PDB-3s7v: Unassembled KI Polyomavirus VP1 Pentamer

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3s7v

タイトル

Unassembled KI Polyomavirus VP1 Pentamer

要素

Major capsid protein VP1

キーワード

VIRAL PROTEIN / jelly-roll / antiparallel beta sandwich / major capsid protein

機能・相同性

機能・相同性情報

T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能

生物種

KI polyomavirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Neu, U. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Structures of the major capsid proteins of the human KI and WU polyomaviruses.
著者: Neu, U. / Wang, J. / Macejak, D. / Garcea, R.L. / Stehle, T.

履歴

登録	2011年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年6月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3s7v.cif.gz	994.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3s7v.ent.gz	837.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3s7v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3s7v_validation.pdf.gz	516.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3s7v_full_validation.pdf.gz	555 KB	表示
XML形式データ	3s7v_validation.xml.gz	86.6 KB	表示
CIF形式データ	3s7v_validation.cif.gz	115.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/3s7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/s7/3s7v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3s7xC 1vps 3bwr 3nxg C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4fmi-1 4pot-1 4fmh-1 3bwr-d 4u61-1 5cpz-d 4fmi-3 4fmh-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#47 - 2003年11月シミアンウイルス40 (Simian Virus 40) 類似性 (4) #221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Major capsid protein VP1

B: Major capsid protein VP1

C: Major capsid protein VP1

D: Major capsid protein VP1

E: Major capsid protein VP1

F: Major capsid protein VP1

G: Major capsid protein VP1

H: Major capsid protein VP1

I: Major capsid protein VP1

J: Major capsid protein VP1

303 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Major capsid protein VP1

B: Major capsid protein VP1

C: Major capsid protein VP1

D: Major capsid protein VP1

E: Major capsid protein VP1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Major capsid protein VP1

G: Major capsid protein VP1

H: Major capsid protein VP1

I: Major capsid protein VP1

J: Major capsid protein VP1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.330, 82.780, 142.060
Angle α, β, γ (deg.)	87.01, 98.23, 108.65
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	46 - 62
2	1	1	3	B	46 - 62
3	1	1	3	C	46 - 62
4	1	1	3	D	46 - 62
5	1	1	3	E	46 - 62
6	1	1	3	F	46 - 62
7	1	1	3	G	46 - 62
8	1	1	3	H	46 - 62
9	1	1	3	I	46 - 62
10	1	1	3	J	46 - 62
1	2	1	3	A	69 - 82
2	2	1	3	B	69 - 82
3	2	1	3	C	69 - 82
4	2	1	3	D	69 - 82
5	2	1	3	E	69 - 82
6	2	1	3	F	69 - 82
7	2	1	3	G	69 - 82
8	2	1	3	H	69 - 82
9	2	1	3	I	69 - 82
10	2	1	3	J	69 - 82
1	3	1	3	A	90 - 114
2	3	1	3	B	90 - 114
3	3	1	3	C	90 - 114
4	3	1	3	D	90 - 114
5	3	1	3	E	90 - 114
6	3	1	3	F	90 - 114
7	3	1	3	G	90 - 114
8	3	1	3	H	90 - 114
9	3	1	3	I	90 - 114
10	3	1	3	J	90 - 114
1	4	1	3	A	124 - 146
2	4	1	3	B	124 - 146
3	4	1	3	C	124 - 146
4	4	1	3	D	124 - 146
5	4	1	3	E	124 - 146
6	4	1	3	F	124 - 146
7	4	1	3	G	124 - 146
8	4	1	3	H	124 - 146
9	4	1	3	I	124 - 146
10	4	1	3	J	124 - 146
1	5	1	6	A	231 - 233
2	5	1	6	B	231 - 233
3	5	1	6	C	231 - 233
4	5	1	6	D	231 - 233
5	5	1	6	E	231 - 233
6	5	1	6	F	231 - 233
7	5	1	6	G	231 - 233
8	5	1	6	H	231 - 233
9	5	1	6	I	231 - 233
10	5	1	6	J	231 - 233
1	6	1	3	A	235 - 300
2	6	1	3	B	235 - 300
3	6	1	3	C	235 - 300
4	6	1	3	D	235 - 300
5	6	1	3	E	235 - 300
6	6	1	3	F	235 - 300
7	6	1	3	G	235 - 300
8	6	1	3	H	235 - 300
9	6	1	3	I	235 - 300
10	6	1	3	J	235 - 300
1	7	1	5	A	42 - 44
2	7	1	5	B	42 - 44
3	7	1	5	C	42 - 44
4	7	1	5	D	42 - 44
5	7	1	5	E	42 - 44
6	7	1	5	F	42 - 44
7	7	1	5	G	42 - 44
8	7	1	5	H	42 - 44
9	7	1	5	I	42 - 44
10	7	1	5	J	42 - 44
1	8	1	3	A	205 - 229
2	8	1	3	B	205 - 229
3	8	1	3	C	205 - 229
4	8	1	3	D	205 - 229
5	8	1	3	E	205 - 229
6	8	1	3	F	205 - 229
7	8	1	3	G	205 - 229
8	8	1	3	H	205 - 229
9	8	1	3	I	205 - 229
10	8	1	3	J	205 - 229
1	9	1	3	A	151 - 201
2	9	1	3	B	151 - 201
3	9	1	3	C	151 - 201
4	9	1	3	D	151 - 201
5	9	1	3	E	151 - 201
6	9	1	3	F	151 - 201
7	9	1	3	G	151 - 201
8	9	1	3	H	151 - 201
9	9	1	3	I	151 - 201
10	9	1	3	J	151 - 201
1	10	1	3	A	33 - 41
2	10	1	3	B	33 - 41
3	10	1	3	C	33 - 41
4	10	1	3	D	33 - 41
5	10	1	3	E	33 - 41
6	10	1	3	F	33 - 41
7	10	1	3	G	33 - 41
8	10	1	3	H	33 - 41
9	10	1	3	I	33 - 41
10	10	1	3	J	33 - 41
1	1	2	5	A	83 - 89
2	1	2	5	C	83 - 89
3	1	2	5	D	83 - 89
4	1	2	5	E	83 - 89
5	1	2	5	F	83 - 89
6	1	2	5	I	83 - 89
7	1	2	5	J	83 - 89

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Major capsid protein VP1 / Major structural protein VP1 分子量: 30309.129 Da / 分子数: 10 / 断片: UNP residues 32-304 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) KI polyomavirus (ウイルス) / 遺伝子: VP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A3R4N3, UniProt: P0DOI2*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.93 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2 M sodium formate pH 7.0, 20 % (w/v) PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年2月24日
放射	モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 98003 / Num. obs: 93982 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 11.9
反射シェル	解像度: 2.55→2.62 Å / R_merge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
RemDAq		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.55→49.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 23.626 / SU ML: 0.221 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.852 / ESU R Free: 0.275 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21939	4647	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20247	-	-	-
obs	0.20332	89331	95.93 %	-
all	-	93982	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.899 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.81 Å²	0.37 Å²	-0.19 Å²
2-	-	-1.25 Å²	-0.12 Å²
3-	-	-	-1.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→49.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20226	0	0	117	20343

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	20737
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.252	1.963	28355
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.172	5	2587
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.035	23.732	879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.688	15	3194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.025	15	135
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	3227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.022	15915
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.154	5	13081
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.902	8	21350
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.745	5	7656
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.701	8	7005
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	908	tight positional	0.03	0.05
1	2	B	908	tight positional	0.03	0.05
1	3	C	908	tight positional	0.03	0.05
1	4	D	908	tight positional	0.02	0.05
1	5	E	908	tight positional	0.02	0.05
1	6	F	908	tight positional	0.03	0.05
1	7	G	908	tight positional	0.03	0.05
1	8	H	908	tight positional	0.03	0.05
1	9	I	908	tight positional	0.03	0.05
1	10	J	908	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	8	medium positional	0.02	0.5
1	2	B	8	medium positional	0.03	0.5
1	3	C	8	medium positional	0.07	0.5
1	4	D	8	medium positional	0.02	0.5
1	5	E	8	medium positional	0.02	0.5
1	6	F	8	medium positional	0.05	0.5
1	7	G	8	medium positional	0.04	0.5
1	8	H	8	medium positional	0.03	0.5
1	9	I	8	medium positional	0.02	0.5
1	10	J	8	medium positional	0.03	0.5
2	1	A	24	medium positional	0.09	0.5
2	2	C	24	medium positional	0.25	0.5
2	3	D	24	medium positional	0.2	0.5
2	4	E	24	medium positional	0.18	0.5
2	5	F	24	medium positional	0.24	0.5
2	6	I	24	medium positional	0.12	0.5
2	7	J	24	medium positional	0.17	0.5
1	1	A	883	loose positional	0.03	5
1	2	B	883	loose positional	0.03	5
1	3	C	883	loose positional	0.03	5
1	4	D	883	loose positional	0.03	5
1	5	E	883	loose positional	0.03	5
1	6	F	883	loose positional	0.03	5
1	7	G	883	loose positional	0.03	5
1	8	H	883	loose positional	0.03	5
1	9	I	883	loose positional	0.03	5
1	10	J	883	loose positional	0.03	5
2	1	A	18	loose positional	0.36	5
2	2	C	18	loose positional	0.51	5
2	3	D	18	loose positional	0.62	5
2	4	E	18	loose positional	0.29	5
2	5	F	18	loose positional	0.63	5
2	6	I	18	loose positional	0.3	5
2	7	J	18	loose positional	0.46	5
1	1	A	908	tight thermal	0.06	0.5
1	2	B	908	tight thermal	0.07	0.5
1	3	C	908	tight thermal	0.07	0.5
1	4	D	908	tight thermal	0.06	0.5
1	5	E	908	tight thermal	0.06	0.5
1	6	F	908	tight thermal	0.07	0.5
1	7	G	908	tight thermal	0.07	0.5
1	8	H	908	tight thermal	0.07	0.5
1	9	I	908	tight thermal	0.08	0.5
1	10	J	908	tight thermal	0.07	0.5
1	1	A	8	medium thermal	0.03	2
1	2	B	8	medium thermal	0.07	2
1	3	C	8	medium thermal	0.06	2
1	4	D	8	medium thermal	0.02	2
1	5	E	8	medium thermal	0.03	2
1	6	F	8	medium thermal	0.04	2
1	7	G	8	medium thermal	0.01	2
1	8	H	8	medium thermal	0.05	2
1	9	I	8	medium thermal	0.03	2
1	10	J	8	medium thermal	0.02	2
2	1	A	24	medium thermal	0.41	2
2	2	C	24	medium thermal	0.44	2
2	3	D	24	medium thermal	0.55	2
2	4	E	24	medium thermal	0.42	2
2	5	F	24	medium thermal	0.39	2
2	6	I	24	medium thermal	0.45	2
2	7	J	24	medium thermal	0.57	2
1	1	A	883	loose thermal	0.06	10
1	2	B	883	loose thermal	0.06	10
1	3	C	883	loose thermal	0.07	10
1	4	D	883	loose thermal	0.06	10
1	5	E	883	loose thermal	0.06	10
1	6	F	883	loose thermal	0.06	10
1	7	G	883	loose thermal	0.06	10
1	8	H	883	loose thermal	0.06	10
1	9	I	883	loose thermal	0.06	10
1	10	J	883	loose thermal	0.07	10
2	1	A	18	loose thermal	0.53	10
2	2	C	18	loose thermal	0.52	10
2	3	D	18	loose thermal	0.46	10
2	4	E	18	loose thermal	0.42	10
2	5	F	18	loose thermal	0.55	10
2	6	I	18	loose thermal	0.71	10
2	7	J	18	loose thermal	0.72	10

LS精密化シェル

解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	304	-
R_work	0.348	6318	-
obs	-	-	91.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7536	-0.1114	0.1003	0.8786	-0.0346	2.1431	-0.1051	0.0298	0.0549	-0.1137	0.0369	-0.086	-0.6274	0.1124	0.0681	0.4407	-0.0069	-0.0091	0.2065	0.0047	0.1636	-26.48	40.76	-17.111
2	1.1152	0.2385	0.328	1.1218	0.2378	1.8663	-0.0394	-0.0464	0.0789	-0.0381	0.0024	0.0621	-0.5241	-0.2641	0.0369	0.3699	0.1299	0.0518	0.1978	-0.0013	0.1428	-33.404	40.129	11.996
3	0.9464	0.0155	0.6147	0.7602	0.0087	1.8462	0.0919	-0.1305	-0.1243	0.1362	0.0325	0.0524	0.0517	-0.277	-0.1245	0.2043	-0.0597	0.0224	0.1938	0.0361	0.2064	-30.307	11.981	21.608
4	0.618	-0.1751	0.5091	1.3359	-0.5902	2.2631	0.1898	0.0621	-0.2061	-0.029	-0.0407	-0.0368	0.5102	0.1651	-0.149	0.3865	-0.0019	-0.0998	0.165	-0.058	0.2904	-23.233	-4.85	-2.296
5	0.8167	-0.3132	0.364	1.3437	-0.1736	1.962	0.1111	0.1935	-0.0817	-0.1871	-0.0498	-0.1218	0.2356	0.3784	-0.0613	0.29	0.0519	-0.0034	0.2916	-0.0821	0.1843	-19.953	13.146	-25.922
6	1.4186	-0.0901	-0.5469	1.2379	0.2452	1.4894	-0.1855	-0.2752	-0.1354	0.071	0.033	0.0004	0.3844	0.1592	0.1524	0.3073	0.1197	-0.0283	0.192	0.0491	0.1409	-15.363	29.177	-57.351
7	1.2943	0.4495	-0.6147	1.4977	-0.4337	2.0408	0.1011	-0.3811	0.2979	0.2928	0.0804	0.132	-0.0705	0.2058	-0.1815	0.2088	0.004	-0.0325	0.2308	-0.1429	0.2363	-18.723	57.719	-49.019
8	1.1034	-0.3278	-0.4191	1.2222	-0.0425	1.4007	0.1769	-0.0755	0.3257	0.1495	0.0632	0.188	-0.2948	-0.0419	-0.24	0.1977	-0.0374	0.0751	0.076	-0.0123	0.4514	-20.104	74.853	-73.511
9	0.9479	-0.3675	-0.2874	1.547	-0.2462	1.2633	0.0201	0.158	0.1682	-0.2426	0.0908	0.119	-0.008	-0.187	-0.111	0.1993	-0.0228	-0.03	0.1383	0.0759	0.2314	-15.833	56.573	-96.868
10	0.9015	-0.0382	-0.196	1.0266	-0.1461	1.7209	-0.175	0.0434	-0.1316	-0.2236	0.0779	0.0449	0.3513	-0.0877	0.0972	0.351	0.0001	0.0099	0.087	0.0015	0.1535	-13.972	28.641	-87.27

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	35 - 304
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	35 - 303
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	34 - 304
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	34 - 304
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	35 - 304
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	30 - 304
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	35 - 304
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	34 - 303
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	36 - 304
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	35 - 304

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)