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- PDB-3saa: Crystal structure of Wild-type HIV-1 protease in complex With AF77 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3saa
タイトルCrystal structure of Wild-type HIV-1 protease in complex With AF77
要素Protease
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 protease / drug resistance / drug design / protease inhibitors / AIDS / aspartyl protease / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-[(2S,3R)-4-{(CYCLOHEXYLMETHYL)[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL]AMINO}-3-HYDROXY-1-PHENYLBUTAN-2-YL]-3-HYDROXYBENZAMIDE / Chem-77F / PHOSPHATE ION / Protease
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Schiffer, C.A. / Nalam, M.N.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
著者: Altman, M.D. / Nalam, M.N.L. / Ali, A. / Cao, H. / Rana, T.M. / Schiffer, C.A. / Tidor, B.
履歴
登録2011年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Other
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease
B: Protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,3885
ポリマ-21,6322
非ポリマー7573
1,820101
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area9350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.007, 58.114, 61.971
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protease


分子量: 10815.790 Da / 分子数: 2 / 変異: Q7K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
: HXB2 / 遺伝子: gag-pol, pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: O38732
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : PO4
#3: 化合物 ChemComp-77F / N-[(2S,3R)-4-{(cyclohexylmethyl)[(4-methoxyphenyl)sulfonyl]amino}-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl]-3-hydroxybenzamide


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 566.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C31H38N2O6S
参照: N-[(2S,3R)-4-{(CYCLOHEXYLMETHYL)[(4-METHOXYPHENYL)SULFONYL]AMINO}-3-HYDROXY-1-PHENYLBUTAN-2-YL]-3-HYDROXYBENZAMIDE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: ハンギングドロップ法, 蒸気拡散法 / pH: 6.2
詳細: 24-29% ammonium sulfate, 63 mM sodium citrate, 126 mM phosphate buffer, pH 6.2, HANGING DROP, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 12874 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.95-2.026.20.1878541.096162.3
2.02-2.16.50.1511821.023187
2.1-2.27.20.12812931.008194.5
2.2-2.316.80.11413131.055194.7
2.31-2.467.30.08913021.026195.5
2.46-2.657.20.07213340.988195.8
2.65-2.917.10.05613430.984196.6
2.91-3.337.20.0413691.03197.9
3.33-4.26.60.03213841.051197
4.2-506.70.02715000.863198.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F7A
解像度: 1.95→42.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / WRfactor Rfree: 0.2294 / WRfactor Rwork: 0.1746 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.842 / SU B: 7.904 / SU ML: 0.113 / SU R Cruickshank DPI: 0.2017 / SU Rfree: 0.175 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2281 638 5 %RANDOM
Rwork0.1732 ---
obs0.1758 12798 91.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 81.83 Å2 / Biso mean: 28.9368 Å2 / Biso min: 15.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8 Å20 Å20 Å2
2--0.11 Å20 Å2
3---0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→42.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1498 0 50 101 1649
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0221655
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021124
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4742.0172262
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86432772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1325211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.73424.91559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.87815282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.121159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2263
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211820
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5771.51025
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1731.5428
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.93421674
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6483630
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4714.5588
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.175 29 -
Rwork0.157 563 -
all-592 -
obs--58.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.58851.8965-2.18235.6326-2.84994.3265-0.25670.308-0.074-0.45240.1577-0.09770.0971-0.30140.0990.1533-0.0303-0.01710.1156-0.03290.0671-4.98741.2968-32.6679
218.5444-0.70263.45631.65831.65472.8779-0.08980.1564-0.4047-0.0147-0.01830.04460.1915-0.02780.10810.2059-0.02020.09620.0721-0.00210.14783.1333-3.0159-26.1925
30.89810.33261.66216.91766.92048.92690.04990.38130.1925-0.02380.2226-0.59550.07940.796-0.27250.0779-0.00550.07050.18620.09030.353916.8517-2.0091-22.961
46.8906-2.5263-1.91145.55960.32730.5616-0.12960.0472-0.2209-0.05830.018-0.18330.0627-0.01430.11160.15530.03430.06020.14650.02230.07513.8808-2.1072-22.6148
51.5263-1.51190.06042.14020.38972.0455-0.0525-0.22640.15910.10320.08-0.1562-0.06490.0188-0.02750.0705-0.02360.00050.0855-0.01090.05340.29574.1022-14.7967
610.75540.53260.95282.16580.6290.3319-0.0395-0.1174-0.35660.2982-0.0175-0.31330.13940.01570.05710.1490.02470.04120.12130.07910.305511.5203-6.0236-13.1594
712.6872.7275-2.453510.24213.86232.4716-0.1033-0.99040.8051-0.28340.4434-0.1569-0.10650.5257-0.34010.07340.0227-0.02180.343-0.0080.11916.72441.0642-6.934
85.80450.70783.69731.92781.574.76890.0324-0.19830.27940.0223-0.09410.15070.0804-0.12710.06160.0767-0.01860.00440.05580.0030.0545-0.6655-1.099-4.986
910.66373.35140.65291.865-0.67384.2462-0.0099-0.12790.00510.2022-0.0337-0.0273-0.09060.2760.04360.095-0.022-0.00530.066-0.00520.0555.2702-1.5557-4.5237
103.184-4.28410.93587.3417-6.306816.4431-0.1709-0.14040.41890.3412-0.0975-0.6162-0.41750.79530.26830.0481-0.0798-0.03250.20510.03790.173214.89836.2154-12.5537
114.8882.51131.17298.3103-3.157912.4734-0.00730.2585-0.253-0.4899-0.1067-0.18760.11560.24480.1140.06950.00470.05410.079-0.00410.104310.63135.4096-26.6143
123.50970.42-2.34012.66220.00767.57960.0613-0.01590.21650.1002-0.0271-0.1078-0.15180.1756-0.03420.0157-0.0275-0.01750.06720.02570.106412.03228.1572-18.0063
133.39792.10141.82893.84861.38994.7151-0.0307-0.2013-0.0650.0449-0.05880.09080.26310.00860.08950.05990.00890.00850.07610.02640.06715.1035-4.5741-11.0517
140.28050.1152-0.28240.0713-0.3522.6599-0.0161-0.011-0.0782-0.0019-0.0409-0.03030.07680.11580.0570.095-0.02310.02840.0853-0.00560.0882.23431.2132-17.9437
154.1535-0.58882.99060.83720.563.43850.05860.03430.1454-0.0601-0.0204-0.1314-0.01850.0029-0.03820.0787-0.00310.01670.0717-0.00330.09335.136110.1307-20.6059
163.23862.09952.95744.19662.2823.618-0.2819-0.06490.1214-0.10560.07370.3232-0.2072-0.29290.20820.1178-0.0303-0.00920.12720.02110.0733-5.98210.8277-27.9211
175.38022.0631-0.54042.37880.95631.7461-0.18650.14070.4802-0.2706-0.01890.2661-0.1857-0.08550.20550.1587-0.0296-0.06970.06550.03990.1589-4.913414.9042-23.2788
1827.74822.40436.86552.32241.77859.45850.2194-0.8047-0.55020.39190.03930.31550.1884-0.104-0.25870.09170.00610.04230.04950.02510.1165-9.665211.2249-16.3987
1917.03366.65561.93963.7753.44236.36010.0553-0.07140.79330.0391-0.32960.38420.0764-0.72110.27430.09730.051-0.06380.18310.01330.3206-24.65666.9897-19.057
2014.0568-6.14094.89665.86045.935522.2254-0.6322-1.9461-0.15530.60460.49730.16460.7129-1.42880.13490.160.00680.12460.3132-0.02120.4321-21.63848.0818-14.7701
214.06771.5771-1.44212.34730.61973.09690.0469-0.02020.0998-0.05660.1036-0.0685-0.0756-0.0016-0.15060.0478-0.0112-0.01850.03110.00760.0515-8.7111.2876-20.6626
2211.06840.082-11.25241.5311-0.178521.2143-0.1063-0.0075-0.11780.1470.07880.25930.1958-0.25250.02750.0726-0.0252-0.00670.03690.02740.078-17.593-2.2293-14.3509
239.8374-3.97393.13138.12793.33214.24060.2097-0.0233-0.4742-0.1977-0.26570.5001-0.0338-0.21180.05590.1148-0.02460.01910.18230.10020.1393-25.1501-8.9391-14.5407
2411.581210.88876.159810.57564.271110.59230.0272-0.2409-0.22390.0209-0.1564-0.2263-0.2661-0.17240.12920.0999-0.0204-0.02740.09540.0380.081-7.3417-8.8871-11.2072
257.08090.44212.60122.9184-2.03953.50310.1684-0.159-0.05620.00910.02290.29750.139-0.1678-0.19140.0731-0.01270.0050.057-0.01010.0673-16.1557-10.4916-11.8827
2610.2476-4.99373.088820.8238-7.728111.07860.19340.3014-0.3257-0.810.04050.42240.40440.1196-0.23390.0468-0.025-0.02140.06880.04140.1386-25.1224-5.6447-22.244
2721.29755.7243-14.470111.2043-12.207717.06611.12910.04610.7150.2061-0.60710.17-0.91680.4285-0.5220.5835-0.0492-0.11610.12510.11060.2624-20.9198.1504-25.7873
285.0042-0.46422.840712.6842-6.81688.9673-0.27160.13020.09020.12120.15880.1258-0.0354-0.10580.11280.0467-0.0146-0.02790.05480.02580.0793-22.1886-1.0424-25.7306
295.15943.3346-2.22064.40071.94576.52110.0217-0.3226-0.07580.0827-0.14340.1348-0.18430.21740.12170.1770.0030.05850.06880.04620.131-16.3686-3.5337-10.8125
303.6381-0.2698-2.53634.23851.76225.2505-0.05640.05410.25410.36670.15310.28880.2795-0.0486-0.09680.0643-0.01020.01770.02290.020.0693-12.75940.955-18.6971
317.79076.64271.750311.7393-5.19557.7561-0.42880.54320.2682-0.19190.53740.3886-0.2860.0531-0.10860.0784-0.0087-0.00440.19720.05710.0711-15.13031.0251-28.1318
3211.73054.2851.87144.4426-3.22295.8482-0.0580.1572-0.0735-0.23520.1511-0.0760.1732-0.0558-0.09310.1364-0.03040.02560.0824-0.01070.1206-3.57967.321-30.3929
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2A8 - 13
3X-RAY DIFFRACTION3A14 - 19
4X-RAY DIFFRACTION4A20 - 25
5X-RAY DIFFRACTION5A26 - 32
6X-RAY DIFFRACTION6A33 - 37
7X-RAY DIFFRACTION7A38 - 43
8X-RAY DIFFRACTION8A44 - 52
9X-RAY DIFFRACTION9A53 - 58
10X-RAY DIFFRACTION10A59 - 63
11X-RAY DIFFRACTION11A64 - 69
12X-RAY DIFFRACTION12A70 - 75
13X-RAY DIFFRACTION13A76 - 81
14X-RAY DIFFRACTION14A82 - 87
15X-RAY DIFFRACTION15A88 - 93
16X-RAY DIFFRACTION16A94 - 99
17X-RAY DIFFRACTION17B1 - 6
18X-RAY DIFFRACTION18B7 - 11
19X-RAY DIFFRACTION19B12 - 17
20X-RAY DIFFRACTION20B18 - 22
21X-RAY DIFFRACTION21B23 - 29
22X-RAY DIFFRACTION22B30 - 35
23X-RAY DIFFRACTION23B36 - 45
24X-RAY DIFFRACTION24B46 - 52
25X-RAY DIFFRACTION25B53 - 58
26X-RAY DIFFRACTION26B59 - 63
27X-RAY DIFFRACTION27B64 - 69
28X-RAY DIFFRACTION28B70 - 75
29X-RAY DIFFRACTION29B76 - 81
30X-RAY DIFFRACTION30B82 - 87
31X-RAY DIFFRACTION31B88 - 93
32X-RAY DIFFRACTION32B94 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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