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万見
- PDB-3sf5: Crystal Structure of Helicobacter pylori Urease Accessory Protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sf5
タイトルCrystal Structure of Helicobacter pylori Urease Accessory Protein UreF/H complex
要素(Urease accessory protein ...) x 2
キーワードCHAPERONE / Urease Accessory Protein / UreF / UreH
機能・相同性
機能・相同性情報


metabolic process / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urease accessory protein UreD / UreD urease accessory protein / Urease accessory protein UreF / Urease accessory protein UreF / Urease accessory protein UreF / UreF domain superfamily / UreF / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Urease accessory protein UreF / Urease accessory protein UreH
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.495 Å
データ登録者Fong, Y.H. / Chen, Y.W. / Wong, K.B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Assembly of preactivation complex for urease maturation in Helicobacter pylori: crystal structure of UreF-UreH protein complex
著者: Fong, Y.H. / Wong, H.C. / Chuck, C.P. / Chen, Y.W. / Sun, H. / Wong, K.B.
履歴
登録2011年6月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月1日Group: Database references
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Urease accessory protein ureF
B: Urease accessory protein ureH
C: Urease accessory protein ureF
D: Urease accessory protein ureH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,43820
ポリマ－116,8184
非ポリマー1,62016
水3,729207
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13120 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area38140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.653, 70.732, 205.499
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALSERSERchain A and (resseq 29:254 )AA29 - 25429 - 254
21VALVALSERSERchain C and (resseq 29:254 )CC29 - 25429 - 254
12GLNGLNTHRTHRchain B and (resseq 6:260 )BB6 - 2606 - 260
22GLNGLNTHRTHRchain D and (resseq 6:260 )DD6 - 2606 - 260

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

-
Urease accessory protein ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Urease accessory protein ureF


分子量: 28651.834 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: ureF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09065
#2: タンパク質 Urease accessory protein ureH


分子量: 29757.135 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: ureH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09067

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非ポリマー , 4種, 223分子

#3: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 207 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.03 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 16% PEG 4000, 0.15M ammonium sulfate, 0.1M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年4月21日
放射モノクロメーター: Ni MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.495→50 Å / Num. all: 36735 / Num. obs: 36388 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 29.96 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
2.5-2.65195
2.65-2.83199.6
2.83-3.05199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3O1Q

3o1q


解像度: 2.495→35.827 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8702 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.83 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2173 1820 5 %RANDOM
Rwork0.1732 ---
all0.1754 36383 --
obs0.1754 36383 99.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.069 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 119.54 Å2 / Biso mean: 31.7302 Å2 / Biso min: 8.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2037 Å20 Å20 Å2
2---1.3273 Å20 Å2
3---2.531 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.495→35.827 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7746 0 100 207 8053
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037975
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.69210747
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491225
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021373
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3163004
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1799X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.312
12C1799X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.312
21B2005X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.327
22D2005X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.327
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4951-2.56250.29161250.20622380250590
2.5625-2.63790.28221390.20162628276799
2.6379-2.7230.26531380.18662635277399
2.723-2.82030.25481400.175726532793100
2.8203-2.93320.21621380.178226172755100
2.9332-3.06660.22011390.168326512790100
3.0666-3.22820.2271410.177226702811100
3.2282-3.43030.22181390.180226472786100
3.4303-3.69490.1981410.163726822823100
3.6949-4.06630.2041410.160626672808100
4.0663-4.65360.18261430.143627172860100
4.6536-5.85890.21871450.18227582903100
5.8589-35.83040.19921510.185628583009100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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