PDB-3sgr: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin res...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sgr

タイトル

Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

要素

Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

キーワード

PROTEIN FIBRIL / amyloid / amyloid oligomer / beta cylindrin

機能・相同性

機能・相同性情報

microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of intracellular transport / apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of programmed cell death / tubulin complex assembly / cardiac myofibril / structural constituent of eye lens / negative regulation of amyloid fibril formation / M band / lens development in camera-type eye ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.17 Å

データ登録者

Laganowsky, A. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Eisenberg, D.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2012
タイトル: Atomic view of a toxic amyloid small oligomer.
著者: Laganowsky, A. / Liu, C. / Sawaya, M.R. / Whitelegge, J.P. / Park, J. / Zhao, M. / Pensalfini, A. / Soriaga, A.B. / Landau, M. / Teng, P.K. / Cascio, D. / Glabe, C. / Eisenberg, D.

履歴

登録	2011年6月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月26日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sgr.cif.gz	66.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sgr.ent.gz	52.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sgr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sgr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/3sgr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3sgmC 3sgnC 3sgoC 3sgpC 3sgsC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5mn9-d 2iqc-d 1w9q-2 3h8h-2 3h8h-3 4lsy-d 3kz3-d 5mf2-3 4d8d-1 4d8d-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (10) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

B: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

C: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

D: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

E: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

F: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

ヘテロ分子

15.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

C: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

D: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

B: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

E: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

F: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.7 kDa, 6 ポリマー
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2

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

3

A: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

C: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

D: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

B: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

E: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

F: Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
15.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	52.340, 52.340, 87.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

詳細

The biological unit is a three stranded beta cylindrin. The asymmetric unit is formed by two beta cylindrins.

#1: タンパク質・ペプチド	Tandem repeat of amyloid-related segment of alphaB-crystallin residues 90-100 mutant V91L 分子量: 2582.128 Da / 分子数: 6 / 変異: V91L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYAB / プラスミド: pET15-MBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P02511
#2: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.81 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M SODIUM CACODYLATE pH 6.5, 30% MPD, 0.2M MAGNESIUM ACETATE, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.01→19.67 Å / Num. obs: 8991 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 55.449 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 10.53

反射シェル

R_merge(I) obs: 0.012 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
2.01-2.06		0.82	1748	633	95.8
2.06-2.12		1.44	2292	648	99.1
2.12-2.18		1.79	2368	638	100
2.18-2.25		2.26	2220	603	99.2
2.25-2.32		2.68	2156	591	99.5
2.32-2.4		3.23	2191	582	100
2.4-2.49		4.57	2128	568	100
2.49-2.59		6.33	1961	526	100
2.59-2.71		8.26	1866	505	99.8
2.71-2.84		10.66	1853	500	100
2.84-2.99		13.22	1748	476	99.8
2.99-3.18		16.38	1582	435	100
3.18-3.39		20.06	1529	424	99.3
3.39-3.67		24.77	1358	386	99.2
3.67-4.02		25.61	1241	358	99.4
4.02-4.49		27.74	1107	317	98.8
4.49-5.18		28.67	1010	290	100
5.18-6.35		27.3	819	246	100
6.35-8.98		27.89	634	186	97.4
	8.98	26.98	239	79	74.5

-
位相決定

位相決定	手法: 単一同系置換・異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
SHELX		位相決定
BUSTER-TNT	BUSTER 2.8.0	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
SHELXD		位相決定
BUSTER	2.8.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.17→19.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9535 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9319 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.234	626	9.75 %	RANDOM
R_work	0.1843	-	-	-
obs	0.1889	6421	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 153.83 Å² / B_iso mean: 63.9852 Å² / B_iso min: 33.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.5497 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.5497 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.0995 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.338 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.17→19.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1078	0	16	35	1129

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	408	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	29	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	143	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	1086	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	134	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	1118	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	1086	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1450	HARMONIC	2	1.4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.23
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				21.31

LS精密化シェル

解像度: 2.17→2.43 Å / Total num. of bins used: 5

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2549	118	9.06 %
R_work	0.2209	1184	-
all	0.2239	1302	-

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.9965	4.6593	1.571	9.8338	1.4364	5.2982	0.2363	-0.4493	-0.1073	-0.0539	-0.2949	0.0389	-0.1108	-0.506	0.0586	-0.1508	0.1296	-0.0558	0.0123	-0.1014	0.0459	-8.2293	-25.7999	-7.4886
2	11.2618	1.9452	2.1811	3.538	2.1005	12.2421	0.1893	-0.5907	0.3793	0.3741	-0.2744	0.2237	-0.6644	-0.0869	0.0851	-0.2103	-0.0754	0.0042	-0.0324	-0.0404	-0.006	-28.1533	-27.3348	-20.1207
3	8.5834	-0.5569	1.3748	8.9352	1.2409	8.4387	0.115	-0.5645	-0.0357	0.2446	-0.2448	-0.8802	-0.2187	0.1236	0.1298	-0.1361	0.0875	0.0479	-0.1384	-0.0428	0.0517	-2.9382	-26.6459	-4.9424
4	9.7842	3.8976	-0.2762	9.5459	0.4545	11.6849	0.0903	0.1567	-0.3768	-0.7213	-0.1703	-0.3495	0.0327	-0.1168	0.08	-0.236	0.0669	-0.0292	-0.0582	-0.043	0.0163	-4.7822	-28.9612	-10.1202
5	17.6578	1.5594	3.0821	3.423	0.0458	5.9663	0.9981	-0.5042	-0.9728	-0.0524	-0.3747	0.0683	0.5605	-0.1868	-0.6234	-0.0881	0.0072	-0.029	-0.0525	-0.0216	0.0194	-26.5002	-32.0927	-21.9012
6	10.3007	-2.1115	2.711	1.8119	-1.7037	11.431	0.1006	0.3852	0.4921	-0.1413	-0.1871	-0.2665	-0.7061	0.1118	0.0865	-0.161	0.0621	0.0125	-0.0548	0.0404	0.008	-24.15	-27.3546	-23.7617

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	0 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	0 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	1 - 24
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }	D	0 - 24
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }	E	0 - 24
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }	F	0 - 24

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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