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万見
- PDB-3si5: Kinetochore-BUBR1 kinase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3si5
タイトルKinetochore-BUBR1 kinase complex
要素
  • Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta
  • Protein CASC5
キーワードCELL CYCLE / BUBR1-Blinkin complex / mitotic checkpoint / BUBR1 / Blinkin/KNL1 / chromosome segregation
機能・相同性
機能・相同性情報


Knl1/Spc105 complex / positive regulation of meiosis I spindle assembly checkpoint / homologous chromosome orientation in meiotic metaphase I / mitotic checkpoint complex / acrosome assembly / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / attachment of spindle microtubules to kinetochore / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins ...Knl1/Spc105 complex / positive regulation of meiosis I spindle assembly checkpoint / homologous chromosome orientation in meiotic metaphase I / mitotic checkpoint complex / acrosome assembly / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / attachment of spindle microtubules to kinetochore / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / anaphase-promoting complex / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / outer kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / protein localization to kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / mitotic sister chromatid segregation / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / acrosomal vesicle / RHO GTPases Activate Formins / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / kinetochore / spindle / Separation of Sister Chromatids / microtubule binding / nuclear body / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / cell division / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #430 / Kinetochore scaffold 1 / Knl1, C-terminal RWD domain / KNL1 MELT repeat / Knl1 RWD C-terminal domain / MELT motif / Mad3/Bub1 homology region 1 / Mitotic spindle checkpoint protein Bub1/Mad3 / Mad3/BUB1 homology region 1 / BUB1 N-terminal domain profile. ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #430 / Kinetochore scaffold 1 / Knl1, C-terminal RWD domain / KNL1 MELT repeat / Knl1 RWD C-terminal domain / MELT motif / Mad3/Bub1 homology region 1 / Mitotic spindle checkpoint protein Bub1/Mad3 / Mad3/BUB1 homology region 1 / BUB1 N-terminal domain profile. / Mad3/BUB1 hoMad3/BUB1 homology region 1 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta / Kinetochore scaffold 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Blundell, T.L. / Chirgadze, D.Y. / Bolanos-Garcia, V.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Structure of a Blinkin-BUBR1 Complex Reveals an Interaction Crucial for Kinetochore-Mitotic Checkpoint Regulation via an Unanticipated Binding Site.
著者: Bolanos-Garcia, V.M. / Lischetti, T. / Matak-Vinkovic, D. / Cota, E. / Simpson, P.J. / Chirgadze, D.Y. / Spring, D.R. / Robinson, C.V. / Nilsson, J. / Blundell, T.L.
履歴
登録2011年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月30日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta
B: Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta
X: Protein CASC5
Y: Protein CASC5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4714
ポリマ－46,4714
非ポリマー00
水4,504250
1
A: Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta
X: Protein CASC5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2362
ポリマ－23,2362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area10070 Å2
手法PISA
2
B: Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta
Y: Protein CASC5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2362
ポリマ－23,2362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area930 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area9690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.398, 40.143, 75.391
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.38, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-280-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1 beta / MAD3/BUB1-related protein kinase / hBUBR1 / Mitotic checkpoint kinase MAD3L / Protein SSK1


分子量: 20578.621 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 67-220 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BUB1B, BUBR1, MAD3L, SSK1 / プラスミド: PGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: O60566, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Protein CASC5 / ALL1-fused gene from chromosome 15q14 protein / AF15q14 / Bub-linking kinetochore protein / Blinkin ...ALL1-fused gene from chromosome 15q14 protein / AF15q14 / Bub-linking kinetochore protein / Blinkin / Cancer susceptibility candidate gene 5 protein / Cancer/testis antigen 29 / CT29 / Kinetochore-null protein 1 / Protein D40/AF15q14


分子量: 2657.010 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 234-252 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASC5, KIAA1570, KNL1 / プラスミド: PGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8NG31
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 250 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.25 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 15% PEG 6000, 0.1M Magnesium Acetate, 0.1M Sodium Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR-H / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月5日 / 詳細: HELIOS MX Cu X-RAY OPTICS FOR X8 PROTEUM/MICROSTAR
放射モノクロメーター: HELIOS MX mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→38.2 Å / Num. all: 19283 / Num. obs: 19266 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 26.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rsym value: 0.119 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 2379 / Rsym value: 0.465 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM2データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2WVI

2wvi


解像度: 2.2→38.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 13.612 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24665 985 5.1 %RANDOM
Rwork0.19343 ---
all0.19626 18292 --
obs0.19626 18278 99.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.773 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2756 0 0 250 3006
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0222866
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1161.933875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1135340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.50123.908174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.14115491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6991528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212290
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6031.51667
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.13322658
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.65531199
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7334.51211
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 70 -
Rwork0.2 1347 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32430.1350.47370.13350.16890.66270.0106-0.01380.0050.0193-0.02570.00160.0243-0.03260.01520.1553-0.0096-0.00580.13850.00030.160414.7898-0.173231.4405
20.30990.2216-0.55140.1606-0.40611.49720.0035-0.0092-0.0182-0.0026-0.0290.0019-0.0591-0.02150.02550.16-0.0028-0.01010.1301-0.00430.149947.68589.779213.6067
310.8371-5.6074-0.28189.12631.70820.03470.22740.3935-0.1987-0.6638-0.17280.1254-0.16530.139-0.05460.1951-0.0330.0030.2051-0.04240.100119.097.707417.5814
417.51190.8577-1.946623.326915.491810.90890.4008-0.0045-0.1507-0.63290.06630.2502-0.2076-1.3103-0.46710.0294-0.208-0.11670.89690.45030.162534.2235.73066.0214
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A54 - 205
2X-RAY DIFFRACTION2B55 - 203
3X-RAY DIFFRACTION3X2 - 19
4X-RAY DIFFRACTION4Y6 - 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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