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- PDB-3sig: The X-ray crystal structure of poly(ADP-ribose) glycohydrolase (P... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sig
タイトルThe X-ray crystal structure of poly(ADP-ribose) glycohydrolase (PARG) bound to ADP-ribose from Thermomonospora curvata
要素poly(ADP-ribose) glycohydrolase
キーワードHYDROLASE / poly ADP ribose
機能・相同性
機能・相同性情報


Conserved hypothetical protein CHP02452 / Microbial-type PARG, catalytic domain / Microbial-type PARG, catalytic domain / Leucine Aminopeptidase, subunit E, domain 1 / Leucine Aminopeptidase, subunit E; domain 1 / Macro domain-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AR6 / Microbial-type PARG catalytic domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermomonospora curvata (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å
データ登録者Leys, D. / Dunstan, M.S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: The structure and catalytic mechanism of a poly(ADP-ribose) glycohydrolase.
著者: Slade, D. / Dunstan, M.S. / Barkauskaite, E. / Weston, R. / Lafite, P. / Dixon, N. / Ahel, M. / Leys, D. / Ahel, I.
履歴
登録2011年6月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年8月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年9月28日Group: Database references
改定 1.22011年10月12日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: poly(ADP-ribose) glycohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,3232
ポリマ－29,7641
非ポリマー5591
水6,269348
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.130, 106.390, 44.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 poly(ADP-ribose) glycohydrolase / PARG


分子量: 29763.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermomonospora curvata (バクテリア)
株: ATCC 19995 / DSM 43183 / JCM 3096 / NCIMB 10081 / 遺伝子: Tcur_1721 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1AC29, poly(ADP-ribose) glycohydrolase
#2: 化合物 ChemComp-AR6 / [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-AMINOPURIN-9-YL)-3,4-DIHYDROXY-OXOLAN-2-YL]METHYL [HYDROXY-[[(2R,3S,4R,5S)-3,4,5-TRIHYDROXYOXOLAN-2-YL]METHOXY]PHOSPHORYL] HYDROGEN PHOSPHATE / Adenosine-5-Diphosphoribose


分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.82 %
結晶化手法: シッティングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 9
詳細: 10% PEG6000, 0.1 M Bicine, pH 9.0, SITTING DROP, VAPOR DIFFUSION

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.976
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→23.5 Å / Num. all: 66929 / Num. obs: 66929 / % possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.4_486精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3SIH

3sih


解像度: 1.28→23.495 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.41 / FOM work R set: 0.9169 / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1608 2981 5.05 %
Rwork0.1492 --
obs0.1498 59037 88.2 %
all-66929 -
溶媒の処理減衰半径: 0.41 Å / VDWプローブ半径: 0.6 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.411 Å2 / ksol: 0.452 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 103.25 Å2 / Biso mean: 19.3074 Å2 / Biso min: 5.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0641 Å20 Å2-0 Å2
2--0.1326 Å20 Å2
3----0.0685 Å2
Refine analyzeLuzzati sigma a obs: 0.12 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.28→23.495 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2028 0 36 348 2412
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0122138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5182911
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093314
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008385
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.796807
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.28-1.3010.25671300.25462424255488
1.301-1.32340.2071390.21442587272694
1.3234-1.34750.21681350.20072557269294
1.3475-1.37340.20331440.19282596274094
1.3734-1.40140.22451640.17972596276095
1.4014-1.43190.19441570.17252587274494
1.4319-1.46520.17111200.16692624274495
1.4652-1.50180.1851400.15642634277495
1.5018-1.54240.18731360.14972636277295
1.5424-1.58780.16421190.1482689280896
1.5878-1.6390.1741380.14012659279796
1.639-1.69760.16551460.14032667281396
1.6976-1.76560.15211280.13672687281596
1.7656-1.84590.15831380.13922712285097
1.8459-1.94320.15241490.1422696284598
1.9432-2.06480.19261510.13972733288498
2.0648-2.22410.13961520.13492721287397
2.2241-2.44780.14761550.13232736289198
2.4478-2.80150.17021370.14792817295498
2.8015-3.52760.14011420.14382834297699
3.5276-23.49920.14131610.15052864302596
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.9168 Å / Origin y: -13.9176 Å / Origin z: -13.2817 Å
111213212223313233
T0.0504 Å2-0.0025 Å20.0019 Å2-0.0558 Å20.003 Å2--0.0417 Å2
L1.2404 °2-0.6272 °20.3417 °2-1.0916 °2-0.142 °2--0.5759 °2
S0.0438 Å °0.0481 Å °0.0341 Å °-0.0172 Å °-0.0487 Å °-0.0052 Å °-0.0247 Å °0.0608 Å °0.0036 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 280
2X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 348

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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