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- PDB-3sei: Crystal Structure of Caskin1 Tandem SAMs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sei
タイトルCrystal Structure of Caskin1 Tandem SAMs
要素Caskin-1
キーワードSIGNALING PROTEIN / SAM domain / Protein-Protein Interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


signal transduction / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Caskin-1, SH3 domain / Caskin, C-terminal / Caskin-1, CASK-interaction domain / Caskin1/2, SAM repeat 1 / Caskin1/2, SAM repeat 2 / Caskin1 CASK-interaction domain / C-terminal region of Caskin / Proline rich region of Caskin proteins / : / Transcription Factor, Ets-1 ...Caskin-1, SH3 domain / Caskin, C-terminal / Caskin-1, CASK-interaction domain / Caskin1/2, SAM repeat 1 / Caskin1/2, SAM repeat 2 / Caskin1 CASK-interaction domain / C-terminal region of Caskin / Proline rich region of Caskin proteins / : / Transcription Factor, Ets-1 / Ankyrin repeats (many copies) / Variant SH3 domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Src homology 3 domains / DNA polymerase; domain 1 / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Stafford, R.L. / Bowie, J.U.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Tandem SAM domain structure of human Caskin1: a presynaptic, self-assembling scaffold for CASK.
著者: Stafford, R.L. / Hinde, E. / Knight, M.J. / Pennella, M.A. / Ear, J. / Digman, M.A. / Gratton, E. / Bowie, J.U.
履歴
登録2011年6月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年3月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Caskin-1
B: Caskin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1394
ポリマ－34,0072
非ポリマー1322
水1,910106
1
A: Caskin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1002
ポリマ－17,0041
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Caskin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0392
ポリマ－17,0041
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.114, 93.114, 39.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: HOH / End label comp-ID: HOH / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 149 / Label seq-ID: 4

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA - E
2BB - F

-
要素

#1: タンパク質 Caskin-1 / CASK-interacting protein 1


分子量: 17003.551 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 470-605 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASKIN1, KIAA1306 / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: Q8WXD9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.9
詳細: 1.5 M ammonium sulfate, 75 mM Tris, 25 % glycerol, pH 8.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月2日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→90 Å / Num. obs: 13750 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Χ2: 1.076 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.4-2.496.50.50313741.0911100
2.49-2.596.40.38513381.031100
2.59-2.76.50.31613581.11100
2.7-2.856.40.25913691.0941100
2.85-3.026.40.20213641.0761100
3.02-3.266.50.15113591.0781100
3.26-3.596.40.10313801.0571100
3.59-4.16.40.08913721.091100
4.1-5.176.30.07713921.0541100
5.17-906.10.03714441.089199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2QKQ

2qkq


解像度: 2.4→90 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / WRfactor Rfree: 0.2393 / WRfactor Rwork: 0.1962 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8266 / SU B: 18.808 / SU ML: 0.196 / SU R Cruickshank DPI: 0.415 / SU Rfree: 0.2542 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.254 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2426 675 4.9 %RANDOM
Rwork0.2012 ---
obs0.2033 13734 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 131.61 Å2 / Biso mean: 37.7246 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å20 Å2
2--0.27 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→90 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2304 0 6 106 2416
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222373
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.021605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4811.9543223
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12233930
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4065288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.76323.981103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.1215418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.6221512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2359
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02459
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0811.51437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3021.5579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.95822322
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2433936
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.1284.5900
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1909 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.520.5
MEDIUM THERMAL0.762
LS精密化 シェル解像度: 2.393→2.455 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 49 -
Rwork0.266 945 -
all-994 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6561-0.68110.93270.6391-0.03160.9446-0.01720.05380.0794-0.0198-0.0777-0.1048-0.17650.04970.09490.1673-0.0075-0.02670.12170.01930.16251.604-25.2355.163
29.5353-4.05095.89057.0922-4.78375.2152-0.62930.4477-0.32790.30290.53760.5987-0.65480.06440.09170.2909-0.041-0.02210.17430.04720.250920.527-7.511-4.519
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 146
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 142

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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