PDB-3sbo: Structure of E.coli GDH from native source

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3sbo

タイトル

Structure of E.coli GDH from native source

要素

NADP-specific glutamate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / Dehydrogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate dehydrogenase complex / glutamate dehydrogenase (NADP+) / glutamate biosynthetic process / glutamate metabolic process / glutamate dehydrogenase (NADP+) activity / guanosine tetraphosphate binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.204 Å

データ登録者

Gee, C.L. / Zubieta, C. / Echols, N. / Totir, M.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2012
タイトル: Macro-to-Micro Structural Proteomics: Native Source Proteins for High-Throughput Crystallization.
著者: Totir, M. / Echols, N. / Nanao, M. / Gee, C.L. / Moskaleva, A. / Gradia, S. / Iavarone, A.T. / Berger, J.M. / May, A.P. / Zubieta, C. / Alber, T.

履歴

登録	2011年6月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年11月12日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3sbo.cif.gz	916.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3sbo.ent.gz	770.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3sbo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3sbo_validation.pdf.gz	485.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3sbo_full_validation.pdf.gz	532.6 KB	表示
XML形式データ	3sbo_validation.xml.gz	91.1 KB	表示
CIF形式データ	3sbo_validation.cif.gz	120.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/3sbo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sb/3sbo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2xhyC 3n6qC 3nbuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fcc-1 4bht-d 4fcc-2 4fhn-3 6yeh-d 2tmg-d 6yei-d 3aoe-d 3aog-2 1euz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NADP-specific glutamate dehydrogenase

B: NADP-specific glutamate dehydrogenase

C: NADP-specific glutamate dehydrogenase

D: NADP-specific glutamate dehydrogenase

E: NADP-specific glutamate dehydrogenase

F: NADP-specific glutamate dehydrogenase

ヘテロ分子

292 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	101.922, 151.617, 169.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	NADP-specific glutamate dehydrogenase / NADP-GDH 分子量: 48635.215 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: DH5alpha / 参照: UniProt: P00370, glutamate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: liquid diffusion / pH: 7.5 詳細: 0.2M NaCl, 0.1 HEPES pH 7.5, 25% w/v PEG 3350, LIQUID DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.92001 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月27日 / 詳細: DCM S111
放射	モノクロメーター: DCM S111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92001 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 43926 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / R_sym value: 0.164 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique all: 4309 / R_sym value: 0.515 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.204→37.971 Å / SU ML: 0.41 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2653	2204	5.03 %	RANDOM
R_work	0.2286	-	-	-
obs	0.2305	43835	99.73 %	-
all	-	43926	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 20.038 Å² / k_sol: 0.277 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-11.3137 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-17.7664 Å²	0 Å²
3-	-	-	-12.4131 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.204→37.971 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19913	0	8	44	19965

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.001	20293
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.424	27398
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.517	7326
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.03	3001
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	3611

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2044-3.3189	0.3808	198	0.3221	4095	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3189-3.4517	0.3187	197	0.3005	4112	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4517-3.6086	0.3397	223	0.2776	4095	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6086-3.7987	0.2874	227	0.255	4125	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7987-4.0365	0.2601	213	0.2251	4108	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0365-4.3477	0.2383	230	0.1984	4138	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3477-4.7845	0.2291	218	0.1878	4174	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7845-5.4751	0.267	200	0.2066	4215	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4751-6.8913	0.2782	237	0.2275	4214	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8913-37.9732	0.2043	261	0.1912	4355	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0254	-0.0079	-0.0097	0.0383	0.0077	0.0028	-0.072	0.0698	-0.064	0.0096	0.0708	0.0081	-0.0051	-0.0035	0.0022	0.2361	-0.1518	-0.0421	0.0827	-0.0672	-0.0001	70.485	54.0953	59.8947
2	0.58	-0.0941	-0.0983	0.4959	-0.1256	0.0423	0.1094	0.2079	0.0339	-0.331	0.0966	-0.0228	0.1038	-0.06	-0.1417	0.2656	0.0224	0.017	0.2842	-0.045	0.112	93.654	54.3612	47.5536
3	0.0038	0.0015	-0.0062	0.0044	-0.0065	0.017	-0.0458	-0.027	0.0896	-0.0002	0.0643	-0.0144	0.0293	-0.0366	-0.0069	0.0913	-0.093	-0.0363	0.1683	-0.2095	0.1091	90.6761	47.8591	57.5874
4	0.0052	-0.0355	-0.0214	0.0102	0.0149	0.0238	-0.0096	0.0581	-0.0258	0.0131	0.0082	-0.035	0.0168	0.0336	0.002	-0.0282	0.0644	0.2576	-0.0522	-0.2636	-0.1824	57.146	95.954	60.321
5	0.0073	-0.006	-0.0172	0.0065	0.0129	0.0318	0.0398	-0.0186	-0.0253	-0.0475	0.0229	-0.0241	-0.0037	0.023	-0.014	-0.0377	0.2862	0.101	0.302	-0.2243	0.0588	30.829	99.697	48.055
6	0.4307	-0.1461	-0.2071	0.0513	0.0603	0.1074	0.1244	-0.1214	0.1059	-0.0026	0.057	-0.0689	0.0199	0.1142	-0.1801	0.3255	0.0886	-0.1063	0.3854	-0.1192	0.39	37.48	105.231	55.783
7	0.123	0.0428	-0.0209	0.0413	0.0437	0.1249	-0.1322	-0.0108	0.0508	0.0009	0.1058	0.0525	-0.0388	-0.0209	0.034	0.1213	0.1402	0.0414	0.0827	0.1204	0.2028	49.897	57.533	65.002
8	0.5845	0.1374	-0.1591	0.0344	-0.0017	0.4578	0.0512	-0.0882	-0.2852	0.022	-0.0154	-0.0257	-0.0762	-0.065	-0.0191	0.3097	0.1631	0.061	0.467	0.1683	0.4	22.756	54.656	72.864
9	0.146	0.0832	-0.0377	0.0527	-0.0317	0.1993	-0.0352	-0.0009	-0.0823	0.0189	0.0605	-0.0093	-0.1339	-0.1011	0.0009	0.1875	0.2186	0.0904	0.1744	0.1755	0.2135	26.474	54.433	65.118
10	0.0735	-0.0072	-0.0131	0.0527	0.0524	0.0878	-0.1199	-0.0456	0.0631	0.016	0.0031	0.0562	-0.0554	0.0044	0.0122	-0.0237	0.2475	-0.1083	-0.0411	-0.049	0.0759	78.702	95.727	62.146
11	0.1544	-0.0768	0.1564	0.1132	-0.0093	0.1874	0.1372	0.0502	-0.107	0.0745	0.113	0.132	-0.0637	-0.0409	-0.1055	0.1347	0.1348	0.0632	0.1841	0.2362	0.3332	101.774	99.553	71.575
12	0.5272	-0.0766	0.0348	0.285	-0.0769	0.024	0.0969	0.0977	-0.0644	0.1337	0.0542	-0.0328	-0.0722	-0.036	-0.105	0.237	0.091	-0.0389	0.2051	0.1052	0.2511	99.618	92.3	61.289
13	0.0189	-0.0061	0.0009	0.0225	-0.0168	0.0022	-0.0138	-0.0544	-0.0034	0.1348	0.1578	-0.0188	0.0742	-0.045	-0.0212	0.1569	0.2035	-0.013	0.0913	-0.0745	0.0508	75.2166	73.0351	98.4479
14	0.0088	0.0012	0.0024	0.0243	-0.0049	0.0051	0.0249	-0.0487	-0.0017	0.0119	0.0558	-0.018	0.0254	0.0594	-0.0169	0.1056	0.1969	-0.1149	0.1854	0.0003	0.0402	96.2498	58.0162	94.2084
15	0.021	-0.0292	-0.0236	0.0687	0.0405	0.0324	-0.0936	-0.1178	-0.0184	0.1878	0.0258	0.0281	0.1393	0.0014	0.0614	0.4489	0.1657	-0.0721	0.4745	0.0193	0.2651	99.7483	64.178	101.3295
16	0.048	0.0018	0.005	0.0196	0.0066	-0.0069	-0.1071	-0.0602	-0.0314	0.0864	0.0854	0.0069	-0.0302	0.0075	0.0085	0.1546	0.1487	-0.0398	0.0898	-0.041	0.0958	55.503	80.951	96.918
17	0.0104	-0.0061	0.002	0.0017	0.009	0.004	-0.0093	0.0025	-0.0057	0.033	-0.0097	-0.0343	0.0201	-0.0098	-0.0018	0.0664	0.1511	-0.1822	-0.0445	-0.0292	0.1615	29.087	96.998	102.129
18	0.0568	-0.026	0.0436	0.0473	-0.0195	0.0363	0.0267	0.0518	0.0691	0.0135	-0.0569	-0.1216	0.0086	0.0332	0.0265	0.1268	0.0621	-0.0893	0.146	-0.0643	0.2933	33.434	84.456	101.305

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid -11:178)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 179:317)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 318:414)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid -20:201)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 202:302)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 303:414)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain C and resid -14:195)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain C and resid 196:291)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain C and resid 292:414)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain D and resid -21:171)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain D and resid 172:332)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain D and resid 333:414)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain E and resid -24:171)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain E and resid 172:289)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain E and resid 290:414)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain F and resid -26:196)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain F and resid 197:317)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain F and resid 318:414)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)