[日本語] English
万見
- PDB-3sgw: Crystal structure of ribose-5-phosphate isomerase B RpiB from Coc... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sgw
タイトルCrystal structure of ribose-5-phosphate isomerase B RpiB from Coccidioides immitis semi-covalently bound to malonic acid
要素ribose 5-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Valley Fever / Coccidioidomycosis immitis / pathogenic fungus / RpiB / dust-borne pathogen / iodoacetic acid / covalent inhibitor / ribulose-5-phosphate / ribose-5-phosphate / ISOMERASE / ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; アルドース - ケトースの相互変換 / isomerase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Ribose 5-phosphate isomerase B, Actinobacteria-type / : / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB family / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB superfamily / Ribose/Galactose Isomerase / Ribose 5-phosphate Isomerase B; Chain: A, / Sugar-phosphate isomerase, RpiB/LacA/LacB / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONIC ACID / Putative ribose 5-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Coccidioides immitis (菌類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural characterization of a ribose-5-phosphate isomerase B from the pathogenic fungus Coccidioides immitis.
著者: Edwards, T.E. / Abramov, A.B. / Smith, E.R. / Baydo, R.O. / Leonard, J.T. / Leibly, D.J. / Thompkins, K.B. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Staker, B.L. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J. / Stewart, L.J.
履歴
登録2011年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月26日Group: Database references
改定 1.32015年4月29日Group: Non-polymer description
改定 1.42023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0096
ポリマ－19,7091
非ポリマー2995
水3,027168
1
A: ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子

A: ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,01712
ポリマ－39,4192
非ポリマー59810
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area11940 Å2
手法PISA
2
A: ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子

A: ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子

A: ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子

A: ribose 5-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,03424
ポリマ－78,8384
非ポリマー1,19620
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation11_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation14_555-x+1/2,-y+1/2,z1
Buried area14220 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area20980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.460, 84.420, 96.170
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-167-

CL

21A-186-

HOH

31A-302-

HOH

41A-317-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 ribose 5-phosphate isomerase


分子量: 19709.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coccidioides immitis (菌類) / 株: RS / 遺伝子: CIMG_07932 / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0CL19, 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; アルドース - ケトースの相互変換
#2: 化合物 ChemComp-MLA / MALONIC ACID / DICARBOXYLIC ACID C3 / PROPANEDIOLIC ACID / METHANEDICARBOXYLIC ACID / マロン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.32 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: protein at 66 mg/mL with 20 mM ribose-5-phosphate and 12 mM MnCl2. Reservoir: 25% PEG 1500 and 0.1 M MIB (malonic acid, imidazole, boric acid), with 25% ethylene glycol as cryo-protection ...詳細: protein at 66 mg/mL with 20 mM ribose-5-phosphate and 12 mM MnCl2. Reservoir: 25% PEG 1500 and 0.1 M MIB (malonic acid, imidazole, boric acid), with 25% ethylene glycol as cryo-protection reagent, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月10日 / 詳細: VariMax
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 17530 / Num. obs: 16561 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 20.011 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 34.74
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique allNum. unique obs% possible all
1.7-1.745.30.2566.6254531281102880.2
1.74-1.790.2387.996839105084.2
1.79-1.840.1899.797078105686.8
1.84-1.90.17310.777205105990.1
1.9-1.960.14212.827273105992.4
1.96-2.030.11116.267314105095.3
2.03-2.110.09219.797557104597.4
2.11-2.190.0825.548780101998.2
2.19-2.290.0730.26927098598.3
2.29-2.40.06333.29903391999.1
2.4-2.530.05837.29944890098.8
2.53-2.690.05340.8969885299.2
2.69-2.870.04849.181070280499.4
2.87-3.10.04591084274999.7
3.1-3.40.03465.851016770299.9
3.4-3.80.02781.83900462799.8
3.8-4.390.02592.488124570100
4.39-5.380.02591.526797478100
5.38-7.60.02783.945358381100
7.60.02199.02285222898.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3SDW

3sdw


解像度: 1.7→49.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / WRfactor Rfree: 0.1573 / WRfactor Rwork: 0.131 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.9104 / SU B: 3.235 / SU ML: 0.05 / SU R Cruickshank DPI: 0.0931 / SU Rfree: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1749 832 5 %RANDOM
Rwork0.1421 ---
obs0.1438 16509 94.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 42.3 Å2 / Biso mean: 13.745 Å2 / Biso min: 3.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.26 Å20 Å20 Å2
2--0.68 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→49.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1183 0 17 168 1368
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3231.971683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.15165
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.78824.37548
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.19915209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.074157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6411.5797
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.11921285
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0243443
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5354.5394
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.189 55 -
Rwork0.156 968 -
all-1023 -
obs--79.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.09621.151-0.02832.8630.45321.0874-0.0137-0.0391-0.14660.01410.0675-0.21260.07480.2051-0.0538-0.00090.0336-0.00460.0293-0.01720.050134.25179.385512.0686
20.67140.19690.05260.667100.60170.00820.0427-0.0174-0.03920.0281-0.0273-0.01620.0166-0.03630.02660.00370.01020.0197-0.01360.015229.301517.5794.3904
30.40150.07360.33330.60290.5660.99760.01560.0038-0.03050.04450.01570.00870.0816-0.0068-0.03130.03610.0034-0.00040.0047-0.00110.020321.71210.665115.2827
40.26390.8747-0.78721.3298-1.622.8260.0440.1303-0.0855-0.07440.08120.07160.20820.0119-0.12520.04790.0077-0.05230.0485-0.04180.047512.864412.6784-4.3764
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 43
2X-RAY DIFFRACTION2A44 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3A99 - 140
4X-RAY DIFFRACTION4A141 - 163

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る