport-associated domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.149 Å
データ登録者Owens, C.P. / Goulding, C.W.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2012
タイトル: Differential function of lip residues in the mechanism and biology of an anthrax hemophore.
著者: Ekworomadu, M.T. / Poor, C.B. / Owens, C.P. / Balderas, M.A. / Fabian, M. / Olson, J.S. / Murphy, F. / Balkabasi, E. / Honsa, E.S. / He, C. / Goulding, C.W. / Maresso, A.W.
履歴
登録2011年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conserved domain protein
B: Conserved domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9374
ポリマ－29,7042
非ポリマー1,2332
水1,56787
1
A: Conserved domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4682
ポリマ－14,8521
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Conserved domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4682
ポリマ－14,8521
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.978, 64.978, 74.211
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Conserved domain protein / Iron Transport-associated domain protein


分子量: 14851.796 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP Residues 27-152 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: BAS4443, BA_4788, GBAA_4788, IsdX1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 Gold (DE3) / 参照: UniProt: Q81L44, UniProt: A0A6L8PY92*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.36 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M SPG buffer, 25% polyethylene glycol 1500, pH 9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-k,-l / Fraction: 0.502
反射解像度: 2.149→50 Å / Num. obs: 16738 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 15 % / Net I/σ(I): 43.79
反射 シェル解像度: 2.149→2.23 Å / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.149→32.489 Å / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.21 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2345 842 5.04 %
Rwork0.1956 --
obs0.1984 16711 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.34 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6921 Å20 Å20 Å2
2---0.6921 Å2-0 Å2
3---1.3842 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.149→32.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1954 0 86 87 2127
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082086
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2922837
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.629754
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004354
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1513-2.28470.32311550.32152599X-RAY DIFFRACTION94
2.2847-2.45880.34191490.31812633X-RAY DIFFRACTION95
2.4588-2.7020.33681370.30242630X-RAY DIFFRACTION95
2.702-3.08340.27391330.2652640X-RAY DIFFRACTION95
3.0834-3.84930.24421530.17812605X-RAY DIFFRACTION94
3.8493-10.16040.15451150.12342622X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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