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万見
- PDB-3saq: Structure of D13, the scaffolding protein of vaccinia virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3saq
タイトルStructure of D13, the scaffolding protein of vaccinia virus
要素Rifampicin resistance protein
キーワードVIRAL PROTEIN / double-barrel / jelly-roll / Scaffolding protein / structural protein / rifampicin-resistance protein / Surface of the immature virions and crescents
機能・相同性Poxvirus rifampicin-resistance / Poxvirus rifampicin resistance protein / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / Scaffold protein OPG125
機能・相同性情報
生物種Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.51 Å
データ登録者Coulibaly, F.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: Membrane remodeling by the double-barrel scaffolding protein of poxvirus.
著者: Hyun, J.K. / Accurso, C. / Hijnen, M. / Schult, P. / Pettikiriarachchi, A. / Mitra, A.K. / Coulibaly, F.
履歴
登録2011年6月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年10月19日Group: Database references
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rifampicin resistance protein
B: Rifampicin resistance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,1022
ポリマ－130,1022
非ポリマー00
水00
1
A: Rifampicin resistance protein

A: Rifampicin resistance protein

A: Rifampicin resistance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,1533
ポリマ－195,1533
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5170 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area61590 Å2
手法PISA
2
B: Rifampicin resistance protein

B: Rifampicin resistance protein

B: Rifampicin resistance protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,1533
ポリマ－195,1533
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area5430 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area62230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.130, 125.130, 370.830
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Rifampicin resistance protein / 62 kDa protein


分子量: 65050.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
株: Western Reserve / 遺伝子: D13, D13L, VACWR118 / プラスミド: pPROEX-Hta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P68440

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.72 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 200mM NaBr, 20% PEG3550, Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95369 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月25日
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator with sagitally bent 2nd crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95369 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→30 Å / Num. all: 14242 / Num. obs: 13943 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 58.89 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 3.5→3.62 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.557 / Mean I/σ(I) obs: 2.19 / Num. unique all: 1391 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.8.0精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2SAM

2sam


解像度: 3.51→26.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.7685 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.6864 / Isotropic thermal model: TLS with one group per chain / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: ONLY TLS REFINEMENT (2 GROUPS). NO INDIVIDUAL B REFINEMENT DUE TO THE LOW RESOLUTION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2565 699 5.01 %RANDOM
Rwork0.2452 ---
all0.2457 13943 --
obs0.2457 13650 97.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 99.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-29.2802 Å20 Å20 Å2
2--29.2802 Å20 Å2
3----58.5605 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.79 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.51→26.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7428 0 0 0 7428
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00975902
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.09103602
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d33922
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes1782
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes10945
X-RAY DIFFRACTIONt_it759020
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.16
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.91
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion10705
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact81494
LS精密化 シェル解像度: 3.51→3.79 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2826 151 5.45 %
Rwork0.2501 2618 -
all0.252 2769 -
obs-2736 98.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2416-0.1206-0.7754-0.19420.04970.25790.04420.0306-0.12620.0099-0.0489-0.0072-0.00570.15970.0047-0.04840.0115-0.0330.02960.02150.1515-19.65627.7167-45.722
20.3648-0.10130.0925-0.16150.29090.6417-0.0011-0.0696-0.1447-0.02450.04680.01640.08410.0538-0.04570.33570.0022-0.02640.2010.1245-0.304-57.807615.4465-17.5318
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A32 - 535
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B31 - 546

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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