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- PDB-3sb2: Crystal Structure of the RNA chaperone Hfq from Herbaspirillum se... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3sb2
タイトルCrystal Structure of the RNA chaperone Hfq from Herbaspirillum seropedicae SMR1
要素Protein hfq
キーワードCHAPERONE / Sm-like / RNA chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能
RNA-binding protein Hfq / Hfq protein / SH3 type barrels. - #100 / LSM domain superfamily / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-binding protein Hfq
類似検索 - 構成要素
生物種Herbaspirillum seropedicae (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6301 Å
データ登録者Kadowaki, M.A.S. / Iulek, J. / Barbosa, J.A.R.G. / Pedrosa, F.O. / Souza, E.M. / Chubatsu, L.S. / Monteiro, R.A. / Steffens, M.B.R.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2011
タイトル: Structural characterization of the RNA chaperone Hfq from the nitrogen-fixing bacterium Herbaspirillum seropedicae SmR1.
著者: Kadowaki, M.A. / Iulek, J. / Barbosa, J.A.R.G. / Pedrosa, F.D. / de Souza, E.M. / Chubatsu, L.S. / Monteiro, R.A. / de Oliveira, M.A. / Steffens, M.B.
履歴
登録2011年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年1月11日Group: Database references
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein hfq
B: Protein hfq
C: Protein hfq
D: Protein hfq
E: Protein hfq
F: Protein hfq
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1817
ポリマ－53,0896
非ポリマー921
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8880 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area18140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.639, 65.323, 60.987
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Protein hfq


分子量: 8848.127 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Herbaspirillum seropedicae (バクテリア)
株: SmR1 / 遺伝子: hfq, Hsero_2948 / プラスミド: pKADO1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D8IZU6
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.97 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M PCB pH 7.0 and 25% (w/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.63→58.78 Å / Num. all: 13598 / Num. obs: 13212 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.02 % / Biso Wilson estimate: 59.911 Å2 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 29.21
反射 シェル解像度: 2.63→2.7 Å / 冗長度: 5.78 % / Mean I/σ(I) obs: 6.52 / Rsym value: 0.302 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6301→23.467 Å / SU ML: 0.37 / Isotropic thermal model: Isotropic, but with TLS tensors. / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.83 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Each monomer was refined as a rigid group for TLS tensors. No non-crystallographic symmetry restraints were used.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2795 652 4.95 %RANDOM
Rwork0.1991 ---
all0.2029 13212 --
obs0.2029 13183 97.25 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.729 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.9452 Å20 Å24.2868 Å2
2---5.8032 Å20 Å2
3---12.7484 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6301→23.467 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3024 0 6 158 3188
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023088
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5414221
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.981088
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036528
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002528
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6301-2.83290.33081370.23952501X-RAY DIFFRACTION98
2.8329-3.11740.29251300.21582543X-RAY DIFFRACTION100
3.1174-3.56710.28031370.19942542X-RAY DIFFRACTION99
3.5671-4.4890.29141210.19612347X-RAY DIFFRACTION91
4.489-23.4680.22921270.1672598X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8983-0.57130.36551.2190.03820.7530.0173-0.1624-0.2380.03160.3630.15880.17430.0485-0.35360.14090.0022-0.06510.09820.02190.35016.8908-13.024233.2568
21.191-0.44310.39760.3271-0.13550.97840.1718-0.0829-0.36780.05170.02740.46220.36040.0203-0.18650.17330.0532-0.05030.09470.01270.317722.1819-17.22323.3302
30.2835-0.255-0.71762.0342-0.46342.4847-0.0915-0.19180.0154-0.1099-0.2269-0.73960.17410.6840.28390.14820.03420.08260.35290.07460.370227.6673-7.34758.8454
40.976-0.47180.5312.1645-0.46882.55880.07610.64360.24270.0639-0.1377-0.50140.25090.28330.09230.20430.0220.08070.40370.20590.267217.4368.49412.3512
54.14520.3552-0.42733.1023-0.44281.33630.7751.29820.92720.1948-0.1422-0.212-0.4222-0.1599-0.38710.2780.24270.14950.43120.31240.47641.069212.541611.4556
60.2271-0.4499-0.10331.35540.12580.3135-0.04440.21160.04440.0392-0.0540.3603-0.0762-0.17620.0760.12950.01660.02130.1520.0640.5451-4.47232.431227.0024
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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