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- PDB-3s90: Human vinculin head domain Vh1 (residues 1-252) in complex with m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3s90
タイトルHuman vinculin head domain Vh1 (residues 1-252) in complex with murine talin (VBS33; residues 1512-1546)
要素
  • Talin-1
  • Vinculin
キーワードCELL ADHESION / four-helix bundle / focal adhesion
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / terminal web / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation ...regulation of protein localization to adherens junction / outer dense plaque of desmosome / inner dense plaque of desmosome / podosome ring / terminal web / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / MAP2K and MAPK activation / cell-substrate junction / epithelial cell-cell adhesion / zonula adherens / LIM domain binding / Smooth Muscle Contraction / Platelet degranulation / dystroglycan binding / alpha-catenin binding / cortical microtubule organization / fascia adherens / vinculin binding / cell-cell contact zone / integrin activation / apical junction assembly / costamere / regulation of establishment of endothelial barrier / adherens junction assembly / cell-substrate junction assembly / axon extension / protein localization to cell surface / cortical actin cytoskeleton organization / lamellipodium assembly / regulation of focal adhesion assembly / phosphatidylserine binding / maintenance of blood-brain barrier / brush border / Smooth Muscle Contraction / ruffle / phosphatidylinositol binding / negative regulation of cell migration / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / cell-matrix adhesion / morphogenesis of an epithelium / integrin-mediated signaling pathway / cell projection / adherens junction / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / sarcolemma / beta-catenin binding / structural constituent of cytoskeleton / platelet aggregation / ruffle membrane / specific granule lumen / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / actin filament binding / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / integrin binding / cell-cell junction / Platelet degranulation / extracellular vesicle / actin binding / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / secretory granule lumen / molecular adaptor activity / ficolin-1-rich granule lumen / cytoskeleton / cell adhesion / cadherin binding / membrane raft / focal adhesion / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / structural molecule activity / cell surface / protein-containing complex / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site ...Vinculin repeated domain signature. / Vinculin / Alpha-catenin/vinculin-like / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain / Talin, N-terminal F0 domain / : / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / Talin IBS2B domain / Vinculin, conserved site / Vinculin family talin-binding region signature. / Vinculin/alpha-catenin / Vinculin family / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / FERM domain signature 2. / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Vinculin / Talin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.97 Å
データ登録者Yogesha, S.D. / Sharff, A. / Bricogne, G. / Izard, T.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Intermolecular versus intramolecular interactions of the vinculin binding site 33 of talin.
著者: Yogesha, S.D. / Sharff, A. / Bricogne, G. / Izard, T.
履歴
登録2011年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月25日Group: Database references
改定 1.32012年12月19日Group: Database references
改定 1.42014年10月29日Group: Structure summary
改定 1.52017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.62023年9月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vinculin
B: Vinculin
C: Talin-1
D: Talin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7394
ポリマ－64,7394
非ポリマー00
水7,314406
1
A: Vinculin
C: Talin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3692
ポリマ－32,3692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2540 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area14710 Å2
手法PISA
2
B: Vinculin
D: Talin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3692
ポリマ－32,3692
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area14410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.830, 61.180, 71.420
Angle α, β, γ (deg.)83.27, 79.05, 69.79
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Vinculin / Metavinculin


分子量: 28265.807 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1-252 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VCL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18206
#2: タンパク質・ペプチド Talin-1


分子量: 4103.681 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 1512-1546 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tln1, Tln / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26039
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.43 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 0.1 M citrate 5.3, 15% (w/v) PEG 10K, 1.5% (v/v) dioxane, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→70.01 Å / Num. all: 51772 / Num. obs: 51772 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 30.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.973→1.98 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.533 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 510 / Rsym value: 0.533 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.13.0精密化
autoPROCデータスケーリング
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2IBF

2ibf


解像度: 1.97→70.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9504 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9405 / SU R Cruickshank DPI: 0.14 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2096 2625 5.07 %RANDOM
Rwork0.1863 ---
all0.1874 ---
obs0.1874 51740 96.24 %-
原子変位パラメータBiso mean: 51.11 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.324 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.97→70.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4288 0 0 406 4694
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014333HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.975856HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2130SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes124HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes602HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4333HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.24
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.89
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion616SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5644SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.97→2.02 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2331 159 4.48 %
Rwork0.2181 3388 -
all0.2187 3547 -
obs-3547 96.24 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.35430.75693.0720.19550.5952.11970.140.56520.1374-0.0075-0.1288-0.02460.12680.0588-0.0113-0.21190.0940.010.2187-0.1302-0.228247.617123.68340.2706
24.15023.5490.1173.13130.13090.17810.04930.1566-0.04940.1347-0.00180.14170.00050.0022-0.0475-0.10480.04690.0145-0.1529-0.07770.123961.38643.309170.4037
32.7388-2.972-3.26952.4248-0.2731.85550.03650.0917-0.26590.0911-0.1601-0.29170.0761-0.02840.1236-0.02680.1778-0.16230.1611-0.1344-0.20533.80929.783932.2293
43.3684-0.95412.55960.0409-1.53433.7059-0.0455-0.3069-0.06680.16580.1491-0.0456-0.02530.1038-0.1036-0.0646-0.03740.0707-0.0713-0.1650.063348.1408-8.133580.7742
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A3 - 388
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B2 - 388
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C1520 - 1546
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D1520 - 1545

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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