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万見
- PDB-3sem: SEM5 SH3 DOMAIN COMPLEXED WITH PEPTOID INHIBITOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sem
タイトルSEM5 SH3 DOMAIN COMPLEXED WITH PEPTOID INHIBITOR
要素
  • SEX MUSCLE ABNORMAL PROTEIN 5
  • SH3 PEPTOID INHIBITOR
キーワードSIGNALING PROTEIN/INHIBITOR / SH3 DOMAIN / INHIBITORS / PEPTOIDS / PROTEIN-PROTEIN RECOGNITION / PROLINE-RICH MOTIFS / SIGNAL TRANSDUCTION / SIGNALING PROTEIN-INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC-mediated cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR1 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / FRS-mediated FGFR2 signaling ...Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / GRB2 events in ERBB2 signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / NCAM signaling for neurite out-growth / SHC-mediated cascade:FGFR1 / PI-3K cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR1 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR2 / FRS-mediated FGFR2 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR3 / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / SHC-mediated cascade:FGFR4 / PI-3K cascade:FGFR4 / Insulin receptor signalling cascade / MET activates RAS signaling / MET activates PI3K/AKT signaling / RHOU GTPase cycle / FLT3 Signaling / PIP3 activates AKT signaling / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / PI3K events in ERBB2 signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / EGFR Transactivation by Gastrin / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RAF/MAP kinase cascade / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Downstream signal transduction / MET activates RAP1 and RAC1 / MET receptor recycling / regulation of nematode larval development / Negative regulation of MET activity / EGFR downregulation / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Regulation of signaling by CBL / regulation of vulval development / Clathrin-mediated endocytosis / regulation of cell projection organization / male genitalia development / COP9 signalosome / epidermal growth factor receptor binding / muscle organ development / regulation of MAPK cascade / phosphotyrosine residue binding / regulation of cell migration / epidermal growth factor receptor signaling pathway / signal transduction / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Grb2-like / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. ...Grb2-like / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sex muscle abnormal protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Nguyen, J.T. / Turck, C.W. / Cohen, F.E. / Zuckermann, R.N. / Lim, W.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 1998
タイトル: Exploiting the basis of proline recognition by SH3 and WW domains: design of N-substituted inhibitors.
著者: Nguyen, J.T. / Turck, C.W. / Cohen, F.E. / Zuckermann, R.N. / Lim, W.A.
履歴
登録1998年11月2日処理サイト: RCSB
改定 1.01999年1月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEX MUSCLE ABNORMAL PROTEIN 5
B: SEX MUSCLE ABNORMAL PROTEIN 5
C: SH3 PEPTOID INHIBITOR
D: SH3 PEPTOID INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1784
ポリマ－16,1784
非ポリマー00
水50428
1
A: SEX MUSCLE ABNORMAL PROTEIN 5
C: SH3 PEPTOID INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0892
ポリマ－8,0892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area4370 Å2
手法PISA
2
B: SEX MUSCLE ABNORMAL PROTEIN 5
D: SH3 PEPTOID INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0892
ポリマ－8,0892
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area620 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area4370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)27.050, 68.530, 35.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.9816, 0.113, 0.1539), (0.1137, -0.9935, 0.004), (0.1534, 0.0135, -0.9881)
ベクター: -10.9315, 80.6364, 84.6888)

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要素

#1: タンパク質 SEX MUSCLE ABNORMAL PROTEIN 5


分子量: 7000.690 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL SH3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P29355
#2: タンパク質・ペプチド SH3 PEPTOID INHIBITOR


分子量: 1088.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.49 %
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8.0
結晶化
*PLUS
手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
濃度: 50 %sat / 一般名: ammonium phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 123 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 61158 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.083
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.434 / % possible all: 64.2
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.083
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 64.2 % / Rmerge(I) obs: 0.434

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.843精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SEM

1sem


解像度: 2.2→30 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 655 10.4 %
Rwork0.248 --
obs0.248 6292 96 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1056 0 0 28 1084
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.124
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 65 9.9 %
Rwork0.361 649 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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